Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 159/2007/QĐ-TTg ban hành Quy chế phối hợp giữa các bộ, ngành, địa phương đối với các vùng kinh tế trọng điểm. Thủ tướng yêu cầu: sự phối hợp phải đảm bảo nguyên tắc đồng thuận giữa các bộ, ngành; giữa các bộ, ngành với các địa phương và giữa các địa phương với nhau trong vùng kinh tế trọng điểm, nhằm tạo ra “khung kết cấu hạ tầng” đồng bộ, hiện đại...

Trên cơ sở quy hoạch tổng thể phát triển kinh tế - xã hội vùng kinh tế trọng điểm, quy hoạch ngành đã được Thủ tướng phê duyệt, UBND các tỉnh, thành phố trong vùng kinh tế trọng điểm chịu trách nhiệm cụ thể hoá các nội dung quy hoạch vùng kinh tế trọng điểm và quy hoạch phát triển ngành (nhất là quy hoạch kết cấu hạ tầng, các ngành, sản phẩm chủ yếu), tiến hành xây dựng, rà soát, bổ sung quy hoạch tổng thể phát triển kinh tế - xã hội của địa phương (đặc biệt là quy hoạch xây dựng) và quy hoạch không gian cho từng lĩnh vực cụ thể. Các địa phương cần phối hợp chặt chẽ với nhau trong các lĩnh vực như: kết nối hệ thống giao thông; hạ tầng thông tin; hệ thống cung cấp và sử dụng nguồn nước; xử lý nước thải, chất thải rắn, chất thải nguy hại; sản xuất sản phẩm chủ yếu; phát triển nguồn nhân lực; cơ sở dạy nghề; đào tạo cao đẳng, đại học; các cơ sở nghiên cứu khoa học; các bệnh viện và hệ thống đô thị...