Doanh nghiệp vẫn được khấu trừ thuế giá trị gia tăng nếu có chứng từ thanh toán

Trước băn khoăn của doanh nghiệp liên quan đến quy định về khấu trừ thuế giá trị gia tăng, Cục Thuế (Bộ Tài chính) mới đây đã có công văn trả lời Cục Thuế tỉnh Bắc Ninh và Cục Thuế tỉnh Khánh Hòa hướng dẫn cụ thể cách xử lý các vướng mắc liên quan đến khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào.

Cụ thể, căn cứ khoản 2, điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH13, điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào bao gồm: (i) doanh nghiệp phải có hóa đơn giá trị gia tăng mua hàng hóa, dịch vụ hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng ở khâu nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng thay cho phía nước ngoài; (ii) có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào, trừ các trường hợp đặc thù do Chính phủ quy định; (iii) đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu còn phải có hợp đồng ký kết với bên nước ngoài, hóa đơn bán hàng, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, tờ khai hải quan, phiếu đóng gói, vận đơn và chứng từ bảo hiểm hàng hóa (nếu có).

Ngoài ra, Cục Thuế cũng dẫn chiếu điều 25 và điều 26 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP Quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng về hóa đơn, chứng từ nộp thuế và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt để hướng dẫn cụ thể.

Theo đó, đối với các giao dịch thanh toán trả chậm, trả góp có giá trị từ 5 triệu đồng trở lên, nếu tại thời điểm thanh toán doanh nghiệp không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì phải kê khai, điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ đối với phần giá trị hàng hóa, dịch vụ vào kỳ tính thuế phát sinh nghĩa vụ thanh toán theo hợp đồng, phụ lục hợp đồng.

Trước đó, theo phản ánh của các doanh nghiệp, trong thời gian qua, các doanh nghiệp đều gặp khó khăn khi thực hiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào đối với các giao dịch mua hàng hóa, dịch vụ theo hình thức trả chậm hoặc trả góp có giá trị từ năm triệu đồng trở lên.

Nguyên nhân xuất phát từ việc tại thời điểm thanh toán theo hợp đồng, doanh nghiệp không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, dẫn đến không đủ điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng.

Các doanh nghiệp cho biết khi đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng, cơ sở kinh doanh đã chủ động kê khai điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng đầu vào đối với phần giá trị hàng hóa, dịch vụ chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt trong kỳ tính thuế phát sinh nghĩa vụ thanh toán theo hợp đồng.

Tuy nhiên, sau thời hạn thanh toán ghi trong hợp đồng, dù doanh nghiệp có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, nhưng nhiều văn bản của cơ quan thuế, như công văn số 434 ngày 21/8/2025 của Thuế Vĩnh Long, công văn số 2563 ngày 19/9/2025 của Thuế Ninh Bình đều khẳng định, doanh nghiệp không được kê khai khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào nếu chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt được phát sinh sau thời hạn thanh toán ghi trong hợp đồng.

Nhiều doanh nghiệp cho rằng quy định này gây bất lợi, bởi lẽ nếu quá hạn thanh toán thì phần thuế giá trị gia tăng phải loại trừ là điều hợp lý nhưng khi đã hoàn tất thanh toán thì được khấu trừ lại số thuế này.