Theo quy định, bộ tổ chức và hoạt động theo nguyên tắc phân
định rõ nhiệm vụ, quyền hạn và trách nhiệm của bộ, Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ
quan ngang bộ (Bộ trưởng). Bộ trưởng chịu trách nhiệm toàn diện về mọi hoạt động
của bộ.
Đặc biệt, tổ chức bộ máy của bộ theo hướng quản lý đa ngành,
đa lĩnh vực, tinh gọn, hiệu năng, hiệu lực, hiệu quả.
Việc xác định số lượng cấp phó trong cơ quan, tổ chức phải bảo đảm nguyên tắc số
lượng cấp phó trong một tổ chức trực thuộc tối đa không vượt quá số lượng cấp
phó của tổ chức cấp trên trực tiếp.
Các cơ quan, tổ chức cùng cấp thì số lượng
cấp phó của cơ quan, tổ chức không có tổ chức bên trong tối đa không vượt quá số
lượng cấp phó của cơ quan, tổ chức có tổ chức bên trong.
Trường hợp cần tăng số
lượng cấp phó so với quy định của cấp có thẩm quyền thì báo cáo cấp có thẩm quyền
xem xét, quyết định.
Ngoài ra, Nghị định cũng quy định việc đẩy mạnh phân cấp, ủy quyền trong tổ chức
và hoạt động của bộ theo quy định của pháp luật.
Về cơ cấu tổ chức của bộ bao gồm Vụ và tương đương (vụ); Văn
phòng (nếu có); Thanh tra (nếu có); Cục và tương đương (cục); Đơn vị sự nghiệp
công lập.
Trong đó, các đơn vị sự nghiệp công lập được quy định tại Nghị định
quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của từng bộ, gồm: Các
đơn vị nghiên cứu chiến lược, chính sách về ngành, lĩnh vực; Báo, tạp chí;
Trung tâm Thông tin; Trường, Trung tâm hoặc Học viện thực hiện chức năng đào tạo,
bồi dưỡng cán bộ, công chức, viên chức.
Đặc biệt, theo nghị định, các loại cục thuộc bộ gồm cục loại
1 là tổ chức thuộc bộ, thực hiện chức năng tham mưu, giúp Bộ trưởng quản lý nhà
nước và tổ chức thực thi pháp luật đối với chuyên ngành, lĩnh vực được quản lý
tập trung, thống nhất ở trung ương, không phân cấp cho địa phương quản lý theo
quy định của pháp luật.
Cục loại 2 là tổ chức thuộc bộ, thực hiện chức năng tham mưu
và giải quyết các vấn đề cụ thể trong một hoặc một số lĩnh vực, giúp Bộ trưởng
quản lý nhà nước và tổ chức thực thi pháp luật về ngành, lĩnh vực theo phân cấp
của Bộ trưởng.
Trường hợp bộ quản lý cơ sở vật chất kỹ thuật lớn có tính hệ thống đặt ở nhiều
địa phương thì được thành lập cục thuộc bộ để thực hiện chức năng quản trị nội
bộ.
Cơ cấu tổ chức của cục gồm: Ban (đối với cục loại 1) hoặc
phòng (đối với cục loại 2); Văn phòng (nếu có); Thanh tra (nếu có); Chi cục và
tương đương (nếu có); Đơn vị sự nghiệp công lập (nếu có).
Một điểm đáng chú ý là theo nghị định, không tổ chức phòng
trong vụ.
Trường hợp đặc biệt, đối với vụ thuộc bộ mới sáp nhập, hợp nhất từ 03
đầu mối cấp vụ trở lên hoặc vụ có số biên chế công chức lớn (từ 45 biên chế
công chức trở lên được cấp có thẩm quyền giao) thì có thể xem xét thành lập
phòng (mỗi phòng phải có đủ 15 biên chế công chức trở lên) và số lượng phòng
trong vụ thuộc bộ (nếu có) phải được quy định tại Nghị định quy định chức năng,
nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của bộ.
Các quy định về cơ cấu tổ chức của bộ tại Nghị định này
không áp dụng đối với Bộ Quốc phòng, Bộ Công an.