Cho phép doanh nghiệp khấu trừ lại thuế VAT khi bổ sung chứng từ thanh toán

Chính phủ vừa ban hành Nghị định số 144/2026/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 181/2025/NĐ-CP ngày 1/7/2025 quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng đã được sửa đổi, bổ sung một số điều bởi Nghị định số 359/2025/NĐ-CP ngày 31/12/2025. Nghị định mới có hiệu lực từ ngày 20/6/2026.

Một trong những điểm đáng chú ý tại Nghị định là quy định liên quan đến chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp từ 5 triệu đồng trở lên.

Theo đó, cơ sở kinh doanh căn cứ vào hợp đồng mua hàng hóa, dịch vụ bằng văn bản, hóa đơn giá trị gia tăng và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt của hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp để khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào.

Trường hợp chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt do chưa đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng, phụ lục hợp đồng thì cơ sở kinh doanh vẫn được tạm khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào.

Tuy nhiên, nếu đến hạn thanh toán mà doanh nghiệp không xuất trình được chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì phải thực hiện điều chỉnh giảm phần thuế đã khấu trừ tương ứng với phần giá trị hàng hóa, dịch vụ không đáp ứng điều kiện trong kỳ tính thuế phát sinh nghĩa vụ thanh toán.

Bên cạnh đó, Nghị định 144/2026/NĐ-CP sửa đổi quy định về khấu trừ thuế đầu vào đối với hàng hóa, dịch vụ sử dụng đồng thời cho hoạt động chịu thuế và không chịu thuế. Theo nguyên tắc, doanh nghiệp chỉ được khấu trừ phần thuế đầu vào tương ứng với hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng.

Doanh nghiệp có trách nhiệm thực hiện hạch toán riêng thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ. Nếu không thể tách riêng thì áp dụng phương pháp phân bổ theo tỷ lệ phần trăm doanh thu chịu thuế trên tổng doanh thu trong kỳ tính thuế.

Trong đó, tổng doanh thu làm căn cứ bao gồm cả doanh thu chịu thuế, không chịu thuế và giá trị gia tăng từ hoạt động mua bán, chế tác vàng bạc, đá quý (trừ trường hợp giá trị gia tăng âm).

Đáng chú ý, cách xác định doanh thu đối với một số lĩnh vực đặc thù cũng được điều chỉnh. Trước đây tại Nghị định 181/2025/NĐ-CP, hoạt động kinh doanh ngoại tệ, mua bán chứng khoán thì doanh thu là chênh lệch giữa giá bán và giá mua (trừ trường hợp chênh lệch âm).

Tuy nhiên, theo quy định mới, cách xác định doanh thu được chuyển sang áp dụng theo pháp luật chuyên ngành.

Cụ thể, doanh thu của tổ chức tín dụng và chi nhánh ngân hàng nước ngoài được xác định theo pháp luật về các tổ chức tín dụng; doanh thu từ hoạt động chứng khoán và thị trường chứng khoán được xác định theo pháp luật về chứng khoán; doanh thu từ hoạt động kinh doanh bảo hiểm được xác định theo pháp luật về kinh doanh bảo hiểm. 

Song song, Nghị định số 144/2026 cũng mở rộng phạm vi hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế giá trị gia tăng.

Trong đó, nhiều loại hình bảo hiểm được bổ sung vào nhóm không chịu thuế, bao gồm bảo hiểm nhân thọ, bảo hiểm sức khỏe, bảo hiểm người học, các sản phẩm bảo hiểm liên quan trực tiếp đến con người, bảo hiểm nông nghiệp như bảo hiểm vật nuôi và cây trồng, bảo hiểm phục vụ hoạt động khai thác thủy sản, cũng như các sản phẩm tái bảo hiểm theo quy định pháp luật.

Bên cạnh lĩnh vực bảo hiểm, nghị định cũng bổ sung hoạt động bán nợ vào diện không chịu thuế giá trị gia tăng. Phạm vi này bao gồm cả khoản phải thu, khoản phải trả và chứng chỉ tiền gửi, phản ánh sự điều chỉnh theo hướng phù hợp hơn với bản chất các giao dịch tài chính.

Ngoài ra, quy định về hàng hóa xuất khẩu là tài nguyên, khoáng sản tiếp tục được điều chỉnh theo hướng linh hoạt hơn. Các sản phẩm thuộc danh mục không khuyến khích hoặc hạn chế xuất khẩu sẽ thuộc diện không chịu thuế giá trị gia tăng, với danh mục cụ thể do cơ quan quản lý đề xuất và Chính phủ quyết định theo từng thời kỳ.