Trước những vướng mắc về hoàn thuế giá trị gia tăng (VAT) do các quy định chưa rõ, dẫn đến cách hiểu khác nhau trong thực hiện, Bộ Tài chính ban hành Thông tư số 13/2023/TT-BTC ngày 28/2/2023 hướng dẫn thi hành Nghị định số 49/2022/NĐ-CP về một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng (Thông tư số 13), từ đó, tạo nhiều thuận lợi cho người nộp thuế. Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 14/4/2023.

Thực tế có nhiều dự án đầu tư như khách sạn, khu du lịch, kinh doanh bất động sản, dự án đầu tư nhà máy... để đảm bảo được hiệu quả đầu tư, dự án được chia thành nhiều giai đoạn, hạng mục đầu tư. Theo đó, có giai đoạn, hạng mục đầu tư hoàn thành, doanh nghiệp tiến hành thực hiện sản xuất kinh doanh, còn lại các giai đoạn, hạng mục khác vẫn tiếp tục đầu tư.

Mặt khác, có dự án của doanh nghiệp đã hoàn thành và đi vào kinh doanh nhưng sau 2 đến 3 tháng thậm chí 1 năm doanh nghiệp mới tập hợp đủ chứng từ và lập hồ sơ xin hoàn thuế VAT phát sinh trong giai đoạn đầu tư.

Đáng chú ý, trong quá trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế đối với dự án đầu tư, có ý kiến cho rằng nếu dự án đầu tư đã hoàn thành (phát sinh doanh thu) mà doanh nghiệp chưa lập hồ sơ hoàn thuế thì cơ quan quản lý thuế không thực hiện giải quyết hoàn thuế cho doanh nghiệp.

Do đó, vừa qua, Bộ Tài chính nhận được công văn của nhiều doanh nghiệp phản ánh chính sách pháp luật chuyên ngành có những điểm chưa thống nhất với chính sách pháp luật thuế khiến nhiều doanh nghiệp gặp khó khăn trong hoàn thuế VAT đối với các dự án đầu tư, đặc biệt là các dự án lớn cần nhiều vốn.

Bộ Tài chính khẳng định việc áp dụng quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng thì toàn bộ số thuế VAT đầu vào phục vụ cho giai đoạn đầu tư được hoàn thuế VAT và việc lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế VAT đối với dự án đầu tư là quyền lợi của doanh nghiệp.

Do đó, việc Bộ Tài chính ban hành Thông tư số 13/2023/TT-BTC hướng dẫn thi hành Nghị định 49/2022/NĐ-CP đã thống nhất nội dung hướng dẫn và phù hợp với thực tế.

Theo đó, tại khoản 3 Điều 1 Thông tư số 13 nêu rõ: "Cơ sở kinh doanh đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ (bao gồm cả cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư) có dự án đầu tư mới (bao gồm cả dự án đầu tư được chia thành nhiều giai đoạn đầu tư hoặc nhiều hạng mục đầu tư) theo quy định của Luật Đầu tư tại địa bàn cùng tỉnh, thành phố hoặc khác tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính (trừ trường hợp quy định tại điểm c khoản này và dự án đầu tư xây dựng nhà để bán, dự án đầu tư không hình thành tài sản cố định) đang trong giai đoạn đầu tư hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, có số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ phát sinh trong giai đoạn đầu tư lũy kế chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên được hoàn thuế giá trị gia tăng".

Ngoài ra, Luật thuế giá trị gia tăng không quy định dự án đầu tư có thời gian từ 1 năm trở lên thì được hoàn thuế VAT của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm. Quy định này dẫn đến có cách hiểu dự án đầu tư có số thuế VAT đầu vào chưa được khấu trừ hết trên 300 triệu đồng nhưng thời gian đầu tư dưới 1 năm thì không được hoàn thuế VAT.

Vì vậy, trong Thông tư số 13, Bộ Tài chính đã sửa đổi quy định này để tránh vướng mắc khi thực hiện.