Theo kết luận điều tra, trong đợt dịch Covid 19, việc tổ chức các chuyến bay đưa công dân Việt Nam về nước được thực hiện dưới 3 hình thức là chuyến bay giải cứu (do cơ quan Nhà nước phối hợp tổ chức đưa công dân về nước cách lý tại cơ sở quân đội), chuyến bay “combo” (với hình thức trọn gói bằng kinh phí tự nguyện của công dân) và chuyến bay đơn lẻ, phát sinh đột xuất ngoài kế hoạch.

Ông Vũ Hồng Quang (cựu Phó Trưởng phòng Phòng vận tải hàng không, Cục Hàng không Việt Nam, Bộ Giao thông Vận tải) có nhiệm vụ tiếp nhận, xem xét ra quyết định cấp phép bay cho các hãng hàng không thực hiện các chuyến bay "combo" do doanh nghiệp tổ chức.

Quá trình thực hiện có một số chuyến bay doanh nghiệp không thuê được tàu bay cỡ lớn để chở hết số lượng khách được duyệt nên phải thuê hai tàu nhỏ dẫn đến phát sinh chi phí, trong khi vẫn còn ghế trống khách.

Để có thêm lợi nhuận, Nguyễn Thị Thanh Hằng (Phó Giám đốc Công ty Bluesky) và Nguyễn Tiến Mạnh (Phó Giám đốc Công ty Lữ hành Việt) đã trao đổi, thỏa thuận và được ông Quang đồng ý cấp phép bay theo số lượng khách vượt so với văn bản đã được duyệt với chi phí 2 triệu đồng/01 khách.

Thực hiện thỏa thuận, ông Quang đã chỉ đạo Nguyễn Mạnh Trường (chuyên viên Phòng vận tải hàng không) triển khai cấp phép bay trái quy định cho 1.019 khách.

Cơ quan điều tra xác định ông Quang nhận hối lộ hơn 1,9 tỷ đồng từ Hằng và Mạnh. Sau khi nhận tiền, ông Quang đã chủ động chuyển khoản 04 lần, chia cho Trường 244 triệu đồng với nội dung chuyển khoản như "Blue over 162"; "Blue 19.11 over 140”, “Lu Hanh Viet over 43”…

Trong hành vi này, ông Quang bị xét xử ở giai đoạn 1 nên không xem xét trong vụ án này. Cơ quan điều tra đề nghị truy tố ông Trường về tội Nhận hối lộ.

Ngoài ra, theo kết luận, tháng 9/2020, ông Vũ Hồng Quang đã liên hệ, trao đổi nhờ Phạm Trung Kiên (cựu thư ký Thứ trưởng Bộ y tế) giúp để có được văn bản chấp thuận của Ban Chỉ đạo cho công dân được về nước trên các chuyến bay đơn lẻ. Kiên đồng ý và thỏa thuận chi phí 10 triệu đồng/công dân.

Ông Quang đã trao đổi với Nguyễn Mạnh Cương (Trưởng phòng thương mại điện tử, Công ty cổ phần thương mại hàng không Vietjet) và Vũ Hoàng Dũng (lao động tự do) và nâng mức phí lên 2.000 USD – 3.000 USD/công dân.

Tiếp đó, Cương và Dũng trao đổi với Bùi Đăng Khoa (Giám đốc Công ty TNHH Một thành viên Du ngoạn Thế Giới), Trương Thị Mỹ Dung (Giám đốc Công ty TNHH Một thành viên Thương mại Dịch vụ Du lịch Ánh Sao Thiên), Phạm Quốc Thắng (Giám đốc Công ty TNHH PNR), Trần Minh Phụng (Giám đốc Công ty TNHH Thương mại Dịch vụ Du lịch và Xây dựng Gia Huy) tập hợp hồ sơ các công dân có nhu cần xin về nước và thỏa thuận chi phí chênh lên từ 100-500 USD/công dân để hưởng lợi.

Về phía doanh nghiệp, các bị can Khoa, Dung, Thắng, Phụng tiếp tục nâng phí lên 100 – 500 USD/công dân so với chi phí do Cương, Dũng yêu cầu.

Mặt khác, tháng 1/2021, Trần Thanh Nhã (lao động tự do) cũng trao đổi với Kiên giúp để có văn bản chấp thuận Ban Chỉ đạo cho công dân được về nước trên chuyến bay đơn lẻ, với chi phí 10 – 15 triệu đồng/công dân (chỉ một số ít trẻ em chi phí 7 triệu đồng/công dân).

Nhã đã trao đổi với Đặng Nhật Đức (Giám đốc Công ty TNHH Top Agent Japan) biết mức phí 10 -35 triệu đồng/công dân. Sau đó, Đức trực tiếp nhận hồ sơ của công dân hoặc thông qua Phạm Quốc Thắng, Trần Thị Ngân (Chủ tịch HĐQT Công ty TNHH Thương mại và Dịch vụ Ana Travel) và thỏa thuận chi phí từ 25 triệu đồng đến 160 triệu đồng/công dân.

Các đầu mối Thắng và Ngân tập hợp hồ sơ từ công dân và thỏa thuận chi phí chênh lên từ 100 USD đến 500 USD/công dân (so với chi phí Đức yêu cầu) để hưởng lợi.

Thực hiện các thỏa thuận trên, các bị can Quang, Nhã, Dũng, Cương, Đức, Khoa, Dung, Thắng, Ngân, Phụng đã đưa hối lộ cho Kiên hơn 14 tỷ đồng để xin chủ trương chấp thuận cho khách lẻ về nước trên các chuyến bay. Do ông Kiên đã bị truy tố, xét xử trong vụ án ở giai đoạn 1 nên không xem xét, xử lý trong vụ án này. Còn các bị can trên bị đề nghị về tội Đưa hối lộ.

Cơ quan điều tra xác định, ông Quang được hưởng lợi hơn 19,9 tỷ đồng; Nhã hơn 8,2 tỷ đồng; Dũng hơn 2,8 tỷ đồng; Cương hơn 2 tỷ đồng; Đức hơn 3,1 tỷ đồng… Trong quá trình điều tra, các bị can đã khắc phục một phần hậu quả như ông Quang nộp lại 8 tỷ đồng; Nhã 2,5 tỷ đồng...