Những năm gần đây, hơn 90% lượng hàng xuất nhập khẩu được vận chuyển bằng đường biển. Mỗi năm, 154 triệu tấn hàng hoá, 233 ngàn lượt khách và trên 62 nghìn lượt tàu thuyền đã qua cảng biển Việt Nam.
Với việc gia nhập WTO, dự báo lượng hàng hóa sẽ còn lớn hơn nhiều. Điều này đang đặt ra nhiều vấn đề trong việc nâng cấp hệ thống cảng Việt Nam, đặc biệt là vấn đề cải cách thủ tục hành chính, vốn bị "kêu" nhiều trong hoạt động thương mại quốc tế.
Theo Cục Hàng hải, thời gian tới, hệ thống cảng biển Việt Nam có nhiệm vụ phải tiếp nhận nhiều chủng loại tàu, đặc biệt là các tàu có trọng tải lớn. Để đáp ứng yêu cầu đó, hệ thống cảng biển Việt Nam cần phải được phát triển cả vể phần "cứng" lẫn "mềm", tức là phải phát triển kết cấu hạ tầng, áp dụng mô hình quản lý tiên tiến và nâng cao năng lực khai thác.
Hiện nay, hệ thống cảng biển có trên 100 cầu cảng, 24 cảng biển chính với tổng chiều dài mép bến gần 36 km và hơn 100 bến phao. Lượng hàng hóa được xếp dỡ qua các cảng biển tăng khoảng 10%/năm, cao hơn rất nhiều so với tốc độ đầu tư xây dựng cảng. Các cảng Hải Phòng, Đà Nẵng và khu vực Tp.HCM là những cảng đóng vai trò chủ lực nhưng đều có đặc điểm chung là khu hậu phương rất hẹp, chưa có cầu cảng nước sâu để tiếp nhận tàu có trọng tải lớn; thiết bị chuyên dụng xếp dỡ hàng hoá rất ít, giao thông đường nối cảng chưa được xây dựng đồng bộ.
Với dự tính khối lượng hàng hoá xuất nhập khẩu thông qua hệ thống cảng biển Việt Nam vào năm 2010 khoảng 250 triệu tấn và năm 2020 là trên 400 triệu tấn, từ năm 2000 phần lớn các dự án phát triển cảng đã được nghiên cứu và triển khai xây dựng đáp ứng tiêu chí cảng hiện đại với khu hậu phương rộng lớn và được gắn liền các khu công nghiệp, khu chế xuất... như các cảng: Cái Lân, Đình Vũ, Nghi Sơn, Vũng áng, Chân Mây, Dung Quất, Cái Mép - Thị Vải.
Trong đó dự án đầu tư, xây dựng Cảng trung truyển quốc tế Vân Phong tại Khánh Hoà nhận được sự quan tâm đặc biệt vì dự án có ảnh hưởng rất lớn tới sự phát triển hệ thống cảng biển Việt Nam cũng như tới sự phát triển ngành hàng hải trong khu vực nói chung trong thời gian tới. Khi cảng trung chuyển quốc tế Vân Phong ra đời, hệ thống các tuyến vận tải bằng đường biển của Việt Nam trước kia sẽ thay đổi một cách căn bản, hàng hóa xuất nhập khẩu của Việt Nam thay vì phải vận chuyển thông qua một cảng trung chuyển của các nước trong khu vực trước khi được đưa tới các nơi tiếp nhận thì nay có thể được vận chuyển trực tiếp từ Việt Nam tới nơi tiếp nhận.
Tuy nhiên, theo ông Dương Chí Dũng, Chủ tịch Hội đồng Quản trị Tổng công ty Hàng hải Việt Nam nhận xét, điều không kém phần quan trọng là việc cải cách thủ tục hành chính tại cảng biển. Có thể nói, thực trạng của hoạt động quản lý Nhà nước chuyên ngành tại cảng biển hiện nay vẫn còn đang trong cơ chế tồn tại nhiều chồng chéo, mâu thuẫn và chưa phù hợp với quy định thông lệ quốc tế. Việc thực hiện chức năng quản lý do nhiều cơ quan đảm nhiệm.
