Khi thực hiện hợp nhất, cơ cấu tổ chức của Bộ Nông nghiệp và Môi trường đã được sắp xếp tinh gọn, giảm 25/55 đầu mối, tương ứng tỷ lệ giảm 45,45%. Bộ Nông nghiệp và Môi trường đề nghị tiếp tục duy trì cơ cấu tổ chức gồm 29 đơn vị như quy định hiện nay gồm 6 đơn vị tham mưu tổng hợp, 19 cục quản lý chuyên ngành và 4 đơn vị sự nghiệp công lập để ổn định tổ chức...

Dự thảo Nghị định thay thế Nghị định số 35/2025 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Nông nghiệp và Môi trường đang được Bộ Tư pháp tổ chức thẩm định.

Cụ thể về cơ cấu tổ chức, trong dự thảo Nghị định, Bộ Nông nghiệp và Môi trường đề xuất giữ nguyên 6 đơn vị tham mưu tổng hợp (gồm 5 Vụ  và Văn phòng Bộ). Đây là các đơn vị tham mưu tổng hợp mà các bộ, ngành đều có. Thực hiện chủ trương không tổ chức phòng trong vụ, sẽ sửa đổi quy định tại Nghị định theo hướng bỏ quy định thành lập phòng thuộc Vụ Kế hoạch- Tài chính và Vụ Tổ chức cán bộ.

Đối với các đơn vị quản lý chuyên ngành, Bộ đề nghị giữ nguyên 19 cục quản lý chuyên ngành do các cục đều có đối tượng quản lý tương đối rõ, ổn định, được điều chỉnh bởi các luật chuyên ngành, bảo đảm bao quát các ngành, lĩnh vực lớn của Bộ, qua đó tạo thuận lợi cho việc xây dựng thể chế, chính sách và tổ chức thực thi pháp luật.

Đối với 4 đơn vị sự nghiệp công lập trực tiếp phục vụ quản lý nhà nước của Bộ, đề nghị giữ nguyên bởi đây là các đơn vị đáp ứng các tiêu chí theo quy định.

Về cơ cấu tổ chức bên trong các đơn vị, tổ chức trực thuộc Bộ Nông nghiệp và Môi trường sẽ tiếp tục thực hiện sắp xếp, tinh gọn đầu mối, giảm mạnh các tổ chức cấp phòng và tương đương.

Bộ Nông nghiệp và Môi trường cho biết theo quy định tại Nghị định số 35/2025/NĐ-CP, Bộ đã tiến hành sắp xếp, tổ chức lại các đơn vị của hai Bộ (Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn, Bộ Tài nguyên và Môi trường)  từ 13 đơn vị tham mưu tổng hợp thành 06 đơn vị tham mưu, tổng hợp (từ 01/6/2025, Thanh tra Bộ kết thúc mô hình theo Kết luận số 134-KL/TW ngày 28/3/2025 của Bộ Chính trị, Ban Bí thư) và từ 27 cục, vụ quản lý chuyên ngành thành 19 cục trực thuộc Bộ.

So với cơ cấu tổ chức trước đây, Bộ đã giảm 25/55 đầu mối, đạt tỉ lệ giảm 45,45%.

Đối với các đơn vị sự nghiệp công lập, từ 08 đơn vị quy định tại Nghị định của hai Bộ trước đây, đã sắp xếp, tổ chức lại thành 04 đơn vị sự nghiệp công lập thuộc cơ cấu tổ chức của Bộ tại Nghị định số 35/2025/NĐ-CP. Ngoài ra, Bộ có 46 đơn vị sự nghiệp công lập (được sắp xếp, kiện toàn từ 72 đơn vị) quy định tại Quyết định số 1811/QĐ-TTg ngày 23/8/2025 của Thủ tướng Chính phủ.

Sau khi hoàn thành việc sắp xếp, Bộ có 50 đơn vị sự nghiệp công lập đã giảm 30/80 đơn vị ứng với tỉ lệ giảm 37,5%. Cụ thể chia theo lĩnh vực hoạt động, gồm: 8 tổ chức khoa học và công nghệ (giảm 7/15 đơn vị tương ứng giảm 46,67%); 7 Trường đại học, học viện (giảm 02/9 đơn vị tương ứng giảm 22,22%); 3 đơn vị sự nghiệp kinh tế (giảm 05/8 đơn vị tương ứng giảm 62,5%); 7 Ban quản lý dự án (giảm 06/13 đơn vị tương ứng giảm 46,15%).

Về tinh gọn tổ chức bên trong các đơn vị thuộc Bộ, thi hành Nghị định số 35/2025/NĐ-CP, Bộ đã ban hành các quyết định quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các đơn vị trực thuộc quy định tại Nghị định; quyết định quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các Chi cục, đơn vị sự nghiệp trực thuộc Cục, Văn phòng trực thuộc Bộ.

Theo đó, số lượng đầu mối bên trong của các đơn vị trực thuộc Bộ đã được tinh giảm so với trước khi hợp nhất. Cụ thể, đã giảm 63/301 đầu mối cấp phòng trực thuộc các đơn vị (tương ứng với tỉ lệ giảm 20,9%) so với cơ cấu trước đây, trong đó: giảm 60/217 phòng trong các Vụ (không tổ chức phòng trong Vụ), Cục, Thanh tra Bộ, Văn phòng Bộ và tương đương (giảm 27,6%); giảm 03/35 Chi cục thuộc Cục trực thuộc Bộ.

Đối với tổ chức bên trong các đơn vị sự nghiệp, bước đầu sau khi hoàn thành ban hành Quyết định quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của đơn vị, dự kiến số lượng các tổ chức bên trong các đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Bộ còn 635 tổ chức, giảm 435/1070 tổ chức, tương ứng với tỷ lệ giảm 40,7%.