Doanh nghiệp nông sản được khấu trừ VAT đầu vào, không phải kê khai thuế đầu ra

Theo đó, Luật Thuế giá trị gia tăng sửa đổi cho phép doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã khi mua bán sản phẩm nông nghiệp chưa chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường không phải kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng đầu ra nhưng được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào.

Luật mới cũng sửa đổi các nội dung liên quan đến mức doanh thu không chịu thuế giá trị gia tăng đối với hộ, cá nhân kinh doanh (từ 100 triệu đồng nâng lên 500 triệu đồng/năm); đồng thời bãi bỏ khoản 3 Điều 12 và điểm c khoản 9 Điều 15 – những điều khoản từng gây tranh cãi về điều kiện hoàn thuế gắn với nghĩa vụ nộp thuế của bên bán trong dự thảo trước đó.

Luật Thuế giá trị gia tăng sửa đổi sẽ có hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2026.

Trước khi tiến hành biểu quyết, Quốc hội nghe Bộ trưởng Bộ Tài chính Nguyễn Văn Thắng, thừa ủy quyền của Thủ tướng Chính phủ trình bày Báo cáo giải trình, tiếp thu, chỉnh lý dự thảo Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng.

Từ ngày 1/7/2025, Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15 chính thức có hiệu lực. Tuy nhiên, chỉ sau 5 tháng thi hành, Chính phủ đã nhận được nhiều phản ánh, kiến nghị từ các doanh nghiệp và hiệp hội ngành hàng về những vướng mắc phát sinh, đặc biệt trong lĩnh vực nông nghiệp, xuất khẩu và sản xuất thức ăn chăn nuôi.

Trước đó, theo Luật Thuế giá trị gia tăng năm 2016, đối với hàng hóa nông sản chưa chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường ở khâu thương mại, doanh nghiệp không phải kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng đầu ra nhưng vẫn được khấu trừ thuế đầu vào đối với các chi phí như điện, nước, vận chuyển… Quy định này giúp doanh nghiệp tiết kiệm chi phí, giảm áp lực dòng tiền và hạn chế tình trạng gian lận hoàn thuế.

Tuy nhiên, Luật số 48/2024/QH15 không còn duy trì quy định này, khiến doanh nghiệp phải kê khai, tạm nộp thuế giá trị gia tăng đầu vào 5%, rồi chờ hoàn thuế sau khi xuất khẩu. Thực tế này gây áp lực tài chính lớn, đặc biệt với những ngành có vòng quay vốn nhanh như cà phê, hồ tiêu, gạo.

Chính phủ đã ước tính, chỉ trong 6 tháng cuối năm 2025, số thuế giá trị gia tăng mà doanh nghiệp ngành cà phê phải tạm nộp lên đến khoảng 5.000 tỷ đồng; ngành lương thực khoảng 2.016 tỷ đồng; ngành hồ tiêu và cây gia vị khoảng 2.162 tỷ đồng; dẫn đến đọng vốn, ảnh hưởng đến sản xuất kinh doanh.

Trước tình hình trên, Chính phủ đã trình Quốc hội thông qua Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng, trong đó khôi phục quy định quan trọng đối với một số nhóm ngành nghề trong lĩnh vực nông nghiệp, từng được áp dụng từ năm 2016.