Quy hoạch này là cơ sở để triển khai lập dự án đầu tư xây dựng Bảo tàng Thiên nhiên Việt Nam thành một Bảo tàng Thiên nhiên cấp quốc gia đầu hệ, có cơ sở vật chất, hạ tầng kỹ thuật hiện đại. Đồng thời thực hiện được các chức năng của một Bảo tàng Thiên nhiên cấp quốc gia, có tầm cỡ khu vực và thế giới; đáp ứng nhiệm vụ bảo tồn di sản văn hóa, khoa học nghiên cứu, giáo dục khoa học, phục vụ lợi ích cộng đồng.

Theo Quy hoạch đã được duyệt, Bảo tàng gồm các khu chức năng: Khu trưng bày đa năng kết hợp học tập có diện tích gần 3,2 ha; Khu tiếp đón và trưng bày chuyên đề khoảng 0,4ha; Khu trung tâm nghiên cứu và văn phòng khoảng 14ha; Khu kỹ thuật và chế tác mẫu vật gần 0,9ha; Khu cây xanh tập trung 3,1ha; khu mặt nước hơn 11ha; khu cây xanh cách ly, kênh nước khoảng 5,8ha...

Trong đó, bảo tàng chính sẽ được xây dựng cao 2-5 tầng, có hình khối đặc trưng theo ngôn ngữ kiến trúc bảo tàng; Khối trưng bày và khối trưng bày chuyên đề… cao 1-3 tầng; Khu dịch vụ đa năng, khu trung tâm nghiên cứu và văn phòng cao 1-4 tầng, có lối tiếp cận riêng, đảm bảo không bị chồng chéo về giao thông với khách tham quan…

Hướng tới mục tiêu xây dựng Bảo tàng Thiên nhiên Việt Nam hiện đại hàng đầu trong khu vực, các bước triển khai sẽ được tiến hành tuần tự, song song với lộ trình cụ thể để đảm bảo công trình này là một tổng thể hài hoà, đồng bộ giữa các khu trưng bày, nghiên cứu, dịch vụ … đạt chuẩn.