Theo Điều chỉnh tổng thể Quy hoạch chung xây dựng Côn Đảo, tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu đến năm 2045, khu vực lập quy hoạch gồm toàn bộ ranh giới hành chính huyện Côn Đảo (phần đất nối của 16 đảo) có diện tích 7.578,87ha; và phần khai thác lấn biển 140ha. Giai đoạn quy hoạch ngắn hạn đến 2030; giai đoạn dài hạn đến năm 2045.

Mục tiêu nhằm xây dựng Côn Đảo thành khu du lịch quốc gia, phát huy giá trị văn hóa – lịch sử - tâm linh đặc sắc; dịch vụ du lịch sinh thái biển đảo chất lượng cao, với hệ thống cơ sở vật chất kỹ thuật đồng bộ, hiện đại, có thương hiệu và sức cạnh tranh với khu vực và quốc tế. Đồng thời, bảo tồn, phát huy giá trị của hệ sinh thái đa dạng rừng, biển, đất ngập nước của Vườn quốc gia Côn Đảo, theo hướng bền vững; tổ chức hài hòa không gian phát triển dân cư, du lịch, di tích lịch sử…

Dự báo đến năm 2030 dân số Côn Đảo khoảng 24.500 người (trong đó, dân số thường trú 14.000 người, dân số quy đổi từ khách du lịch 10.500 người). Đến năm 2045, dân số Côn Đảo khoảng 44.500 người (trong đó, dân số thường trú 24.500 người, dân số quy đổi từ khách du lịch 20.000 người). Ngoài ra, quy mô khách du lịch đến năm 2030 dự báo 1 - 1,2 triệu khách/năm và năm 2045 là 1,7 – 2 triệu khách/năm.

Đối với diện tích đất lập quy hoạch ước khoảng 7.718,87ha, bao gồm: diện tích ngoài Vườn quốc gia Côn Đảo là 1.829,07ha; diện tích nằm trong Vườn quốc gia Côn Đảo là 5.889,8ha.

Côn Đảo sẽ được tổ chức không gian thành 2 phân vùng chính, là phân vùng ưu tiên dành cho bảo tồn hệ sinh thái tự nhiên và phân vùng ưu tiên phát triển dân cư, du lịch. Trong đó các khu chức năng được bố trí chủ yếu tại phân vùng ưu tiên phát triển dân cư, du lịch.

Cụ thể, khu vực trung tâm Côn Sơn có diện tích 960ha, quy mô dân số đến năm 2045 khoảng 27.000 người. Đây là trung tâm hành chính, văn hóa, thể dục thể thao, dịch vụ du lịch, thương mại; khu vực tập trung dân cư và các hoạt động chính của toàn huyện Côn Đảo; trung tâm du lịch văn hóa lịch sử gắn với Khu di tích lịch sử quốc gia đặc biệt Côn Đảo.

Khu vực Cỏ Ống diện tích 530 ha; quy mô dân số đến năm 2045 khoảng 10.500 người. Đây là trung tâm dịch vụ du lịch, vui chơi giải trí, khu dân cư đô thị gắn với cảng hàng không Côn Đảo; cửa ngõ kết nối Côn Đảo với đất liền bằng đường hàng không.

Khu vực Bến Đầm diện tích khoảng 250 ha; quy mô dân số đến năm 2045 là 5.000 người. Về tính chất, Bến Đầm là khu cảng, dịch vụ hậu cần cảng và dịch vụ du lịch; cửa ngõ kết nối Côn Đảo với đất liền bằng đường thủy.

Ngoài ra, trong Điều chỉnh tổng thể Quy hoạch chung xây dựng Côn Đảo đến năm 2045 cũng xác định khu vực nghiên cứu lấn biển có quy mô 140ha, tập trung tại khu vực Cỏ Ống, trung tâm Côn Sơn, Bến Đầm theo phương án quy hoạch tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu thời kỳ 2021 - 2030, tầm nhìn đến năm 2050 đã được phê duyệt. Khu vực lấn biển dự kiến dành để phát triển chức năng, mở rộng cảng hàng không Côn Đảo; xây dựng cảng và dịch vụ hậu cần cảng Côn Đảo; công trình an ninh, quốc phòng; dịch vụ du lịch.