VASEP kiến nghị Bộ Tài chính, Cục Thuế và Cục Hải quan tháo gỡ hàng loạt vướng mắc về hoàn thuế giá trị gia tăng, chính sách thuế đối với sản phẩm thủy sản, phân định “sơ chế - chế biến”, ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp và xử lý hàng xuất khẩu bị trả về...

Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu Thủy sản Việt Nam (VASEP) vừa có công văn số 152/CV-VASEP gửi Bộ Tài chính, Cục Thuế và Cục Hải quan, phản ánh những bất cập phát sinh trong quá trình thực hiện chính sách thuế của các doanh nghiệp chế biến, xuất khẩu thủy sản.

KHOANH ĐÚNG PHẦN CÓ RỦI RO KHI HOÀN THUẾ

VASEP đánh giá cao việc Cục Thuế thời gian qua tổ chức các hội nghị tháo gỡ vướng mắc về hoàn thuế giá trị gia tăng, đồng thời ban hành Công văn 6810/CT-QLNT ngày 14/9/2026 về xác định tỷ giá trên hóa đơn đối với nghiệp vụ kinh tế, tài chính bằng ngoại tệ và Công văn 6936/CT-QLTT ngày 18/9/2026 về xử lý hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng theo nguyên tắc quản lý rủi ro.

Tuy nhiên, theo VASEP, doanh nghiệp thủy sản vẫn gặp nhiều khó khăn do cách hiểu và áp dụng chính sách chưa thống nhất giữa các địa phương, cơ quan quản lý và các thời kỳ.

Đối với doanh nghiệp xuất khẩu thủy sản, thuế giá trị gia tăng đầu vào lớn và nhu cầu hoàn thuế phát sinh thường xuyên. Trước khi có Công văn 6936, một số hồ sơ hoàn thuế bị kéo dài do hệ thống cảnh báo rủi ro liên quan đến hóa đơn hoặc nhà cung cấp F2, F3, trong khi cả phần giao dịch không có dấu hiệu rủi ro cũng phải chờ xác minh.

VASEP cho rằng công văn 6936 đã làm rõ nguyên tắc quan trọng: cảnh báo rủi ro là căn cứ để phân loại, xác minh, không đồng nghĩa với việc giao dịch không có thật. Nếu chỉ một phần số tiền đề nghị hoàn có rủi ro thì cần khoanh đúng phần đó để kiểm tra, phần còn lại nếu đủ điều kiện cần tiếp tục được giải quyết.

Hiệp hội kiến nghị áp dụng thống nhất nguyên tắc này trên toàn quốc, xử lý các hồ sơ tồn đọng và không tự động bác hoàn hoặc thu hồi thuế chỉ dựa trên cảnh báo F2, F3 hoặc việc nhà cung cấp thay đổi trạng thái sau giao dịch. Đồng thời đề nghị làm rõ quyền hoàn thuế đối với nguyên liệu nhập khẩu theo loại hình A11/A12, sau đó thực tế được đưa vào sản xuất và xuất khẩu theo B11, dựa trên bản chất sử dụng hàng hóa và hồ sơ chứng minh thay vì chỉ căn cứ vào khác biệt mã loại hình.

Một trong những vướng mắc được VASEP phản ánh là cùng sản phẩm tôm, cá, mực, nghêu đông lạnh nhưng cách áp dụng thuế giá trị gia tăng tại các địa phương có thể khác nhau, tùy nguồn hàng tự nuôi hay mua ngoài, mức độ sơ chế, chế biến, chủ thể bán và khâu lưu thông.

VASEP cho biết biên lợi nhuận của nhiều đơn hàng thủy sản chỉ khoảng 3%-5%. Vì vậy, nếu doanh nghiệp phải gánh thêm khoản thuế giá trị gia tăng 8% hoặc 10% không được khấu trừ, hoàn thuế, hiệu quả giao dịch sẽ bị ảnh hưởng đáng kể.

Hiệp hội kiến nghị ban hành hướng dẫn thống nhất trên toàn quốc, đồng thời xây dựng bảng tra cứu theo nhóm sản phẩm và quy trình sản xuất, với ví dụ cụ thể đối với tôm, cá, mực, nghêu ở dạng tươi sống, đông lạnh, hấp, luộc và các công đoạn sơ chế phổ biến.

