Bộ Tài chính đã có công văn yêu cầu cơ quan thuế các địa phương phải có biện pháp thực hiện giải quyết hoàn thuế nhanh, đặc biệt là hồ sơ đề nghị tạm hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào đối với hàng hoá thực xuất khẩu nhưng chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng.

Bộ Tài chính cũng yêu cầu xử lý nghiêm đối với các bộ phận và cán bộ công chức vi phạm quy trình hoàn thuế dẫn đến kéo dài thời gian giải quyết hoàn thuế cho doanh nghiệp.

Trong khi chờ Bộ sửa đổi, bổ sung Thông tư 04 về việc hướng dẫn hoàn thuế giá trị gia tăng, cơ quan thuế các địa phương vẫn tiếp tục giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng cho doanh nghiệp theo Thông tư này.

Nếu doanh nghiệp vừa đề nghị tạm hoàn thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, vừa đề nghị tạm hoàn thuế đối với hàng hoá bán trong nước trong cùng một hồ sơ,  thì cơ quan thuế phải có trách nhiệm tách số liệu liên quan đến thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hoá xuất khẩu chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng để giải quyết hoàn thuế ngay, số thuế còn lại sẽ thực hiện hoàn thuế theo quy định.