Theo Văn phòng Chính phủ, dự án xây dựng một số đoạn đường bộ cao tốc trên tuyến Bắc – Nam phía Đông là dự án có quy mô lớn, tính chất phức tạp, triển khai gấp và tổ chức đấu thầu quốc tế lựa chọn nhà đầu tư nên Bộ Giao thông vận tải đã đề xuất thành lập Tổ công tác liên ngành và được Chính phủ thông qua tại khoản 9 Điều 1 Nghị quyết số 20/NQ-CP. 

Cụ thể, thành lập Tổ công tác liên ngành để hỗ trợ cơ quan nhà nước có thẩm quyền đàm phán, thực hiện dự án gồm đại diện Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính, Bộ Tài nguyên và Môi trường, Bộ Xây dựng, Bộ Tư pháp và địa phương nơi có dự án đi qua, có mời thêm một số chuyên gia (nếu cần thiết).

Tuy nhiên, theo ý kiến của các Bộ (Kế hoạch và Đầu tư, Tài chính, Tư pháp), việc thành lập Tổ công tác liên ngành là không đủ cơ sở pháp lý và các Bộ đề nghị thực hiện theo quy định tại Nghị định số 63/2018/NĐ-CP ngày 04/5/2018. 

Vì thế, để đảm bảo tiến độ thực hiện, Bộ Giao thông vận tải kiến nghị Chính phủ xem xét dừng thực hiện khoản 9 Điều 1 Nghị quyết số 20/NQ-CP về việc thành lập Tổ công tác liên ngành. Trong trường hợp cần thiết, Bộ Giao thông vận tải sẽ lấy ý kiến các Bộ đối với các nội dung liên quan theo chức năng, nhiệm vụ của các Bộ.