Như, về quản lý đầu tư phát triển kết cấu hạ tầng giao thông theo hình thức đối tác công tư (PPP) của Bộ Giao thông Vận tải, qua kiểm toán 22 dự án, Kiểm toán Nhà nước kiến nghị giảm thời gian thu phí 62 năm 8 tháng, tương ứng giảm doanh thu 22.237,6 tỷ đồng. 

Đồng thời, phát hiện có 6/52 trạm thực hiện thu phí trước 14 năm 6 tháng, trong khi chưa đủ điều kiện thu phí, thu phí trước thời điểm dự án hoàn thành bàn giao đưa vào sử dụng. Toàn quốc có 31/87 trạm thu phí trên cùng tuyến không đảm bảo khoảng cách tối thiểu giữa 2 trạm 70 km.

Liên quan đến việc định giá doanh nghiệp và xử lý các vấn đề tài chính trước khi chính thức công bố giá trị doanh nghiệp cổ phần hóa, kết quả kiểm toán tại 4 doanh nghiệp xác định các khoản phải nộp ngân sách Nhà nước tăng thêm 491,5 tỷ đồng, xác định giá trị vốn nhà nước tăng thêm 6.374,7 tỷ đồng, giá trị thực tế doanh nghiệp tăng 7.172,3 tỷ đồng.

Kiểm toán 13 tập đoàn, tổng công ty Nhà nước, Kiểm toán Nhà nước đã phát hiện nhiều tồn tại, sai sót, trong công tác quản lý tài chính, tài sản công như: khai thác tài nguyên, khoáng sản khi chưa được cấp giấy phép, giấy phép hết hạn hoặc khai thác vượt công suất; chưa nộp tiền cấp quyền khai thác khoáng sản, lợi nhuận sau thuế vào ngân sách Nhà nước theo quy định. 

Các doanh nghiệp này còn để phát sinh nợ phải thu khó đòi, hàng hóa tồn kho, ứ đọng, kém, mất phẩm chất với giá lớn; hiệu quả hoạt động đầu tư tài chính, đầu tư ra nước ngoài hiệu quả thấp, xác định giá trị quyền sử dụng đất, giá trị thương hiệu, giá trị thực tế tài sản cố định, giá trị các khoản đầu tư tài chính không đầy đủ hoặc bàn giao tài sản không đúng thực tế dẫn đến xác định thiếu giá trị doanh  nghiệp khi cổ phần hóa; quản lý đất đai lỏng lẻo, thiếu hồ sơ pháp lý, bị lấn chiếm. Phần lớn doanh nghiệp hạch toán tài sản, nguồn vốn, doanh thu, chi phí còn sai sót, nhiều doanh nghiệp có bộ máy tổ chức cồng kềnh, năng suất lao động thấp. 

Thông qua kết quả kiểm toán của 2 tháng cuối năm 2016 và 9 tháng đầu năm 2017, Kiểm toán Nhà nước đã kiến nghị xử lý trách nhiệm của các tập thể, cá nhân có liên quan đến các sai phạm được phát hiện tại các báo cáo kiểm toán. Chuyển hồ sơ hai vụ việc có dấu hiệu tội phạm được phát hiện thông qua kết quả kiểm toán sang Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an để điều tra, làm rõ và xử lý theo quy định của pháp luật. 

Gồm vụ việc có dấu hiệu vi phạm pháp luật của Công ty TNHH Thương mại dịch vụ dầu khí Hoàng Ngân và vụ việc có dấu hiệu vi phạm pháp luật của Công ty Cổ phần DAP số 2 - Vinachem thuộc Tập đoàn Hóa chất Việt Nam và một số tổ chức cá nhân có liên quan trong quá trình đầu tư, xây dựng Dự án Nhà máy sản xuất phân bón Diamon phốt phát (DAP) số 2. 

Đánh giá chung, Tổng kiểm toán Hồ Đức Phớc khằng định, năm 2017, Kiểm toán Nhà nước tiếp tục thực hiện tốt các nhiệm vụ về công tác phòng, chống tội phạm tại nghị quyết số 63/2013/QH13 của Quốc hội về tăng cường các biện pháp đấu tranh phòng, chống tội phạm đối với Kiểm toán Nhà nước.