Theo dự thảo báo cáo giải trình thì việc ban hành danh mục hàng hóa và khung thuế suất thuế xuất khẩu cho từng nhóm hàng ngay trong luật là cần thiết. 

Tuy nhiên, việc ban hành quá chi tiết sẽ không đảm bảo phù hợp với các biến động của nền kinh tế và khó khăn cho việc điều hành các chính sách của Nhà nước. Đồng thời, để bảo đảm xử lý kịp thời các vấn đề phát sinh trong thực tiễn, dự thảo luật giao Uỷ ban Thường vụ Quốc hội quyết định sửa đổi, bổ sung khi Chính phủ trình. 

Mặt khác, đối với hàng hóa nhập khẩu, các quy định về thuế suất thuế nhập khẩu được thực hiện theo các hiệp định thương mại mà Việt Nam ký kết và được Quốc hội phê chuẩn, dự kiến trong vòng 10 năm tới mức độ tự do hóa thương mại sẽ đạt 97-98% dòng thuế.

Do vậy, về cơ bản mức thuế suất vẫn do Quốc hội quyết định. 

Đồng thời, trong thực tế danh mục hàng hóa xuất nhập khẩu là rất lớn (trên 10.400 dòng thuế), chủ yếu là hàng hóa nhập khẩu thì việc quy định ngay trong luật về danh mục và mức thuế suất thuế nhập khẩu là thiếu khả thi và không thực sự cần thiết, Uỷ ban Thường vụ Quốc hội kiên trì quan điểm đã được thể hiện tại dự thảo luật.

Liên quan tới nội dung khác, Chủ nhiệm Uỷ ban Tài chính - Ngân sách Phùng Quốc Hiển cho biết, có ý kiến đề nghị xem xét quy định các trường hợp tổ chức tín dụng bảo lãnh nhưng hết thời hạn bảo lãnh mà người nộp thuế chưa nộp thuế và tiền chậm nộp thì tổ chức nhận bảo lãnh có trách nhiệm nộp đúng số thuế và tiền chậm nộp thay cho người nộp thuế, trường hợp người bảo lãnh không thực hiện thì xử lý như thế nào? Nếu thực hiện cưỡng chế thì nằm trong văn bản nào?

Thường trực Uỷ ban và cơ quan soạn thảo thống nhất giải trình: theo quy định của dự thảo luật, trường hợp người nộp thuế được tổ chức tín dụng bảo lãnh mà không thực hiện nộp thuế đúng hạn thì tổ chức bảo lãnh phải nộp thay. Trường hợp người bảo lãnh không nộp khoản tiền thuế, tiền chậm nộp thay cho người nộp thuế thì sẽ thực hiện biện pháp cưỡng chế đã được quy định tại điều 93 của Luật Quản lý thuế và các pháp luật có liên quan. 

Uỷ ban Thường vụ Quốc hội cũng đề nghị thời gian có hiệu lực của luật từ ngày 1/9/2016 thay vì từ ngày 1/7/2016.