Khi đơn vị được hưởng thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt, thuế suất thuế nhập khẩu trong công thức tính giá cơ sở cao hơn thuế suất nhập khẩu xăng dầu thực tế áp dụng tại các doanh nghiệp kinh doanh xăng dầu đầu mối. Điều này tạo nên khoản thặng dư 4.809 tỷ đồng cho các doanh nghiệp này trong giai đoạn 2015-2016.

Đây là ý kiến của Kiểm toán Nhà nước gửi tới Bộ Tài chính sau khi kết thúc kiểm toán chuyên đề việc trích lập, quản lý, sử dụng Quỹ bình ổn giá xăng dầu và công tác quản lý, điều hành giá xăng dầu giai đoạn 2015-2016.

Kiểm toán Nhà nước cũng chỉ ra điểm bất cập về công tác hoàn thuế đối với các doanh nghiệp đầu mối kinh doanh xăng dầu. 

Cụ thể, Tập đoàn xăng dầu Việt Nam (Petrolimex) và Tổng công ty Xăng dầu Quân đội (Mipeco) chưa được hoàn thuế nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế giá trị gia tăng giai đoạn 2015-2016 lần lượt là 204,8 tỷ đồng và 27,3 tỷ đồng của các tờ khai có chứng nhận xuất xứ (C/O) mẫu D, C/O mẫu KV. Kiểm toán nhà nước đã đề nghị Bộ Tài chính chỉ đạo Tổng cục Hải quan nhanh chóng xác minh, giải quyết theo quy định.

Đối với Petrolimex, Kiểm toán nhà nước xác định thuế nhập khẩu năm 2015 chưa được hoàn là 64 tỷ đồng; thuế nhập khẩu và thuế tiêu thụ đặc biệt năm 2016 chưa được hoàn là 141 tỷ đồng. 

Ngày 3/3/2017, Tập đoàn đã có công văn gửi Tổng cục Hải quan về việc đề nghị chấp nhận các C/O mẫu D năm 2015, nhưng đến thời điểm kiểm toán (từ 11/4 - 3/6/2017), Tập đoàn vẫn chưa nhận được văn bản trả lời. 

Thuế nhập khẩu và thuế tiêu thụ đặc biệt năm 2016 của Tập đoàn cũng chưa được hoàn, theo trả lời của các chi cục hải quan Hòn Gai và Vân Phong là do có một số lỗi ghi trên C/O mẫu D và C/O mẫu KV của đơn vị cần được xác minh. Tuy nhiên, đến thời điểm kiểm toán, các lô hàng trên vẫn chưa được các chi cục hải quan xác minh.

Đối với Mipeco, thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng mà doanh nghiệp chưa được hoàn năm 2015 là 14,2 tỷ đồng; thuế nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế giá trị gia tăng năm 2016 chưa được hoàn là 13,1 tỷ đồng. 

Dù doanh nghiệp đã có văn bản gửi Tổng cục Hải quan, Cục Hải quan Tp.HCM đề nghị trả lời về kết quả xác minh C/O mẫu D nộp năm 2015 nhưng đến thời điểm kiểm toán, doanh nghiệp vẫn chưa nhận được văn bản trả lời. 

Năm 2016, nguyên nhân doanh nghiệp chưa được hoàn thuế là do khi kiểm tra sau thông quan, Cục Hải quan Tp.Hải Phòng đã xác định giấy chứng nhận xuất xứ của lô hàng không phù hợp và ban hành Quyết định số 4278/QĐ-HQHP (17/11/2016) để ấn định thuế. 

Dù ngày 29/12/2016, Cục Giám sát quản lý về hải quan thuộc Tổng cục Hải quan có Văn bản số 1970/GSQL-GQ4 về việc mẫu C/O của đơn vị, trong đó có nêu trường hợp của đơn vị có thể coi là một lỗi nhỏ, không ảnh hưởng đến xuất xứ hàng hóa theo Thông tư số 40/2015/TT-BTC của Bộ Tài chính. Tuy nhiên, đến thời điểm kiểm toán, Mipeco chưa được hoàn thuế.

