PYMEPHARCO được thành lập vào năm 1989 với nhiệm vụ sản xuất dược phẩm, kinh doanh thuốc & vật tư thiết bị y tế.

Ngày 21/09/1993 Công ty được Bộ thương mại cấp phép xuất nhập khẩu trực tiếp chuyên ngành về y dược. Đây là mốc quan trọng làm cơ sở cho việc phát triển kinh doanh và mở rộng quan hệ quốc tế.

Năm 2003, công ty khánh thành nhà máy thuốc viên, hoạt động với 3 phân xưởng Beta – lactam, Non – beta lactam, và Viên nang mềm. Năng suất trung bình đạt 300 triệu viên/năm, tạo bước ngoặt quan trong trong việc chuyển dịch từ thương mại sang sản xuất. Với phương châm chính sách chất lượng cao, ổn định và đồng nhất, PYMEPHARCO hướng tới hiệu quả tối ưu, do đó đã đầu tư trang bị hệ thống máy móc hiện đại và công nghệ tiên tiến, cũng như tập trung một lực lượng cán bộ khoa học đủ năng lực, trình độ chuyên môn cao. Chỉ sau 3 năm hoạt động với những nỗ lục không ngừng, nhà máy sản xuất đã đi tiên phong trong việc đáp ứng các tiêu chuẩn GMP – WHO, GDP, GSP.

Trong suốt 20 năm hình thành và phát triển không ngừng, công ty đã hình thành một mạng lưới phân phối trong cả nước với các trung tâm và cửa hàng giới thiệu sản phẩm rất hiệu quả. Liên kết, liên doanh với các đối tác trong và ngoài nước, mở rộng thị phần trong nước và xuất khẩu. Công ty có quan hệ thương mại với các nhà sản xuất, phân phối dược phẩm có uy tín của trên 20 quốc gia trên thế giới.     

Đặc biệt trong năm 2008, nhà máy thuốc tiêm PYMEPHARCO đạt tiêu chuẩn GMP – ASIAN đi vào hoạt động, là một yếu tố then chốt để công ty tăng tỷ trọng doanh thu từ hoạt động sản xuất. Công ty PYMEPHARCO còn đang thực hiện dự án Bệnh viện khách sạn quốc tế tại Tuy Hòa với vốn đầu tư lên tới 300 tỷ đồng để đón đầu nhu cầu y tế ngày càng phát triển mạnh của trong nước cũng như quốc tế. Bệnh viện có diện tích 8 ha với khoảng 250 giường bệnh.

Cũng trong năm 2008, công ty cổ phần PYMEPHARCO đã tổ chức đấu giá công khai 1.072.003 cổ phiếu tại Sở Giao dịch chứng khoán Tp.HCM (HOSE) với giá khởi điểm là 45.000đ/cp.  

Thành công của Công ty CP PYMEPHARCO đạt được hôm nay còn có sự giúp đỡ, động viên rất lớn của Bộ Y tế, Tỉnh ủy, UBND tỉnh và các ngành, các cấp. Trong cơ chế thị trường luôn biến động và cạnh tranh gay gắt, con đường phía trước của Công ty còn nhiều thử thách, đòi hỏi mỗi CBCNV của Công ty phải nỗ lực nhiều hơn nữa, phấn đấu cho thương hiệu PYMEPHARCO không ngừng vươn xa, góp phần nhỏ bé của mình vào sự nghiệp CNH- HĐH của Phú Yên nói riêng, đất nước nói chung.

“Vươn tới ưu việt” là tư tưởng chỉ đạo, là mục đích của PYMEPHARCO đối với sản phẩm và khách hàng của mình.

Các giải thưởng mà Công ty cổ phần PYMEPHARCO đạt được:

Là thành viên của "Hiệp hội sản xuất kinh doanh dược” và  "Phòng thương mại và công nghiệp Việt Nam”

Chứng nhận thực hành tốt sản xuất thuốc (WHO – GMP)

 “Huân chương lao động hạng 3” do Chủ tịch nước tặng ngày 2/6/2004

 “Giải thưởng Thương Hiệu Việt hội nhập WTO”

 "Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ” tặng vì những thành tích trong công tác từ năm 1998 – 2000.

 "Cờ thi đua của Chính phủ ” tặng cho đơn vị dẫn đầu trong phong trào thi đua năm 2002

 "Cờ thi đua của  Bộ Y tế” tặng cho đơn vị xuất sắc trong phong trào thi đua năm 2004.