Theo đó, du khách từ bến thủy nội địa ra tham quan biển, đảo tại vịnh Nha Trang dự kiến đi theo 6 tuyến, mức thu từ 6.000 - 40.000 đồng một người một lượt. Ban quản lý vịnh Nha Trang phụ trách thu phí tại các cảng, bến đưa khách từ bờ đi tham quan du lịch biển, đảo. Dự kiến, mức thu phí từ bến thủy nội địa đi các đảo Hòn Miễu, Hòn Tằm, Hòn Tre, Hòn Một, Hòn Mun từ 6.000 - 10.000 đồng và tổng hợp các tuyến này là 40.000 đồng, chưa bao gồm phí bảo hiểm tai nạn.

Theo đề án, mức thu căn cứ trên số lượt khách đi từ bến ra các đảo tham quan, không thu theo ngày lưu trú. "Mức phí trên phù hợp với tình hình phát triển kinh tế, trượt giá từ năm 2004 đến nay", đề án nêu. Đối tượng thu phí là du khách tham quan bằng tàu, thuyền trên vùng biển, đảo thuộc vịnh Nha Trang - phạm vi từ mũi Kê Gà đến mũi Cù Hin, ngoại trừ các phân khu bảo vệ nghiêm ngặt của Khu bảo tồn biển.

Khách được miễn thu phí là trẻ dưới 6 tuổi; người khuyết tật; công chức, viên chức, người lao động đang làm việc tại các đơn vị ở vịnh Nha Trang; người tắm biển tại bãi tắm ở đất liền; công dân cư trú tại Khánh Hòa. Những người được giảm 50% mức phí là trẻ từ 6 - 16 tuổi; người ở các xã đặc biệt khó khăn theo quy định chương trình 135 của Chính phủ; người có công với cách mạng; người thuộc diện chính sách xã hội; người trên 60 tuổi; sinh viên, học sinh và hộ nghèo trên địa bàn tỉnh.

Vịnh Nha Trang rộng gần 250 km2, nơi đây là khu bảo tồn biển đầu tiên nằm trong 16 khu bảo tồn biển quốc gia. Trước đó, từ năm 2004, HĐND tỉnh đã có nghị quyết thu phí tham quan vịnh Nha Trang với mức phí 5.000 đồng/người/lượt, trẻ em từ 12 tuổi trở xuống được miễn phí.

Tuy nhiên sau đó, có ý kiến cho rằng việc thu phí toàn bộ khu vực vịnh Nha Trang là quá rộng nên đến năm 2009, UBND tỉnh đã trình HĐND tỉnh ban hành ban hành nghị quyết sửa đổi chỉ thu phí khách vào tham quan ở Khu bảo tồn biển Hòn Mun.

Đến năm 2022, sau sự cố san hô trong vịnh Nha Trang bị chết hàng loạt, địa phương đã ban hành kế hoạch tổng thể phục hồi vịnh đến năm 2030, trong đó có́ giải pháp "tạo nguồn tài chính bền vững cho hoạt động quản lý vịnh".

Khảo sát từ giữa năm 2024 cho thấy, Vịnh Nha Trang đang đối mặt với khả năng rạn san hô bị tẩy trắng bởi nhiệt độ nước biển tăng cao. Trước tình hình này, Ban Quản lý Vịnh Nha Trang đã tổ chức giám sát hiện tượng tẩy trắng san hô theo khuyến cáo của Cơ quan Khí quyển và Đại dương quốc gia Mỹ (NOAA).

Kết quả giám sát cho thấy, hiện tượng tẩy trắng được ghi nhận hầu hết các khu vực trong vịnh Nha Trang. Trong đó, khu vực bị tẩy trắng cao nhất là khu vực biển Hòn Chồng - Đặng Tất (khoảng 60 - 80%), khu vực Hòn Mun (25 - 30%), Bãi Lận - Hòn Tre (khoảng 5 - 10%). Tháng 8/2024 đến nay nhiệt độ giảm dần và ổn định nên san hô phục hồi trở lại.

