Thanh tra Chính phủ đã tổ chức công bố quyết định thanh tra tại Bộ Y tế theo kế hoạch thanh tra năm 2017 đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt.

Theo quyết định được công bố, Thanh tra Chính phủ sẽ tiến hành thanh tra trách nhiệm của Bộ Y tế và các đơn vị trực thuộc, liên quan trong việc thực hiện quy định về tự chủ theo các Nghị định 43/2006/NĐ-CP, Nghị định 16/2015/NĐ-CP của Chính phủ; việc quản lý đầu tư xây dựng 02 bệnh viện trọng điểm theo Đề án 125: Bệnh viện Nhi đồng TP Hồ Chí Minh, Bệnh viện 175 Bộ Quốc phòng (Viện chấn thương chỉnh hình). ​​

​Theo quyết định số 2199/QĐ-TTCP ngày 31/8/2017 của Tổng Thanh tra Chính phủ, đoàn thanh tra có 13 thành viên do ông Phan Thăng Long, Phó Vụ trưởng Vụ III- Thanh tra Chính phủ làm Trưởng đoàn. Thời gian thanh tra là 70 ngày làm việc thực tế kể từ ngày công bố Quyết định và đoàn Thanh tra có nhiệm vụ tiến hành thanh tra theo nội dung quy định và kế hoạch tiến hành thanh tra được phê duyệt.

Cũng theo Quyết định số 2266/QĐ-TTCP, ngày 11/9/2017 của Tổng Thanh tra Chính phủ về việc thành lập Tổ giám sát Đoàn thanh tra theo Quyết định 2199/QĐ-TTCP do ông Ngô Khánh Luận, Trưởng phòng Nghiệp vụ III, Vụ Giám sát, thẩm định và xử lý sau thanh tra của Thanh tra Chính phủ làm Tổ trưởng.

Trước đó, Thủ tướng Chính phủ đã yêu cầu Thanh tra Chính phủ tiến hành thanh tra việc cấp phép nhập khẩu thuốc và cấp giấy đăng ký lưu hành thuốc đối với 7 loại thuốc do Công ty Helix Pharmaceuticals Inc, Canada sản xuất và việc trúng các gói thầu cung cấp thuốc cho các bệnh viện của Công ty Cổ phần VN Pharma trước khi xảy ra vụ án; báo cáo Thủ tướng Chính phủ trước ngày 31/12 tới.