Về thuế tiêu thụ đặc biệt, Kiểm toán Nhà nước đề nghị Bộ Tài chính nghiên cứu, sửa đổi, bổ sung quy định về thuế tiêu thụ đặc biệt đối với mặt hàng xăng dầu theo giá bán lẻ nhằm đảm bảo tiền thuế đã thu của người tiêu dùng cơ cấu trong giá bán lẻ được nộp đầy đủ vào ngân sách Nhà nước. 

Cách tính hiện nay đang dẫn đến thực trạng người tiêu dùng đóng thuế tiêu thụ đặc biệt mặt hàng xăng theo giá bán lẻ nhưng số thuế tiêu thụ đặc biệt thực nộp vào ngân sách Nhà nước lại theo giá bán buôn.

Về thuế nhập khẩu ưu đãi, mức thuế suất thuế nhập khẩu trong công thức tính giá cơ sở của liên Bộ Công Thương - Tài chính giai đoạn 2015-2016 được xác định từ 1/1/2015 đến 4/3/2016 theo tỷ lệ thuế nhập khẩu ưu đãi thông thường; từ 6/3/2016 đến nay theo tỷ lệ thuế suất thuế nhập khẩu bình quân giữa thuế suất thuế ưu đãi đặc biệt và thuế suất thuế ưu đãi thông thường. 

Trong khi đó, tại doanh nghiệp đầu mối, giai đoạn 2015-2016, mức thuế suất thuế nhập khẩu xăng dầu được quy định bởi 2 chính sách: chính sách áp dụng mức thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi thông thường đối với hàng không có C/O mẫu D, mẫu KV và chính sách áp dụng mức thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt đối với hàng có C/O mẫu D, mẫu KV.

Điều này dẫn đến tình trạng là khi đơn vị được hưởng thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt thì thuế suất thuế nhập khẩu trong công thức tính giá cơ sở cao hơn thuế suất nhập khẩu xăng dầu thực tế áp dụng tại các doanh nghiệp đầu mối, qua đó tạo nên một khoản thặng dư cho các doanh nghiệp đầu mối giai đoạn 2015-2016 là 4.809 tỷ đồng.  

Do vậy, Kiểm toán Nhà nước đề nghị Bộ Tài chính nghiên cứu, áp dụng thống nhất một mức thuế suất thuế nhập khẩu xăng dầu tính giá cơ sở phù hợp để thuận lợi trong quản lý, điều hành giá xăng dầu, hạn chế tối đa việc trốn lậu thuế và tình trạng doanh nghiệp đầu mối bị các đối tác cung cấp xăng dầu nhập khẩu ép giá.

Kiểm toán nhà nước cũng chỉ rõ, trong số 47 kỳ điều hành giá bán lẻ xăng dầu theo chu kỳ tính giá cơ sở của liên Bộ Công Thương - Tài chính giai đoạn 2015-2016, có 23 kỳ điều hành giá năm 2015 không công bố giá cơ sở của dầu diezel 0,25S và 47 kỳ điều hành giá năm 2015, 2016 không công bố giá cơ sở của xăng RON 95. 

Tổng giá trị lượng xăng dầu tính theo giá cơ sở nhà nước công bố cao hơn tổng giá trị hàng nhập tính theo giá cơ sở tính thực tế phát sinh tại 10 doanh nghiệp đầu mối được kiểm toán là gần 123 tỷ đồng. 

Nguyên nhân do cách tính toán các yếu tố hình thành giá cơ sở (giá CIF) còn bất cập. Do đó, cơ quan kiểm toán đề nghị Bộ Tài chính phối hợp với Bộ Công Thương xem xét việc xác định giá cơ sở cho phù hợp với tình hình thực tế, cũng như quản lý chặt chẽ hơn giá bán lẻ xăng dầu.