Theo đó, Nghị định quy định cụ thể việc quản lý, thanh toán và quyết toán vốn đầu tư cho dự án đầu tư công sử dụng vốn ngân sách Nhà nước; nhiệm vụ quy hoạch, nhiệm vụ chuẩn bị đầu tư sử dụng vốn đầu tư công; dự án đầu tư theo phương thức đối tác công tư – PPP (gồm: vốn đầu tư công thực hiện nhiệm vụ chuẩn bị đầu tư; bồi thường, giải phóng mặt bằng, hỗ trợ, tái định cư, hỗ trợ xây dựng công trình tạm; hỗ trợ xây dựng công trình, hệ thống cơ sở hạ tầng được tách thành tiểu dự án trong dự án PPP và chi phí bồi thường chấm dứt hợp đồng trước thời hạn cho nhà đầu tư, doanh nghiệp dự án PPP) và dự án đầu tư công sử dụng vốn từ nguồn thu hợp pháp của các cơ quan Nhà nước, đơn vị sự nghiệp công lập dành để đầu tư.

Ngoài ra, Nghị định cũng quy định việc quyết toán vốn đầu tư công nguồn ngân sách Nhà nước theo năm ngân sách (quyết toán theo niên độ) và chỉ quyết toán vốn đầu tư công dự án hoàn thành, bao gồm các nhiệm vụ, dự án quy định tại nêu trên khi hoàn thành hoặc dừng thực hiện vĩnh viễn theo văn bản cho phép dừng hoặc cho phép chấm dứt thực hiện của người có thẩm quyền quyết định phê duyệt quyết định đầu tư.

Đối với vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA), vốn vay ưu đãi của các nhà tài trợ nước ngoài bố trí cho dự án đầu tư công: Quy trình, thủ tục kiểm soát thanh toán và quyết toán thực hiện theo các quy định tại Nghị định này; riêng thủ tục rút vốn và quản lý rút vốn thực hiện theo điều ước quốc tế về ODA, vốn vay ưu đãi của các nhà tài trợ nước ngoài và quy định của Chính phủ về quản lý và sử dụng vốn ODA, vốn vay ưu đãi của các nhà tài trợ nước ngoài.

Về nguyên tắc quản lý, thanh toán vốn đầu tư công, Nghị định quy định việc quản lý, thanh toán vốn đầu tư công cho nhiệm vụ, dự án bảo đảm đúng mục đích, đúng đối tượng, tiết kiệm, hiệu quả, đúng quy định về quản lý đầu tư công và ngân sách Nhà nước của pháp luật hiện hành và quy định tại Nghị định này.

Chủ đầu tư sử dụng vốn đầu tư công chịu trách nhiệm quản lý, sử dụng vốn đúng mục đích, đúng đối tượng, tiết kiệm, hiệu quả; chấp hành đúng quy định của pháp luật về chế độ tài chính đầu tư. Chủ đầu tư sử dụng vốn đầu tư công nguồn ngân sách Nhà nước phải thực hiện đúng quy định của pháp luật về chế độ chi đầu tư phát triển, chi đầu tư xây dựng cơ bản quy định tại Luật Ngân sách Nhà nước.

Cơ quan cấp trên của chủ đầu tư có trách nhiệm kiểm tra, đôn đốc các chủ đầu tư, ban quản lý dự án (gọi chung là chủ đầu tư) thuộc phạm vi quản lý thực hiện kế hoạch đầu tư công, sử dụng vốn đầu tư công đúng quy định của pháp luật hiện hành.

Cơ quan tài chính các cấp thực hiện công tác quản lý tài chính đầu tư công trong việc chấp hành chế độ, chính sách về quản lý, thanh toán vốn đầu tư công theo quy định của pháp luật hiện hành và tại Nghị định này.

Cơ quan kiểm soát, thanh toán vốn đầu tư công có trách nhiệm kiểm soát, thanh toán vốn kịp thời, đầy đủ, đúng quy định cho các nhiệm vụ, dự án khi có đủ điều kiện thanh toán, đủ hồ sơ thanh toán theo quy định.

Nghị định 99/2021/NĐ-CP có hiệu lực từ ngày 1/1/2022.