Bộ Tài chính cho biết, căn cứ theo Khoản 1, Khoản 2, Khoản 3 và Khoản 4 Điều 10 Nghị quyết số 198/2025/QH15, Dự thảo Nghị định đề xuất nội dung hướng dẫn miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp và thuế thu nhập cá nhân như sau:

Thứ nhất, áp dụng chính sách ưu đãi thuế đối với doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo, tổ chức trung gian hỗ trợ khởi nghiệp sáng tạo/hỗ trợ đổi mới sáng tạo được công nhận bởi cơ quan có thẩm quyền theo quy định của Luật Khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo và các văn bản hướng dẫn, cũng như công ty quản lý quỹ đầu tư khởi nghiệp sáng tạo là công ty thực hiện quản lý quỹ đầu tư khởi nghiệp sáng tạo theo quy định của pháp luật về hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa.

Theo đó, các đơn vị trên nếu có thu nhập từ hoạt động khởi nghiệp sáng tạo hoặc đổi mới sáng tạo theo quy định của Luật Khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo thì được được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp 2 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 4 năm tiếp theo cho khoản thu nhập này.

Tương tự, các chuyên gia, nhà khoa học được công nhận bởi cơ quan có thẩm quyền theo quy định của Luật Khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo có thu nhập từ tiền lương, tiền công tại doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo, trung tâm nghiên cứu phát triển, trung tâm đổi mới sáng tạo, tổ chức trung gian hỗ trợ khởi nghiệp sáng tạo/hỗ trợ đổi mới sáng tạo cũng được hưởng ưu đãi thuế như trên.

Dự thảo Nghị định này quy định doanh nghiệp phải hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động khởi nghiệp sáng tạo, đổi mới sáng tạo được miễn thuế với thu nhập từ các hoạt động khác không được hưởng ưu đãi.

Nếu không hạch toán riêng, thu nhập từ hoạt động được ưu đãi thuế sẽ được xác định bằng công thức:

Trong trường hợp khoản doanh thu hoặc chi phí được trừ nhưng không thể hạch toán riêng, thì xác định theo tỷ lệ giữa doanh thu hoặc chi phí được trừ của hoạt động sản xuất, kinh doanh hưởng ưu đãi thuế trên tổng doanh thu hoặc chi phí được trừ của doanh nghiệp.

Đối với cá nhân vừa có thu nhập từ tiền lương, tiền công được miễn, giảm thuế, vừa có thu nhập từ tiền lương, tiền công khác thì số thuế thu nhập cá nhân được miễn, giảm theo quy định tại khoản này được xác định như sau:

Thứ hai, miễn thuế thu nhập doanh nghiệp/cá nhân cho các doanh nghiệp/cá nhân có thu nhập từ chuyển nhượng cổ phần, phần vốn góp, quyền góp vốn, quyền mua cổ phần, quyền mua phần vốn góp vào doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo.

Trong đó, thu nhập từ chuyển nhượng cổ phần, phần vốn góp, quyền góp vốn, quyền mua cổ phần, quyền mua phần vốn góp là thu nhập có được từ chuyển nhượng một phần hoặc toàn bộ cổ phần, phần vốn góp, quyền góp vốn, quyền mua cổ phần, quyền mua phần vốn góp vào doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo (bao gồm cả trường hợp bán doanh nghiệp). Ngoại trừ thu nhập từ chuyển nhượng cổ phần của công ty đại chúng theo quy định của Luật Chứng khoán.

Nếu bán toàn bộ công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên do tổ chức làm chủ sở hữu dưới hình thức chuyển nhượng vốn có gắn với bất động sản thì doanh nghiệp phải kê khai và nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo hoạt động chuyển nhượng bất động sản.

Tương tự, nếu bán toàn bộ doanh nghiệp do cá nhân làm chủ sở hữu dưới hình thức chuyển nhượng vốn có gắn với bất động sản, cá nhân vẫn phải kê khai và nộp thuế thu nhập cá nhân theo quy định về hoạt động chuyển nhượng bất động sản, Dự thảo Nghị định hướng dẫn thi hành một số điều của Nghị quyết số 198/2025/QH15 nêu rõ.

Thứ ba, miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong 03 năm kể từ khi được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu đối với doanh nghiệp nhỏ và vừa. Trong đó, thời gian miễn thuế được tính liên tục từ năm đầu tiên được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu.

Tại Dự thảo Nghị định hướng dẫn thi hành một số điều của Nghị quyết số 198/2025/QH15 cũng nêu rõ, nếu trong cùng một thời gian, doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo, công ty quản lý quỹ đầu tư khởi nghiệp sáng tạo, tổ chức trung gian hỗ trợ khởi nghiệp sáng tạo/ hỗ trợ đổi mới sáng tạo, doanh nghiệp nhỏ và vừa có khoản thu nhập được hưởng miễn thuế, giảm thuế theo quy định nêu trên, đồng thời đủ điều kiện hưởng ưu đãi thuế khác, thì được chọn phương án ưu đãi có lợi nhất.

Việc lựa chọn này được thực hiện ổn định và không thay đổi trong suốt thời gian được miễn, giảm thuế.

Nếu trong kỳ tính thuế đầu tiên, doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo, công ty quản lý quỹ đầu tư khởi nghiệp sáng tạo, tổ chức trung gian hỗ trợ khởi nghiệp sáng tạo/ hỗ trợ đổi mới sáng tạo, doanh nghiệp nhỏ và vừa có thời gian hoạt động miễn, giảm thuế dưới 12 tháng thì được lựa chọn (i) hưởng miễn, giảm thuế ngay từ kỳ tính thuế đầu tiên hoặc (ii) đăng ký với cơ quan thuế để bắt đầu miễn, giảm thuế từ kỳ tính thuế tiếp theo.