Ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp: Vướng tiêu chí tổ chức trung gian hỗ trợ khởi nghiệp

Bộ Tài chính đã tiếp nhận và tổng hợp ý kiến góp ý của nhiều bộ, ngành đối với Dự thảo Nghị định hướng dẫn thi hành một số điều của Nghị quyết số 198/2025/QH15 về một số cơ chế, chính sách đặc biệt phát triển kinh tế tư nhân. Một trong những nội dung đáng chú ý trong Dự thảo này là chính sách miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp.

Cụ thể, theo quy định tại Khoản 1, điều 6 Dự thảo Nghị định này, các đối tượng được miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp là (i) các doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo, (ii) tổ chức trung gian hỗ trợ khởi nghiệp sáng tạo, (iii) tổ chức trung gian hỗ trợ đổi mới sáng tạo, (iv) tổ chức trung gian hỗ trợ khởi nghiệp sáng tạo, đổi mới sáng tạo được công nhận bởi cơ quan có thẩm quyền theo quy định của Luật Khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo, (v) công ty quản lý quỹ đầu tư khởi nghiệp sáng tạo theo quy định của pháp luật về hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa có thu nhập từ hoạt động khởi nghiệp sáng tạo, đổi mới sáng tạo theo quy định của Luật Khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo.

Chính vì vậy, Bộ Tư pháp đề nghị cơ quan soạn thảo phối hợp với Bộ Khoa học và Công nghệ nghiên cứu, làm rõ tiêu chí xác định các tổ chức trung gian hỗ trợ để được hưởng ưu đãi tại Nghị định này.

Bộ Khoa học và Công nghệ cũng đề xuất thay vì sử dụng khái niệm “công ty quản lý quỹ đầu tư khởi nghiệp sáng tạo” trong dự thảo nên điều chỉnh thành “công ty quản lý quỹ đầu tư đổi mới sáng tạo, khởi nghiệp sáng tạo”.

Đề xuất này nhằm bảo đảm tính hệ thống, thống nhất của các khái niệm “đổi mới sáng tạo” và “khởi nghiệp sáng tạo” trong khung pháp lý hiện hành tại Điều 3 của Luật Khoa học công nghệ và đổi mới sáng tạo, đồng thời để tránh trùng lặp giữa các điều khoản.

Tiếp thu các ý kiến, Bộ Tài chính đã bổ sung khái niệm “tổ chức trung gian hỗ trợ khởi nghiệp đổi mới sáng tạo” tại Khoản 3 Điều 3, đồng thời chỉnh lý chỉnh lý đối tượng tại Khoản 1 Điều 6, Điều 7 và Điều 11 để bảo đảm thống nhất với Nghị quyết 198/2025/QH15 cũng như Luật Khoa học, Công nghệ và Đổi mới sáng tạo. 

Liên quan đến đối tượng “công ty quản lý quỹ đầu tư khởi nghiệp sáng tạo”, Bộ Tài chính tiếp thu và giải trình rằng khái niệm trên được căn cứ theo Điều 18 Luật Hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa về “Quỹ đầu tư khởi nghiệp sáng tạo”.

Thứ hai, về thời hạn miễn thuế, Điểm a Khoản 1 Điều 6 Dự thảo Nghị định quy định các chủ thể trên được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong thời hạn 02 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 04 năm tiếp đối với khoản thu nhập này.

Bộ Tư pháp cho rằng quy định như trong Dự thảo hiện không rõ ràng. Nguyên nhân là bởi Khoản 1 Điều 10 Nghị quyết số 198/2025/QH15 cũng đã có quy định đối với những trường hợp này.

Do đó, bộ này đề nghị cơ quan chủ trì soạn thảo chỉ hướng dẫn thực hiện thay vì quy định lại các trường hợp được miễn, giảm thuế không thuộc thẩm quyền của Chính phủ.

Bộ Tài chính đã tiếp thu các góp ý này và chỉnh lý nội dung tại dự thảo. Theo đó, định nghĩa mới quy định: “Được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong thời hạn theo quy định Khoản 1 Điều 10 Nghị quyết số 198/2025/QH15 ngày 17 tháng 05 năm 2025 của Quốc hội về một số cơ chế, chính sách đặc biệt phát triển kinh tế tư nhân.”

Thứ ba, liên quan đến chính sách miễn thuế thuế thu nhập doanh nghiệp cho doanh nghiệp nhỏ.

Theo quy định tại Khoản 3 Điều 6 Dự thảo các doanh nghiệp nhỏ và vừa được miễn thuế thu nhập trong 03 năm kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu.

Tại Điểm a và b cùng khoản này cũng xác định các doanh nghiệp nhỏ và vừa được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong 03 năm kể từ khi được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu và thời gian miễn thuế được tính liên tục từ năm đầu tiên được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu.

Bộ Tư pháp đặt câu hỏi rằng, đối với các doanh nghiệp thành lập trước thời điểm Nghị quyết 198/2025/QH15 có hiệu lực, nếu vẫn còn thời gian trong giai đoạn miễn thuế theo quy định thì liệu có được tiếp tục hưởng ưu đãi cho phần thời gian còn lại hay không? Chính vì vậy, Bộ Tư pháp đề nghị làm rõ nội dung trên.

Tiếp thu ý kiến góp ý, Bộ Tài chính đã tiến hành bổ sung quy định tại khoản 3 Điều 6 Dự thảo: “Trường hợp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp được cấp trước thời điểm Nghị quyết 198/2025/QH15 có hiệu lực thi hành mà còn thời gian áp dụng ưu đãi thì doanh nghiệp được hưởng ưu đãi theo quy định tại khoản này cho thời gian còn lại”.