Chính vì vậy, hoạt động quản lý gây khó khăn cho hoạt động thương mại, hàng hải. Thủ tục khai báo phức tạp, các loại giấy tờ xuất trình và nộp còn quá nhiều và trùng lặp về nội dung. Trước đây, khi đến cảng, tàu phải nộp 36 loại giấy tờ, xuất trình 27 loại giấy tờ, khi vào cảng là 15 và 13 loại, khi đến cảng là 36 và 27 loại. Trong khi đó, địa điểm làm thủ tục còn phân tán, phải qua nhiều "cửa"; thời hạn làm thủ tục không thống nhất mà theo quy định riêng của từng cơ quan.
Tất cả những hạn chế này đã gây ra những ảnh hưởng bất lợi cho hoạt động kinh doanh hàng hải thương mại. Thời gian tàu lưu lại cảng, thời gian thông quan tàu và hàng hoá kéo dài đã khiến chi phí gia tăng, lợi nhuận giảm và thậm chí còn khiến các doanh nghiệp bỏ lỡ mất cơ hội kinh doanh. Ngoài ra, vai trò và tính chất đặc biệt của Cảng trung chuyển quốc tế Vân Phong cũng đặt ra nhu cầu cấp bách đòi hỏi cần phải có các quy định quản lý Nhà nước đặc biệt cho cảng cũng như sự phối hợp đồng bộ, đơn giản, hiệu quả giữa các cơ quan đảm nhiệm và phù hợp với tập quán quốc tế.
Công cuộc cải cách thủ tục hành chính tại cảng biển được đánh dấu bởi việc thí điểm tại cảng biển khu vực Tp.HCM. Nội dung là hình thành cơ chế "một cửa": xoá bỏ tình trạng người khai báo phải đến trụ sở cả 6 cơ quan chức năng hoặc cả 6 cơ quan lên tàu, địa điểm làm thủ tục sẽ là tại trụ sở của Cảng vụ hàng hải; đơn giản hoá trình tự, thủ tục và giảm thiểu các loại giấy tờ phải nộp hoặc xuất trình; giảm thời hạn và cải tiến cách thức làm thủ tục cũng như phân dịnh rõ trach nhiệm của các bên liên quan.
Việc thực hiện thí điểm nhìn chung đã có tác động tích cực. Theo số liệu thống kê, trong hơn một năm thực hiện thí điểm, số lượt tàu làm thủ tục vào cảng khu vực Tp.HCM tăng 13,98%. Đồng thời, mang lại hiệu quả lớn về mặt kinh tế cho chủ tàu, chủ hàng, tàu thuyền và các doanh nghiệp liên quan như rút ngắn thời gian giải phóng tàu và giải phóng hàng, giảm chi phí phát sinh, tăng lợi nhuận và nâng cao tính chủ động trong kinh doanh; đồng thời giúp các cơ quan chức năng tại cảng giảm được kinh phí quản lý, hình thành phương thức điều hành mới.
Tuy nhiên, cũng theo ông Dũng, mục tiêu nâng cao chất lượng cải cách thủ tục hành chính cảng biển vẫn còn những những khó khăn, thách thức không nhỏ. Đó là sự mâu thuẫn giữa quy định của một số nội dung cải cách với các văn bản có liên quan về quy trình thủ tục, giấy tờ khai báo và hoạt động kiểm tra, giám sát, giám quản, giám hộ theo chức năng chuyên ngành.
Việc áp dụng công nghệ thông tin trong thời gian trước mắt cần phải được nhanh chóng nghiên cứu và áp dụng theo hướng hiện đại hóa. Bên cạnh những cải tiến nhằm giảm bớt thủ tục đối với tàu thuyền, như bỏ quy định về "thủ tục xin đến cảng", cho phép gửi các tờ khai đến các cơ quan có liên quan bằng các hình thức như fax, email... và quy định cụ thể về cách thức thực hiện đồng bộ, thống nhất, kết nối giữa các cơ quan có liên quan đến làm thủ tục cho tàu thuyền vào, rời cảng biển.
