Chẳng hạn, nếu bạn lạm dụng xông mũi bằng nước muối sinh lý, mũi bạn sẽ thường xuyên bị ẩm ướt. Đây sẽ là môi trường thuận lợi để vi khuẩn sinh sôi, phát triển nên sẽ khiến người xông mũi thường xuyên dễ bị bệnh hơn. Để phòng bệnh, ngăn ngừa cảm cúm, viêm nhiễm đường hô hấp, tốt nhất bạn chỉ nên xông mũi bằng nước muối sinh lý khoảng 1 – 3 lần/tuần. Để trị bệnh thì thông thường cũng chỉ khoảng 2 – 4 lần/ngày trong khoảng 3 – 5 ngày liên tục.Việc dùng máy khí dung để xông thuốc (về loại thuốc, liều lượng dùng, cách pha thuốc) cần theo đúng chỉ định của bác sĩ kê cho từng lần bị bệnh. Bạn không nên tự ý ra hiệu thuốc mua thuốc xông vì không thể lường trước bệnh tình nặng nhẹ của người thân. Việc sử dụng kháng sinh, kháng viêm lâu dài hoặc lạm dụng sẽ có thể gây ra những hậu quả nghiêm trọng cho sức khoẻ, đặc biệt là tình trạng kháng thuốc. Khi đã được kê đơn thì tốt nhất nên sử dụng đúng liều lượng và đảm bảo đúng thời gian xông thuốc, loại thuốc. Với trẻ nhỏ nên chú ý để bé ngồi yên để tránh việc thất thoát lượng thuốc khi xông làm giảm hiệu quả điều trị bệnh.Nguy cơ khi điều trị không đúng là không những không chữa được bệnh mà còn làm cho bệnh nặng hơn. Bởi khi dùng thuốc kháng sinh, kháng viêm, các vi khuẩn có lợi trong cơ thể bị suy giảm, sức đề kháng kém đi sẽ làm cho người bệnh dễ bị mắc các bệnh hô hấp nặng hơn hoặc càng về sau càng khó chữa, lâu khỏi hơn… Chính vì thế nên việc xông thuốc bằng khí dung cũng có thể gây ra các tác dụng phụ như ho, khàn giọng, nhiễm nấm vùng hầu họng, kích thích niêm mạc hầu họng hoặc kích thích da mặt nếu sử dụng mặt nạ. Để phòng tránh các tác dụng phụ này, người sử dụng máy xông khi dung cần súc miệng và dùng sữa rửa mặt sau mỗi lần xông.

Trong quá trình sử dụng, bạn nên chú ý vệ sinh máy khí dung thường xuyên, nhất là bộ phận lọc không khí, đường ống dẫn khí để hạn chế bụi, vi khuẩn và nấm mốc theo đường xông vào cơ thể gây bệnh. Tốt nhất bạn nên cất ngay lốc máy vào hộp kín, khô sau mỗi lần xông để tránh bụi rơi vào máy.Bạn cũng cần luôn giữ ống dẫn khí khô ráo. Nếu chẳng may ống bị hấp hơi hoặc bị nước rơi vào bên trong, hoặc là khi bạn tráng rửa ống dẫn khí, bạn cần cắm một đầu ống dẫn khí vào máy và một đầu để không rồi bật máy cho chạy đến khi ống dẫn khí khô. Các bộ phận của bình xông, mặt nạ xông nên được rửa sạch dưới vòi nước chảy ngay sau mỗi lần dùng. Trước khi sử dụng lại, bạn cần tiệt trùng chúng bằng nước sôi hoặc dung dịch sát trùng rồi để khô ở khu vực không khí sạch sẽ.