Theo Kiểm toán Nhà nước, dự án cấp nước và nước thải đô thị gồm hai hợp phần: hợp phần 1 đầu tư và thực thi dự án; hợp phần 2 là hỗ trợ kỹ thuật.

Hợp phần 1 gồm 14 tiểu dự án cấp nước, thoát nước và vệ sinh môi trường tại các tỉnh như Quảng Ninh, Ninh Bình, Quảng Nam, Lâm Đồng, Bình Dương, Kiên Giang, Bình Phước, Thanh Hóa, Nghệ An, Quảng Trị... do UBND các thị xã/thành phố thực hiện. Tổng mức đầu tư là 232,38 triệu USD, trong đó, vốn vay Ngân hàng Thế giới là 197 triệu USD, vốn đối ứng là 35,38 triệu USD.

Tổng mức đầu tư hợp phần 2 do Bộ Xây dựng thực hiện là 2,35 triệu USD, vốn vay Ngân hàng Thế giới là 1,9 triệu USD, vốn đối ứng là 0,55 triệu USD; tổng vốn các dự án do Bộ Kế hoạch và Đầu tư thực hiện là 1,46 triệu USD.

Kiểm toán Nhà nước nhận định, công tác lập, kiểm định, phê duyệt và điều chỉnh tổng mức đầu tư của các dự án còn nhiều thiếu sót. Tổng mức đầu tư các tiểu dự án tăng do chưa lường trước được các chi phí lãi vay, tỷ giá thay đổi. Cụ thể, các tiểu dự án cấp thoát nước tại Đà Lạt, Uông Bí, Mỹ Phước, Ninh Bình, Bỉm Sơn, Phú Quốc lập thiếu chi phí lãi vay trong thời gian xây dựng và các chi phí cần thiết khác.

Việc lập, thẩm định, phê duyệt dự toán cũng có hạn chế như tiên lượng dự toán thiếu tại tiểu dự án Đà Lạt; lập dự toán gói thầu BSWW - 07 sai mức thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp, tính thuế thu nhập doanh nghiệp trên cả phần chi phí bồi hoàn dẫn đến làm tăng giá gói thầu lên 253 triệu đồng tại tiểu dự án Bỉm Sơn.

Một số dự án thành phần như tiểu dự án Ninh Bình chậm tiến độ gần 2 năm, gói thầu DLWW - 04 thuộc tiểu dự án thoát nước Đà Lạt chậm gần 20 tháng so với hợp đồng gốc, chậm 6 tháng so với phụ lục hợp đồng.

Báo cáo của Kiểm toán Nhà nước cũng chỉ ra việc chấp hành chế độ quản lý tài chính kế toán của các dự án còn nhiều hạn chế như chưa thực hiện theo dõi riêng đối với lãi tiền gửi từ tài khoản cấp 2 mà hạch toán vào doanh thu tài chính của đơn vị là chưa phù hợp với Thông tư 218 của Bộ Tài chính.

Đơn vị hoàn thuế VAT, khấu trừ thuế VAT vào hoạt động sản xuất kinh doanh đối với phần thuế VAT do ngân sách cấp phát để thanh toán cho các nhà thầu là không đúng quý định. Tổng số tiền không đúng là 18,8 tỷ đồng tại tiểu dự án Đà Lạt và tiểu dự án Uông Bí.

Theo dõi hoạch toán thiếu trên tài khoản 241 chi phí đầu tư xây dựng cơ bản chi phí gói thầu BSW với số tiền là 856 triệu đồng tại tiểu dự án Mỹ Phước…

Với các hạn chế thiếu sót trên, Kiểm toán Nhà nước đề nghị các chủ đầu tư và ban quản lý dự án được kiểm toán cần điều chỉnh sổ kế toán, báo cáo tài chính, báo cáo quyết toán theo quyết định của Kiếm toán Nhà nước.

Kiểm toán Nhà nước kiến nghị xử lý về tài chính 94 tỷ đồng. Trong đó, xử lý về tài chính báo cáo quyết toán dự án là 74,2 tỷ đồng; nộp trả quỹ hoàn thuế VAT 18,8 tỷ đồng, thu hồi vốn ngân sách địa phương bố trí đối ứng không đúng quy định theo quyết định phê duyệt dự án 1 tỷ đồng.

Đối với công ty TNHH MTV Cấp thoát nước Lâm Đồng, Kiểm toán Nhà nước đề nghị thực hiện lập, phê duyệt các hồ sơ pháp lý đối với giá trị chưa đủ điều kiện thanh quyết toán; phối hợp nhà thầu và tư vấn giám sát xác định rõ nguyên nhân chậm tiến độ gói thầu DLWW - 04 để xử lý theo quy định. 

Công ty Cổ phần nước sạch Quảng Ninh hoàn trả ngân sách Nhà nước 1 tỷ đồng. Công ty TNHH Cấp thoát nước Kiên Giang đàm phán nhà thầu thi công điều chỉnh giá hợp đồng gói thầu PQWS - 03 làm cơ sở quyết toán hoàn thành với số tiền chưa đủ điều kiện quyết toán là 2,4 tỷ đồng.

Đối với Công ty Cổ phần Nước - Môi trường Bình Dương, Công ty Cổ phần Cấp thoát nước Bình Định, Kiểm toán Nhà nước yêu cầu làm việc với các ngân hàng để làm rõ chênh lệch trong ghi nhận nguồn vốn vay của Ngân hàng Thế giới và là căn cứ để xác định nguồn vốn, chi phí lãi vay dự án.