Từ những bất cập nảy sinh trong quá trình áp dụng quy định về thuế giá trị gia tăng, một trong những đề xuất Bộ Tài chính đưa ra là khôi phục quy định cho phép khấu trừ thuế đầu vào đối với hàng hóa nông, lâm, thủy sản dù thuộc diện không phải kê khai, nộp thuế…

Bộ trưởng Bộ Tài chính thay mặt Chính phủ vừa ký Tờ trình số 1090/TTr-CP, báo cáo Ủy ban Thường vụ Quốc hội và Quốc hội về dự án Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng.

Trong đó, nội dung trọng tâm hướng tới hoàn thiện chính sách thuế để giảm gánh nặng tài chính cho doanh nghiệp nông nghiệp và tháo gỡ điểm nghẽn trong cơ chế hoàn thuế.

Thứ nhất, ban hành lại quy định không phải kê khai, không phải tính nộp thuế giá trị gia tăng nhưng được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào đối với sản phẩm cây trồng, rừng trồng, sản phẩm chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng và đánh bắt nếu hàng hóa chưa được chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường, khi giao dịch ở khâu thương mại.

Với điều chỉnh này, doanh nghiệp thương mại không phải nộp trước thuế giá trị gia tăng 5% đối với hàng nông sản mua bán ở khâu thương mại, giúp giảm chi phí tạm ứng thuế và tránh tình trạng thuế thu rồi lại phải hoàn cho mặt hàng có tỷ lệ xuất khẩu lớn (chẳng hạn cá da trơn, hồ tiêu, cà phê), từ đó giảm áp lực vốn cho doanh nghiệp.

Thứ hai, sửa đổi chính sách thuế giá trị gia tăng đối với sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường được sử dụng làm thức ăn chăn nuôi.

Theo đó, cơ sở sản xuất kinh doanh thức ăn chăn nuôi không phải trả thuế giá trị gia tăng 5%, từ đó giúp doanh nghiệp giảm được chi phí sản xuất và tăng khả năng cạnh tranh với sản phẩm thức ăn chăn nuôi nhập khẩu.

Thứ ba, bãi bỏ quy định điều kiện hoàn thuế giá trị gia tăng phụ thuộc vào việc người bán đã kê khai, nộp thuế. Việc loại bỏ điều kiện này nhằm rút ngắn thời gian hoàn thuế cho doanh nghiệp xuất khẩu

Như vậy, quá trình hoàn thuế được thực hiện theo quy định đối với người xuất khẩu mà không phải chờ xác minh bên bán đã kê khai, nộp thuế hay chưa. Thay đổi này cũng nhằm tháo gỡ rủi ro và chi phí tài chính do doanh nghiệp phải ứng tiền để nộp trước thuế trong khi chờ hoàn.

Trước đó, khi Quốc hội thông qua Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15, có hiệu lực thi hành kể từ ngày 1 tháng 7 năm 2025 nhưng trong quá trình triển khai đã bộc lộ nhiều khó khăn, đặc biệt trong lĩnh vực nông nghiệp và sản xuất thức ăn chăn nuôi.

Theo đó, nhiều hiệp hội ngành hàng và doanh nghiệp đã có văn bản phản ánh, kiến nghị điều chỉnh chính sách nhằm bảo đảm tính khả thi và công bằng trong thực tiễn áp dụng:

Cụ thể, doanh nghiệp buộc phải nộp trước mức thuế giá trị gia tăng 5% đối với nông sản mua bán ở khâu thương mại, sau đó mới thực hiện thủ tục hoàn thuế.

Quy trình này dẫn đến tình trạng dòng tiền bị ứ đọng, trong khi các tổ chức tín dụng lại không tính phần thuế đã nộp vào hạn mức vốn lưu động được cấp cho doanh nghiệp.

Bên cạnh đó, cơ chế hiện hành cũng tạo ra sự khác biệt đối xử giữa nông sản, thủy sản sản xuất trong nước và hàng nhập khẩu, bởi nông sản, thủy sản nhập khẩu không chịu thuế giá trị gia tăng tại khâu nhập khẩu tương ứng. Điều này làm gia tăng bất lợi cho doanh nghiệp nội địa ngay trên “sân nhà”.

Không chỉ vậy, việc xếp thức ăn chăn nuôi vào nhóm hàng hóa không chịu thuế giá trị gia tăng khiến các doanh nghiệp sản xuất trong nước không được khấu trừ và không được hoàn thuế đầu vào. Hệ quả là chi phí sản xuất và giá bán tăng lên, ảnh hưởng trực tiếp đến người chăn nuôi và làm suy giảm khả năng cạnh tranh của sản phẩm trong nước so với hàng nhập khẩu.

Một vướng mắc khác được doanh nghiệp phản ánh là quy định chỉ cho phép người mua được hoàn thuế khi người bán đã hoàn tất việc kê khai, nộp thuế.

Trên thực tế, doanh nghiệp xuất khẩu không có công cụ pháp lý cũng như kỹ thuật để xác minh tình trạng tuân thủ thuế của người bán tại thời điểm lập hồ sơ hoàn thuế. Nhiều ý kiến cũng cho rằng quy định này chưa phù hợp với nghĩa vụ chịu trách nhiệm của từng chủ thể, do người mua và người bán là các chủ thể khác nhau và phải chịu trách nhiệm riêng rẽ, độc lập với nhau..

Từ thực tiễn đó, Bộ Tài chính kỳ vọng việc sửa đổi, bổ sung Luật Thuế giá trị gia tăng lần này sẽ góp phần tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp, khơi thông dòng vốn, giảm chi phí sản xuất, đặc biệt đối với khu vực nông nghiệp, qua đó tạo lập môi trường thuế minh bạch, công bằng và phù hợp hơn trong giai đoạn phục hồi kinh tế sau thiên tai.