Ngày 25/5, Bộ trưởng - Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ Vũ Đức Đam đã ký văn bản truyền đạt ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ yêu cầu Bộ Giao thông Vận tải và Bộ Nội vụ giải trình làm rõ vấn đề liên quan đến việc bổ nhiệm ông Dương Chí Dũng làm Cục trưởng Cục Hàng Hải.

Cụ thể, theo nguồn tin từ Cổng thông tin điện tử Chính phủ, Thủ tướng yêu cầu Bộ Giao thông vận tải, Bộ Nội vụ trước ngày 31/5/2012 phải có báo cáo Thủ tướng về việc thực hiện quy trình bổ nhiệm ông Dương Chí Dũng làm Cục trưởng Cục Hàng hải Việt Nam trong khi Thanh tra Chính phủ đang thanh tra việc chấp hành pháp luật trong công tác quản lý, sử dụng vốn và tài sản tại Tổng công ty Hàng hải Việt Nam (Vinalines).

Tại cuộc họp báo Chính phủ thường kỳ tháng 5/2012 diễn ra hôm 27/5, người phát ngôn của Chính phủ đã trả lời câu hỏi của báo chí về việc bổ nhiệm ông Dương Chí Dũng. Việc để ông Dương Chí Dũng thôi chức Chủ tịch Hội đồng Thành viên Vinalines là thuộc thẩm quyền của Thủ tướng Chính phủ và đã được thực hiện đúng quy trình theo quy định về công tác cán bộ. Việc bổ nhiệm Cục trưởng Cục Hàng hải đối với ông Dương Chí Dũng thuộc thẩm quyền của Bộ trưởng Bộ Giao thông Vận tải. Về trách nhiệm cụ thể bổ nhiệm ông Dương Chí Dũng, Bộ trưởng Bộ Giao thông Vận tải có trách nhiệm thông tin cho nhân dân biết.