Bộ Tài chính đang lấy ý kiến dự thảo Thông tư hướng dẫn về nghĩa vụ thuế khi doanh nghiệp trích lập và sử dụng Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp.

Thông tư này áp dụng cho việc xác định nghĩa vụ thuế khi doanh nghiệp không sử dụng, hoặc không sử dụng hết 70% hoặc sử dụng không đúng mục đích Quỹ phát triển khoa học và công nghệ tại doanh nghiệp từ kỳ tính thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2021.

Sau khi Thông tư này được thông qua, sẽ bãi bỏ Điều 14, Điều 17 Thông tư liên tịch số 12/2016/TTLT-BKHCN- BTC ngày 28/6/2016 của Bộ Khoa học và Công nghệ và Bộ Tài chính hướng dẫn nội dung chỉ và quản lý Quỹ phát triên khoa học và công nghệ của doanh nghiệp.

Dự thảo Thông tư chỉ rõ, đối với doanh nghiệp nhà nước, trích từ 3 - 10% thu nhập tính thuế thu nhập doanh nghiệp trong kỳ. Tỷ lệ trích cụ thể căn cứ vào khả năng và nhu cầu sử dụng nguồn vốn cho hoạt động khoa học và công nghệ của doanh nghiệp.

Đối với các doanh nghiệp còn lại, doanh nghiệp tự quyết định mức trích cụ thể nhưng tối đa không quá 10% thu nhập tính thuế thu nhập doanh nghiệp trong kỳ.

Về bản chất, đây là chính sách khuyến khích gián tiếp của nhà nước đối với doanh nghiệp thông qua ưu đãi thuế do đối với khoản thu nhập trích Quỹ, doanh nghiệp không phải đóng thuế và được phép sử dụng Quỹ cho hoạt động khoa học công nghệ của doanh nghiệp nhằm nâng cao chất lượng, khả năng cạnh tranh.

Tuy nhiên, “trường hợp doanh nghiệp chi Quỹ không đúng mục đích thì doanh nghiệp phải nộp ngân sách nhà nước phần thuế thu nhập doanh nghiệp tính trên khoản thu nhập đã trích vào Quỹ tương ứng với khoản sử dụng không đúng mục đích và phần lãi phát sinh từ số thuế thu nhập doanh nghiệp đó”, Bộ Tài chính lưu ý.

Lãi suất tính lãi đối với số thuế thu hồi tính trên phần Quỹ sử dụng sai mục đích là mức tính tiền chậm nộp thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế và các văn bản quy phạm pháp luật hướng dẫn thi hành. Thời gian tính lãi là khoảng thời gian kể từ khi trích lập Quỹ đến khi thu hồi.

Lãi suất tính theo lãi suất phát hành trái phiếu Chính phủ kỳ hạn 01 năm hoặc tín phiếu Kho bạc kỳ hạn 52 tuần tại thời điểm gần nhất trong vòng 03 tháng trước thời điểm tính lãi.

Trường hợp trong vòng 3 tháng trước thời điểm tính lãi không phát hành trái phiếu Chính phủ kỳ hạn 1 năm hoặc tín phiếu Kho bạc kỳ hạn 52 tuần thì áp dụng lãi suất tính lãi theo lãi suất trái phiếu Chính phủ có kỳ hạn còn lại 01 năm (từ 274 ngày đến 547 ngày) theo kết quả giao dịch trái phiếu Chính phủ công bố trên website của Sở Giao dịch Chứng khoán Hà Nội tại thời điểm gần nhất.

Thời gian tính lãi là 2 năm và áp dụng tại thời điểm thu hồi.

Bộ Tài chính cho biết thêm, trường hợp doanh nghiệp có nhu cầu sử dụng cho hoạt động khoa học và công nghệ cao hơn số dư hiện có của Quỹ thì doanh nghiệp được lựa chọn, hoặc lấy từ số trích lập Quỹ của các năm tiêp theo để bù đắp hoặc tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp trong kỳ tính thuế đối với phần chênh lệch.

Nhìn lại 5 năm ban hành Thông tư liên tịch số 12, nhiều ý kiến cho rằng, việc bắt buộc phải trích lập Quỹ đối với doanh nghiệp nhà nước từ 3-10%, không xuất phát từ nhu cầu thực tế, vì vậy, nên bỏ quy định này. Đồng thời, mở rộng nội dung chi cũng như đơn giản hóa các thủ tục chi Quỹ và quyết toán với cơ quan thuế để không làm "khó" doanh nghiệp. 

Thậm chí, không tính lãi phạt chậm nộp nhằm giải quyết tâm lý e ngại rủi ro của các doanh nghiệp trong việc trích lập mà không sử dụng hoặc sử dụng nhưng không được cơ quan thuế quyết toán.