Thông tư 40 quy định, các sàn giao dịch thương mại điện tử có trách nhiệm khai thay, nộp thay thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập cá nhân cho các cá nhân kinh doanh bán hàng hóa, dịch vụ. Số thuế khai thay, nộp thay được căn cứ theo thuế suất của từng lĩnh vực, ngành nghề áp dụng đối với cá nhân kinh doanh. 

Liên quan đến vấn đề này, ông Nguyễn Ngọc Dũng, Phó chủ tịch Hiệp hội Thương mại điện tử Việt Nam (VECOM) cho rằng, Thông tư 40 có nhiều nội dung mới so với bản dự thảo đăng tải đầu tiên ngày 12/3/2021 nhưng Ban soạn thảo chưa tổ chức lấy ý kiến của các bên liên quan và đối tượng chịu sự tác động trực tiếp. Do đó, một số quy định trong Thông tư chưa có tính khả thi cao và có thể gây ra nhiều tác động lớn đối với hoạt động kinh doanh của các sàn thương mại điện tử cũng như hàng trăm nghìn cá nhân kinh doanh trên sàn.

Ngoài ra, đại diện các sàn thương mại điện tử cũng thắc mắc về nghĩa vụ phải khai thuế thay, nộp thuế thay cho cá nhân kinh doanh. Hơn nữa, sàn thương mại điện tử cũng không phải là đơn vị trả thu nhập mà chỉ cung cấp hạ tầng công nghệ để kết nối người bán và người mua, giúp họ thực hiện giao dịch. Vì vậy, không thuộc đối tượng có nghĩa vụ kê khai, khấu trừ thuế thu nhập của người bán theo quy định.

Cùng quan điểm này, bà Nguyễn Thị Thanh Huyền, Phó tổng giám đốc Công ty Ernst & Young Việt Nam chia sẻ: Thông tư 40/2021 hiệu lực ngay từ 1/8 sẽ gây áp lực rất lớn đối với doanh nghiệp vì trước đó chưa từng có quy định cụ thể về việc kê khai và nộp thuế thay của các sàn giao dịch thương mại điện tử. Với khoảng 3,5 triệu giao dịch mỗi ngày, khối lượng công việc đối với các sàn là rất lớn. Hơn nữa, các sàn giao dịch thương mại điện tử cũng không có cơ sở dữ liệu để kiểm soát các cá nhân chưa đến ngưỡng chịu thuế - dưới 100 triệu đồng một năm… 

Thực tế, các cá nhân kinh doanh sẽ phải kê khai và nộp thuế tại cơ quan thuế nơi họ đặt địa điểm kinh doanh, trong khi các sàn thương mại điện tử có thể có trụ sở ở địa phương khác. Do đó, việc kê khai và nộp thay dẫn đến mâu thuẫn với quy định hiện hành.

Bà Nguyễn Thị Hương Giang, Giám đốc tài chính Công ty Shopee, kiến nghị ngành thuế cần có hướng dẫn để phân biệt rõ giữa cá nhân kinh doanh và hộ kinh doanh, do sàn giao dịch thương mại điện tử chỉ kê khai và nộp thuế thay cá nhân kinh doanh.

Việc phân định rõ sẽ giúp các sàn nâng cấp ứng dụng và triển khai đúng theo tinh thần của Thông tư 40 và ngành thuế cũng cần tính toán lại lộ trình và thời gian triển khai cho phù hợp với thực tiễn.

Các sàn thương mại điện tử căn cứ doanh thu, các khoản thu khác mà cá nhân kinh doanh thông qua sàn nhận được bao gồm những trường hợp như: các khoản nhận được qua đơn vị vận chuyển - COD, hình thức trung gian thanh toán và một số hình thức thanh toán khác... để xác định doanh thu kê khai thuế thay, nộp thuế thay cho cá nhân. Thông tư có hiệu lực từ ngày 1/8 tới, nhưng việc kê khai sẽ được thực hiện theo lộ trình của cơ quan thuế.

Trước đó ngày 15/6, Tổng cục Thuế đã tổ chức một cuộc họp với sự tham gia của đại diện Hiệp hội Thương mại điện tử Việt Nam, các sàn thương mại điện tử như Lazada, Sendo, Shopee, Tiki, Voso (Viettel Post), Postmart (Vietnam Post), Chotot… và các bên liên quan để trao đổi về nội dung mới của Thông tư 40. 

Đại diện các sàn giao dịch thương mại điện tử cũng đề nghị xem xét lộ trình áp dụng các yêu cầu mới này với sàn thương mại điện tử vào 1/8 tới là quá ngắn để có thể kịp chuẩn bị hệ thống cho việc thu thập dữ liệu và báo cáo theo yêu cầu của cơ quan thuế.