Hiện nay, trà sữa đã trở thành một loại thức uống phổ biến ở hầu hết các nước châu Á. Tuy nhiên, các bác sĩ ở bệnh viện Mount Alvernia (Singapore) vừa công bố "thông số" dinh dưỡng của mỗi ly trà sữa. Theo đó, với rất nhiều đuồng, sữa và kem không sữa, trà sữa thực sự có thể làm tăng nguy cơ mắc các bệnh mãn tính.Thành phần của trà sữa cơ bản thường gồm 3 thành phần chính. Đầu tiên là trà. Nếu sử dụng trà thật, chúng có chứa rất nhiều các chất chống oxy hóa có tác dụng chống viêm và chống ung thư. Tuy nhiên, nếu không sử dụng đúng loại trà hoặc hương liệu thực phẩm có nguồn gốc xuất xứ rõ ràng, rất có thể những loại hương liệu này sẽ có chứa các hóa chất độc hại (hóa chất hương nhài có gốc từ penzylacetat, hương sen từ P - dimethoxy penzin, đều là những chất độc hại gốc hữu cơ).Thành phần chính thứ hai là sữa. Trừ những thương hiệu nổi tiếng sử dụng các loại sữa tươi, sữa đặc thì đa số thương hiệu nhỏ đều sử dụng kem béo (không phải sữa). Loại kem béo này so với sữa thì lượng canxi, vitamin A, D, hàm lượng protein so với sữa cũng rất thấp. Kem béo này chứa rất nhiều dầu thực vật được hydro hóa, có thể gây tác động tiêu cực tới sức khỏe như làm tắc mạch máu, tăng cholesterol xấu, giảm cholesterol tốt.Thứ ba, một ly trà sữa trân châu có thể sẽ chứa tới 50 g đường (cung cấp 200 kcal).  Đó là chưa kể tới lượng calo mà sữa và trân châu đem lại. Một hạt trân châu có thể chứa tới 5 - 14 kcal mỗi viên. Thông thường, một cốc trà sữa sẽ thường được thêm 2 thìa trân châu, có thể cung cấp tới 100 kcal.Bên cạnh đó, rất nhiều loại trà sữa không chỉ có trân châu mà còn được bổ sung thêm nhiều loại đồ đi kèm (thường được gọi là topping). Rất nhiều trong số topping này dùng kem không sữa – non-dairy cream – có trong trà sữa là một chất thay thế sữa; có chứa chất béo chuyển hóa dưới dạng dầu cọ hydro hóa. Dầu này có liên quan mật thiết tới việc tăng nguy cơ mắc bệnh tim và đột quỵ.

Trong nghiên cứu của bệnh viện Mount Alvernia, các bác sỹ cũng đã so sánh lượng calo trong bảy loại đơn đặt hàng trà sữa; và thấy rằng trung bình lượng calo trong một ly trà sữa size trung bình (size M) có mức năng lượng tương đương với một miếng pho mát và khuyên người tiêu dùng nên hạn chế uống hai ly một tuần.Bên cạnh những nguy cơ năng lượng dư thừa, trà sữa cũng có những nguy cơ sức khỏe nếu các thành phần trong loại đồ uống này không đảm bảo vệ sinh an toàn thực phẩm. Vì lợi ích, một số cửa hàng trà sữa trân châu không dùng bột trà tự nhiên mà chế từ bột màu. Hương vị không khác với trà tự nhiên nhưng nó được chế tạo từ các chất tổng hợp hóa học.Nếu tinh trà trong trà sữa không vượt quá tiêu chuẩn và sử dụng hạn chế thì không nguy hại nhiều tới sức khỏe. Nếu dùng thường xuyên trong thời gian dài, chúng sẽ gây thương tổn cho chức năng của gan, thận. Thành phần chủ yếu của trà sữa là dầu thực vật hydro hóa, một loại axit béo dạng trans. Loại axit này sẽ làm giảm lượng hormone nam giới, khống chế sức sống của tinh trùng.Dù uống trà sữa có thể gây ra bệnh béo phì nhưng cơ thể mập mạp lên không có nghĩa là do nhận được nhiều chất dinh dưỡng. Sữa ở trong "trà sữa" ít canxi, vitamin A, B và D cũng như đạm so với sữa thông thường. Chính vì thế, thức uống này sẽ gây thiếu hụt dinh dưỡng trầm trọng.