Theo quyết định sẽ có hiệu lực thi hành từ ngày 1/9/2012 của Thủ tướng Chính phủ, Viện Biển Đông là đơn vị mới được bổ sung của Học viện Ngoại giao.

Ngày 12/7 Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng ký quyết định số 29/2012 sửa đổi, bổ sung quy định về chức năng nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Học viện Ngoại giao (trực thuộc Bộ Ngoại giao). Theo đó, cơ quan này có thêm một đơn vị mới là Viện Biển Đông.

16 đơn vị trực thuộc khác của Học viện Ngoại giao được giữ nguyên như cơ cấu tổ chức trước đó gồm: Viện Nghiên cứu Chiến lược Ngoại giao; Trung tâm đào tạo, Bồi dưỡng Cán bộ đối ngoại; Trung tâm Thông tin, Tư liệu; Văn phòng;  Phòng Quản lý Khoa học; Phòng Đào tạo; Phòng Công tác chính trị, quản lý sinh viên; Khoa đào tạo sau Đại học;  Khoa Lý luận Chính trị; Khoa Chính trị Quốc tế và Ngoại giao;  Khoa Kinh tế Quốc tế; Khoa Luật Quốc tế;  Khoa Truyền thông và Văn hóa đối ngoại;  Khoa Tiếng Anh; Khoa Tiếng Pháp và  Khoa Tiếng Trung Quốc.

Quyết định nêu rõ, việc ban hành Quy chế tổ chức và hoạt động; quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức các đơn vị trực thuộc; bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức người đứng đầu, cấp phó của người đứng đầu Học viện Ngoại giao và các đơn vị trực thuộc thực hiện theo quy định của pháp luật.