LLGT là một rối loạn phức tạp mà nguyên nhân chưa được tìm thấy rõ ràng. Ngoài nguyên nhân do bất thường về hormone hoặc nhiễm sắc thể, bất thường trong quá trình người mẹ mang thai... người ta nhận thấy có những vấn đề về gia đình như sự thiếu vắng vai trò của người cha hoặc mẹ trong gia đình, hoặc cha mẹ có vấn đề tâm lý.Ở trẻ nhỏ, chưa thể vội vã kết luận một đứa trẻ bị LLGT nếu chỉ dựa trên những biểu hiện bên ngoài. Đó chỉ nên gọi là dấu hiệu LLGT. Nhưng dấu hiệu này không được phát hiện và can thiệp sớm có thể đẩy trẻ phát triển giới tính lệch lạc khi lớn.Dấu hiệu LLGT có thể nhận ra từ lúc 3 tuổi ở trẻ phát triển sinh dục bình thường với những dấu hiệu báo động cần lưu ý như: trẻ không biết giới tính của mình khi mừng sinh nhật thứ 3; trẻ luôn nói thích giới tính đối lập; trẻ luôn phủ nhận bộ phận sinh dục của mình; trẻ nghĩ là bộ phận sinh dục khác giới sẽ được phát triển trong cơ thể của mình.Nếu thấy một trong các dấu hiệu trên, cha mẹ nên đưa trẻ đi kiểm tra y khoa và khám tâm lý. Các bác sĩ chuyên ngành và chuyên viên tâm lý sẽ khai thác bệnh sử, tìm hiểu nguyên nhân và có những chẩn đoán chính xác cũng như đưa ra hướng điều trị cụ thể cho từng trường hợp.Theo các chuyên gia tâm lý, từ 18 - 30 tháng tuổi, đa số bé trai biết mình sẽ trở thành con trai và bé gái trở thành con gái và bé muốn bắt chước bố hoặc mẹ, người đồng giới với mình. Ở độ tuổi mầm non, trẻ bắt đầu có những câu hỏi về giới tính. Khi đó, nhiều bố mẹ chọn cách làm ngơ. Đa số phụ huynh đều có tâm lý trì hoãn nói chuyện giới tính với con.

Trong khi hiện nay, trẻ có xu hướng dậy thì sớm, nguy cơ xâm hại tình dục ngày càng lớn nên việc giáo dục giới tính sớm cho trẻ là rất cần thiết. Việc trì hoãn hoặc chờ đợi trẻ lớn mới nói chuyện giới tính có mặt tốt là trẻ được phát triển tự nhiên theo sở thích. Nhưng có thể trong những sở thích đó có những ý thích lệch lạc với giới tính, do trẻ không được chỉ dẫn.Với trẻ nhỏ, cha mẹ cần trang bị những kiến thức để trả lời câu hỏi của con bất cứ lúc nào. Trẻ ý thức được sự khác biệt giới tính nam nữ từ rất sớm nên nảy sinh sự tò mò, muốn tìm hiểu. Nếu trẻ không nhận được lời giải thích chính xác sẽ tự có những suy đoán lung tung hoặc dựa vào trí tưởng tượng qua các kênh thông tin sai lệch để tìm hiểu. Đây cũng là thời kỳ tốt nhất để trẻ phát triển về trí khôn lẫn nhân cách. Muốn có một người đàn ông tốt, người phụ nữ tốt thì phải bắt đầu từ những bé trai, bé gái tốt.Cha mẹ cũng nên giúp con phòng tránh những nguy cơ làm lệch giới tính bằng cách cho trẻ mặc quần áo theo giới tính, chơi các trò chơi hợp giới tính, kết thân với bạn cùng giới tính trước tuổi dậy thì và không hạ thấp giá trị giới tính của trẻ.