CẦN PHÂN ĐỊNH RÕ “SƠ CHẾ” VÀ “CHẾ BIẾN”

VASEP xác định việc phân định “sơ chế” và “chế biến” là điểm nghẽn có tính nền tảng. Một quy trình gồm làm sạch, bỏ đầu, lấy ruột, bóc vỏ, cắt, fillet, cấp đông, mạ băng, đóng gói có thể được xem là “sơ chế thông thường” khi áp dụng thuế giá trị gia tăng nhưng lại được xác định là “chế biến” khi xem xét ngành nghề và ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp.

Quyết định 36/2025/QĐ-TTg về Hệ thống ngành kinh tế Việt Nam xác định ngành 1020 là “Chế biến, bảo quản thủy sản và các sản phẩm từ thủy sản”, bao gồm nhiều hoạt động như làm lạnh, sấy khô, hun khói, ướp muối, đóng gói, trong đó có hoạt động bỏ đầu cá, lấy ruột, cắt thành miếng rồi đông lạnh.

Tuy nhiên, VASEP lưu ý đây là văn bản phân ngành kinh tế, không phải văn bản trực tiếp quy định đối tượng chịu thuế, không chịu thuế hoặc điều kiện ưu đãi thuế. Do đó, Hiệp hội đề nghị tách rõ hai tầng: xác định bản chất hoạt động, ngành nghề theo Hệ thống ngành kinh tế Việt Nam và xác định chế độ thuế theo tiêu chí riêng của pháp luật về giá trị gia tăng, thu nhập doanh nghiệp.

"Việc một sản phẩm được xác định là sơ chế hay chế biến cho mục đích giá trị gia tăng không nên mặc nhiên quyết định toàn bộ hoạt động sản xuất của doanh nghiệp là sơ chế hay chế biến khi áp dụng thuế thu nhập doanh nghiệp", VASEP nhấn mạnh; đồng thời cho biết doanh nghiệp cũng gặp khó khi nhận nguyên liệu của bên đặt gia công, trực tiếp fillet, cắt, cấp đông rồi giao thành phẩm. Có thời kỳ hoạt động này được xác định là chế biến thủy sản nhưng ở kỳ kiểm tra khác lại được đánh giá khác do doanh nghiệp không sở hữu nguyên liệu.

Đối với bột cá, mỡ cá và các sản phẩm từ phụ phẩm, việc phân loại giữa các nhóm ngành 1020, 10401 và 1080 cũng chưa thống nhất. VASEP đề nghị xây dựng tiêu chí rõ ràng dựa trên bản chất sản phẩm và quy trình thực tế; việc không sở hữu nguyên liệu không nên là căn cứ duy nhất để loại một hoạt động khỏi hoạt động chế biến.

Hiệp hội đồng thời đề nghị hướng dẫn cách xác định tỷ lệ giá trị nguyên liệu nông, thủy sản trong chi phí sản xuất để hưởng ưu đãi thu nhập doanh nghiệp, trong trường hợp một nguyên liệu và một quy trình đồng thời tạo ra sản phẩm chính và phụ phẩm.

VASEP kiến nghị cần tiếp tục bảo đảm áp dụng thống nhất và xử lý phù hợp quan hệ giữa dữ liệu hóa đơn điện tử, tờ khai hải quan và sổ kế toán; đồng thời không yêu cầu doanh nghiệp sử dụng một tỷ giá duy nhất cho mọi chứng từ khi pháp luật về hóa đơn, kế toán, thuế và hải quan có mục đích hoặc thời điểm xác định khác nhau. Chênh lệch quy đổi VND giữa hóa đơn và tờ khai hải quan cũng không nên tự thân bị coi là sai hóa đơn, sai doanh thu hoặc là căn cứ bác hoàn thuế nếu doanh nghiệp đã xác định tỷ giá đúng quy định.

Đối với hàng xuất khẩu bị trả về để sửa chữa, tái chế rồi tái xuất, VASEP đề nghị nếu hàng chỉ tái nhập để sửa chữa, tái chế và sau đó tái xuất, đồng thời đáp ứng đầy đủ điều kiện pháp luật, cần xem xét xử lý theo diện không chịu thuế giá trị gia tăng thay vì cơ chế “nộp trước - hoàn sau”.

Với thuế thu nhập cá nhân, VASEP kiến nghị tiền lương thực tế phát sinh trong thời gian hợp đồng lao động trên 3 tháng còn hiệu lực, dù được thanh toán sau ngày chấm dứt hợp đồng theo kỳ lương đã thỏa thuận, cần được khấu trừ theo biểu thuế lũy tiến từng phần, thay vì áp dụng mức 10% chỉ vì thời điểm trả tiền sau ngày nghỉ việc.