Trong báo cáo kiểm toán hoạt động xây dựng và việc quản lý, sử dụng vốn đầu tư dự án đầu tư xây dựng BOT Quốc lộ 38 đoạn từ cầu Yên Lệnh (Hưng Yên) đến nút giao Vực Vòng (Hà Nam) theo hình thức hợp đồng BOT, Kiểm toán Nhà nước kiến nghị Bộ Giao thông Vận tải thương thảo điều chỉnh giảm giá vé hoặc giảm thời gian thu phí từ 15 năm 6 tháng xuống còn 7 năm 5 tháng 14 ngày, giảm tương ứng 8 năm 16 ngày.

Theo Kiểm toán Nhà nước, việc điều chỉnh giảm giá vé hoặc thời gian thu phí là do điều chỉnh, cập nhật lại một số chỉ tiêu và loại khỏi quyết toán một số chi phí chưa hợp lý. Cụ thể, loại khỏi phương án tài chính gần 34 tỷ đồng lợi nhuận của nhà đầu tư; loại khỏi giá trị quyết toán nguồn vốn khác 840 triệu đồng; cập nhật lại một số chỉ tiêu của phương án tài chính, giảm số tiền gần 3.480 tỷ đồng.

Trong đó, số tiền giảm gần 3.480 tỷ đồng gồm cập nhật điều chỉnh lại thời điểm kết thúc việc thu giá hoàn vốn dự án Cầu Yên Lệnh trong phương án tài chính từ tháng 6/2026 đến tháng 1/2019; điều chỉnh lại lưu lượng và tốc độ tăng trưởng thực tế cao hơn 19,82% so với phương án tài chính ban đầu; cập nhật giảm trên 233 tỷ đồng do điều chỉnh các chỉ tiêu dẫn đến thời gian thực hiện dự án rút ngắn, giảm chi phí sửa chữa định kỳ và sửa chữa lớn; cập nhật điều chỉnh tổng mức đầu tư giảm trên 278 tỷ đồng; doanh thu thu phí đến khi kết thúc dự án giảm trên 1.859 tỷ đồng…

Báo cáo kiểm toán cũng chỉ ra rằng, suất đầu tư trong tổng mức đầu tư của dự án cao hơn 70 tỷ đồng so với suất đầu tư do Bộ Xây dựng công bố; một số hạng mục áp dụng đơn giá và khối lượng chưa phù hợp làm tăng tổng mức đầu tư số tiền gần 11 tỷ đồng; phê duyệt đầu tư xây mới 8/10,2 km chưa hoàn toàn phù hợp với chủ trương của Thủ tướng Chính phủ. 

Bên cạnh đó, dự án khởi công ngày 27/3/2015, trước khi được cấp giấy chứng nhận đầu tư ngày 13/11/2015 và trước khi ký phụ lục hợp đồng BOT ngày 15/1/2016 là chưa phù hợp với quy định…

Kiểm toán Nhà nước kiến nghị Bộ Giao thông Vận tải chấn chỉnh, rút kinh nghiệm trong việc phê duyệt mở mới dự án không phù hợp với chủ trương của Thủ tướng Chính phủ; không làm rõ nhận định và ý kiến tham gia của Bộ Tài chính; đề nghị Thủ tướng Chính phủ cho phép chỉ định Nhà đầu tư khi chưa có đánh giá về năng lực và ý kiến đồng ý thực hiện dự án của nhà đầu tư.

Đối với Công ty TNHH BOT cầu Yên Lệnh, Kiểm toán Nhà nước kiến nghị xử lý tài chính số tiền trên 44 tỷ đồng, trong đó bao gồm thu hồi tiền hoàn trả nhà đầu tư gần 2,3 tỷ đồng; giảm số phải trả gần 18 tỷ đồng do thanh toán khối lượng và đơn giá chưa phù hợp; xử lý tài chính khác trên 24 tỷ đồng; phối hợp với các cơ quan nhà nước có thẩm quyền thương thảo, cập nhật, điều chỉnh lại các chỉ tiêu đầu vào theo ý kiến của Kiểm toán Nhà nước, làm cơ sở điều chỉnh lại phương án tài chính và xác định lại thời gian thực hiện dự án.

Dự án BOT Quốc lộ 38 từ cầu Yên Lệnh đến nút giao Vực Vòng do liên danh Tổng công ty Thăng Long và Tổng công ty Xây dựng giao thông 4 là nhà đầu tư, với doanh nghiệp dự án là Công ty TNHH BOT cầu Yên Lệnh. Dự án này có chiều dài toàn tuyến 12,42 km, trong đó đoạn bao trùm lên phạm vi dự án cầu Yên Lệnh là 5,88 km.