Từ thực tế san hô phục hồi chậm, các cơ quan quản lý đã đề xuất nhiệm vụ khoa học cấp cơ sở đề tài: “Tạo vườn ươm cung cấp nguồn giống san hô tạo rạn để phục hồi và tái tạo hệ sinh thái rạn san hô ở vịnh Nha Trang”. Sau khi được phê duyệt, TP Nha Trang tổ chức họp Hội đồng xét duyệt đề cương, thẩm định kinh phí, hiện nay đang giao Ban quản lý vịnh hoàn chỉnh đề cương và kinh phí gửi cơ quan chức năng thẩm định.

Trước đây, ở Vịnh Nha Trang từng ghi nhận rùa biển lên đẻ trứng ở khu vực Đầm Tre, đảo Hòn Tre. Đây là một trong những tín hiệu tích cực chứng tỏ việc phục hồi sự đa dạng sinh học ở Vịnh Nha Trang đang có kết quả tốt. Từ đó, chính quyền TP Nha Trang tổ chức thu thập thông tin về tình hình xuất hiện của rùa biển trên vịnh, xây dựng đề cương bảo tồn chuyển vị rùa biển trên Vịnh Nha Trang với sự tham gia của các chuyên gia, cơ quan, cộng đồng dân cư.

Ông Lưu Thành Nhân, Phó Chủ tịch TP Nha Trang, đánh giá sau 2 năm thực hiện kế hoạch khôi phục tổng thể Vịnh Nha Trang đã đạt được nhiều kết quả nhưng cũng có một số khó khăn. Các cơ quan đang triển khai nhiệm vụ nhưng tiến độ vẫn còn chậm so với kế hoạch.

Việc UBND tỉnh cho phép thực hiện thu phí tham quan vịnh Nha Trang lần này nhằm có nguồn tài chính bền vững cho hoạt động quản lý vịnh Nha Trang (một nhiệm vụ trong Kế hoạch khôi phục tổng thể phục hồi vịnh Nha Trang đến năm 2030).

Dự kiến, số tiền phí thu được hơn 26,4 tỉ đồng/năm, 80% số tiền thu được được dùng để bù đắp chi phí, bảo đảm cho bộ máy, vận hành hoạt động của Ban Quản lý vịnh Nha Trang như: Tuần tra, kiểm soát, công tác liên ngành, cứu nạn cứu hộ, bảo tồn (trồng rừng ngập mặn, tái tạo nguồn lợi thủy sản, phục hồi rạn san hô…), phao neo, sửa chữa tàu thuyền, khảo sát môi trường, thu gom chất thải trên vịnh…

Cũng nhằm bảo tồn, phát huy giá trị di sản - kỳ quan thiên nhiên , từ ngày 1/5, tỉnh Quảng Ninh sẽ thực hiện bổ sung thu phí đối với 3 hành trình tham quan vịnh Hạ Long dành cho du khách đi trên tàu du lịch không lưu trú qua đêm.

Theo đó, hành trình vịnh Hạ Long 6 (VHL6 - hành trình mới): Tuyến đi từ Cảng tàu - hòn Chân Voi - vụng Ba Cửa - đảo Tùng Lâm - hòn Cặp Bài (điểm cuối tiếp giáp Gia Luận, vịnh Lan Hạ, Hải Phòng) hoặc ngược lại, mức phí 150.000 đồng/lần/người/ngày.

Hành trình vịnh Hạ Long 7 (VHL7 - hành trình mới), du khách sẽ tham quan theo các tuyến vịnh Hạ Long 1, 2, 3, 4, mức phí là 600.000 đồng/lần/người/ngày, là mức phí cao nhất dành cho khách đi tàu không lưu trú qua đêm.

Hành trình vịnh Hạ Long 8 (VHL8 - đã được phục vụ): Tuyến đi từ Cảng tàu khách Tuần Châu - Cảng tàu khách quốc tế Hạ Long - khu vực Nam Cầu Trắng, mức phí 70.000 đồng/lần/người/ngày. 

Theo HĐND tỉnh, cần thiết bổ sung mức thu phí ở các hành trình tham quan trên để đảm bảo đúng quy định và yêu cầu về công tác quản lý, bảo tồn và phát huy giá trị Di sản thiên nhiên thế giới vịnh Hạ Long.