Bên cạnh những kết quả đạt được, đã có những sai phạm nghiêm trọng trong huy động, quản lý và sử dụng các nguồn lực phòng, chống dịch, đặc biệt trong công tác nghiên cứu, nghiệm thu, chuyển giao, cấp phép lưu hành, hiệp thương giá, tổ chức sản xuất, mua bán kít xét nghiệm Covid-19...