Các ga hàng hóa đầu mối chính chạy tàu hàng hóa, gồm: Ga An Bình (Bình Dương), ga Trảng Bom (Đồng Nai), ga Thạnh Đức (Long An) và ga Tân Kiên (TP HCM).

Báo cáo đầu kỳ quy hoạch tuyến-ga đường sắt khu vực đầu mối TP HCM, liên danh tư vấn Công ty cổ phần Tư vấn Thiết kế giao thông vận tải phía Nam (TEDI South) và Trung tâm Tư vấn Đầu tư phát triển giao thông vận tải (CCTDI) đã đề xuất 4 gà hàng hóa này sẽ chạy theo tuyến vành đai qua các địa phương TP.HCM, Long An, Bình Dương và Đồng Nai.

Ga An Bình thuộc địa phận thành phố Dĩ An, tỉnh Bình Dương. Theo quy hoạch, đây là ga lập tàu hàng, điều hành cho toàn mạng đường sắt khu đầu mối TP HCM đồng thời là ga hàng hóa chính của TP HCM và tỉnh Bình Dương, được định hướng là ga kết hợp chức năng liên vận quốc tế.

Đây là ga đầu mối cho cả hành khách và hàng hóa, gồm xây mới kết hợp sử dụng hạ tầng hiện hữu. Tuyến xây dựng mới với đường ray khổ đôi 1.435 mm và tuyến Bắc Nam hiện hữu khổ hẹp 1.000 mm. Ga An Bình được quy hoạch xây dựng các cơ sở sửa chữa, vận dụng đầu máy, toa xe cho hàng hóa; tác nghiệp đón và gửi các đoàn tàu hàng và là ga khách kỹ thuật cho tàu khách và tàu hàng khổ 1.000 mm.

Ga Trảng Bom (huyện Trảng Bom, tỉnh Đồng Nai) là ga lập tàu hàng bổ trợ phía bắc cho ga An Bình cho các luồng hàng đi các tỉnh phía Bắc và là ga đầu mối, trung chuyển hàng hóa của tuyến đường sắt Bắc Nam hiện hữu khổ 1.000 mm với toàn mạng đường sắt khu đầu mối TP HCM khổ đôi 1.435 mm.

Cũng theo tư vấn, ga Trảng Bom sẽ tham gia vận chuyển, kết nối đa phương thức từ ICD Trảng Bom đến cụm cảng biển Cái Mép – Thị Vải (Bà Rịa – Vũng Tàu)…

Ga Thạnh Đức (huyện Bến Lức, tỉnh Long An) là ga đầu mối hàng hóa (cũng là ga hỗn hợp hành khách - hàng hóa) được dự kiến lập tàu hàng bổ trợ phía nam cho ga An Bình, ga Tân Kiên cho các luồng hàng giữa cảng Hiệp Phước (Nhà Bè, TP HCM) và TP. Cần Thơ trong tương lai, khi đường sắt theo đường Vành đai 4 TP.HCM hình thành.

Về mặt kỹ thuật, ga Thạnh Đức là ga nối ray của đường sắt chuyên dụng đến các cảng Hiệp Phước, cảng Long An phục vụ xếp dỡ hàng hóa cho các khu công nghiệp, khu công nghệ cao Bến Lức (tỉnh Long An).

Ga Tân Kiên (Bình Chánh, TP HCM) là ga đầu mối hành khách phía nam TP HCM, cũng là ga hỗn hợp hành khách - hàng hóa. Đây là ga lập tàu, giải thể tàu, vận chuyển hàng hóa từ TP HCM đi các tỉnh miền Tây Nam Bộ, Tây Ninh, các tỉnh phía Bắc và ngược lại; tổ chức sửa chữa, chỉnh bị (sắp đặt sẵn trước), vận dụng đầu máy, toa hàng hóa…

Ngoài ra, liên danh tư vấn TEDI South – CCTDI cũng đề xuất bổ sung quy hoạch một tuyến đường sắt kết nối với tuyến đường sắt Biên Hòa - Vũng Tàu đến cảng Phước An (Đồng Nai) và dự kiến các kết nối đường sắt vào các ICD và cảng biển...

Trước đó, báo cáo đầu kỳ của liên danh TEDI South – CCTDI đã đề xuất quy hoạch khu vực đầu mối TP HCM gồm 6 ga chính gồm 3 ga hành khách và 3 ga hàng hóa với ga Sài Gòn là ga khách trung tâm. Ba ga hành khách gồm: Ga Bình Triệu, ga Tân Kiên, ga Thủ Thiêm; 3 ga hàng hóa gồm: Ga An Bình, ga Trảng Bom và ga Thạnh Đức. Sau đó, Sở Giao thông vận tải TP HCM đã có thông báo gửi các địa phương liên quan tới nghiên cứu bổ sung, điều chỉnh quy hoạch mạng lưới đường sắt đô thị, đường trên cao, đường sắt kết nối vùng TP HCM.