Theo kết luận thanh tra, việc thực hiện chuyển đổi mục đích sử dụng đất từ đất sản xuất, kinh doanh sang xây dựng nhà ở của doanh nghiệp nhà nước, doanh nghiệp cổ phần hóa giai đoạn 2011 – 2019 đã đạt được những kết quả tích cực… Tuy nhiên, qua thanh tra đối với 9 khu đất/dự án tại 3 tỉnh, thành phố cho thấy việc thực hiện chuyển mục đích sử dụng đất, thu hồi đất, giao đất, thực hiện dự án nhà ở, trung tâm thương mại, văn phòng, dịch vụ, các cơ quan có liên quan và doanh nghiệp còn để xảy ra vi phạm.

Trong đó, tại Hà Nội, đối với khu đất 6.364,8m2 ngõ 622 Minh Khai, phường Vĩnh Tuy, quận Hai Bà Trưng, ngày 7/9/2017, UBND TP.Hà Nội ban hành Quyết định số 6247/QĐ-UBND cho phép Công ty cổ phần Xuất nhập khẩu Lương thực – Thực phẩm Hà Nội chuyển mục đích sử dụng 6.364,8m2 đất để thực hiện dự án Khu thương mại, dịch vụ và chung cư cao tầng; ngày 26/4/2018, ban hành Quyết định số 2031/QĐ-UBND phê duyệt giá đất làm căn cứ tính tiền thuê đất hàng năm với diện tích 2.519,8m2 thuộc Dự án theo đơn giá đất sản xuất kinh doanh tại Quyết định số 96/2014/QĐ-UBND ngày 29/12/2014 của UBND TP.Hà Nội là không đúng quy định tại Thông tư 77/2014/TT-BTC của Bộ Tài chính. Do đó, việc xác định tiền thuê đất hàng năm là không chính xác.

Ngoài ra, tại khu đất này, hợp đồng hợp tác đầu tư, trong đó, các bên thỏa thuận góp vốn bằng quyền thuê đất cũng là không đúng quy định pháp luật về đất đai. Thời điểm Công ty cổ phần Xuất nhập khẩu Lương thực – Thực phẩm Hà Nội (vốn nhà nước chiếm 51% vốn điều lệ) và Công ty cổ phần Kỹ nghệ và hạ tầng Telin ký kết hợp đồng hợp tác đầu tư dự án (năm 2009), tiền chuyển mục đích sử dụng đất chưa được xác định; năm 2017, được UBND TP. Hà Nội cho phép Công ty cổ phần Xuất nhập khẩu Lương thực – Thực phẩm Hà Nội chuyển mục đích sử dụng 6.364,8m2 đất sang xây dựng nhà ở, tiền sử dụng đất đã được UBND TP.Hà Nội phê duyệt, nhưng hai bên lại chưa tính toán lại phương án góp vốn, phân chia sản phẩm.

Tương tự, khu đất 14.346,6m2 tại đường Pháp Vân, phường Hoàng Liệt, quận Hoàng Mai, trong giai đoạn trước khi cổ phần hóa doanh nghiệp nhà nước, Tổng công ty Xây dựng nông nghiệp và phát triển nông thôn, các sở, ngành chức năng không lập hồ sơ trình UBND TP. Hà Nội quyết định cho thuê đất, ký hợp đồng thuê đất là không thực hiện đúng chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ.

Mặt khác, Tổng công ty Xây dựng nông nghiệp Việt Nam – Công ty cổ phần góp 100% vốn thành lập Công ty TNHH MTV Đầu tư Phương Đông để thực hiện dự án (năm 2017), vốn góp chủ yếu là giá trị sử dụng và thương mại của quyền sử dụng 14.375m2 đất thuê trả tiền thuê đất hàng năm là không đúng quy định. Từ hành vi này dẫn đến việc UBND TP.Hà Nội quyết định thu hồi đất của Tổng công ty Xây dựng nông nghiệp Việt Nam – Công ty cổ phần, giao cho Công ty TNHH MTV Đầu tư Phương Đông thuê để làm trụ sở văn phòng làm việc, sau đó cho phép Công ty TNHH MTV Đầu tư Phương Đông chuyển mục đích sử dụng 14.346,6m2 đất để thực hiện dự án Tổ hợp nhà ở, văn phòng, thương mại và dịch vụ, không đúng Phương án sử dụng đất trong Phương án cổ phần hóa Tổng công ty Xây dựng nông nghiệp và phát triển nông thôn, đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt.

Còn tại khu đất 23.380m2, số 275 Nguyễn Trãi, quận Thanh Xuân, UBND TP. Hà Nội thu hồi 23.380m2 đất cơ sở sản xuất của Công ty cổ phần Cơ khí chính xác số 1, giao cho Công ty cổ phần Thương mại Hưng Việt theo hình thức giao đất có thu tiền sử dụng đất để thực hiện dự án nhà ở, không thực hiện bồi thường, giải phóng mặt bằng để đấu giá quyền sử dụng đất theo quy định Luật Đất đai 2003. Mặt khác, hai Công ty ký Phụ lục hợp đồng liên doanh, trong đó có việc hỗ trợ di dời và đền bù tài sản trên đất của chính Công ty cổ phần Cơ khí chính xác số 1.

Trên cơ sở Kết luận Thanh tra, Tổng Thanh tra Chính phủ kiến nghị xử lý nghiêm trách nhiệm đối với tập thể, cá nhân, chủ đầu tư dự án… các thời kỳ có liên quan đến những tồn tại, khuyết điểm nêu trên.