Trước đó, tháng 5/2024, Cơ quan An ninh điều tra đã ban hành bản kết luận điều tra vụ án nhưng sau đó, tháng 7/2024, Viện kiểm sát nhân dân Tối cao có quyết định trả hồ sơ để điều tra bổ sung.

Quá trình điều tra bổ sung, cơ quan điều tra đã áp dụng biện pháp tạm giam đối với 9 bị can bị khởi tố trước đó gồm: ông Hoàng Quốc Vượng (cựu Thứ trưởng Bộ Công thương), Phương Hoàng Kim (cựu Cục trưởng Cục Điện lực và năng lượng tái tạo, Bộ Công thương, Trịnh Văn Đoàn (cựu chuyên viên Phòng cấp phép và quan hệ công chúng, Cục Điều tiết Điện lực, Bộ Công thương)...

Trong bản kết luận điều tra ban đầu, 9 bị can này bị đề nghị truy tố Lợi dụng chức vụ quyền hạn.

Đồng thời, Cơ quan điều tra khởi tố thêm 3 bị can ở Cục thuế tỉnh Bình Phước gồm Nguyễn Duy Khánh (cựu Cục phó), Trần Văn Định (cựu trưởng phòng tuyên truyền hỗ trợ người nộp thuế), Phạm Quang Vinh (Phó phòng thanh tra-kiểm tra 1).

Sau khi điều tra bổ sung, các bị can này bị đề nghị truy tố về tội Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng.

Ngoài ra, Cơ quan điều tra cũng ra lệnh hoãn xuất cảnh đối với nhiều các nhân liên quan khác.

Theo kết quả điều tra, bị can Hoàng Quốc Vượng và bị can Phương Hoàng Kim (cựu Cục trưởng Cục Điện lực và năng lượng tái tạo, Bộ Công thương) đã có hành vi lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ trong việc Bộ Công thương tham mưu cho Thủ tướng thực hiện quy định về diện đối tượng và điều kiện được hưởng chính sách giá điện ưu đãi.

Hành vi phạm tội của hai bị can gây thiệt hại cho Tập đoàn Điện lực Việt Nam số tiền 937 tỷ đồng.

Cùng hành vi trên có 7 bị can khác gồm: Trịnh Văn Đoàn, Trần Quốc Hùng, Nguyễn Danh Sơn, Nguyễn Hữu Khải, Đỗ Ngọc Tuyền, Trương Hoàng Dũng, Phan Văn Sang.

Các bị can này có hành vi sai phạm khi Cục Điều tiết điện lực Bộ Công thương cấp Giấy phép hoạt động điện lực, Công ty Mua bán điện công nhận ngày vận hành thương mại, Cục thuế tỉnh Bình Phước hoàn thuế giá trị gia tăng cho Công ty cổ phần năng lượng Lộc Ninh 3.

Về nhóm 3 cá nhân bị khởi tố thêm khi điều tra bổ sung, Cơ quan điều tra làm rõ hành vi thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng trong hoàn thuế cho Công ty Lộc Ninh 3.

Theo kết luận điều tra, từ tháng 10 đến 12/2020, Công ty Lộc Ninh 3 hoàn thành đầu tư xây dựng và vận hành thương mại Nhà máy điện mặt mặt trời Lộc Ninh 3 tại xã Lộc Tấn, huyện Lộc Ninh, Bình Phước trên diện tích 149,5 hecta đất sản xuất thuộc quyền sử dụng của Công ty TNHH MTV Cao su Lộc Ninh.

Tuy nhiên, cơ quan thẩm quyền chưa có quyết định thu hồi đất, giao đất, cho thuê đất và chuyển mục đích sử dụng đất rừng sản xuất sang đất công trình năng lượng. Công ty không được cấp phép xây dựng, không có quyết định chủ trương đầu tư.

Theo Cơ quan điều tra, Công ty Lộc Ninh 3 đã vi phạm các quy định của Luật Đầu tư. Theo tiết b điểm 3 khoản 3 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC của Bộ Tài chính thì dự án trên thuộc trường hợp không được hoàn thuế giá trị gia tăng, mà phải kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án đầu tư theo pháp luật về đầu tư sang kỳ tiếp theo.

Tuy nhiên, tháng 4/2021, Công ty Lộc Ninh 3 vẫn đề nghị hoàn thuế số tiền 145 tỷ đồng. Nhận được hồ sơ đề nghị hoàn thuế, cựu cục phó Nguyễn Duy Khánh ký thông báo chuyển hồ sơ sang diện kiểm tra trước hoàn thuế sau.

Hồ sơ hoàn thuế được bị can Phan Văn Sang kiểm tra, sau đó, bị can Trần Văn Định phê duyệt phiếu đề xuất hoàn thuế và bị can Phạm Quang Vinh ký văn bản thẩm định xác định hồ sơ đủ điều kiện hoàn thuế.

Đến tháng 7/2021, bị can Khánh ký quyết định hoàn thuế và Công ty Lộc Ninh 3 nhận được số tiền này.

Cơ quan điều tra kết luận các bị can Khánh, Định, Vinh không thực hiện đầy đủ, không đúng nhiệm vụ được giao dẫn đến không phát hiện hồ sơ hoàn thuế của Dự án Nhà máy điện mặt trời Lộc Ninh 3 không đảm bảo thủ tục pháp lý.

Cơ quan điều tra xác định việc Cục thuế tỉnh Bình Phước cho Công ty Lộc Ninh 3 hoàn thuế là trái quy định pháp luật về hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư, gây thiệt hại ngân sách 145 tỷ đồng.