Tại Quyết định số 162/2007/QĐ-TTg, Thủ tướng Chính phủ ban hành Quy chế hoạt động của Khu kinh tế cửa khẩu quốc tế Cầu Treo (Hà Tĩnh).

Tất cả dự án đầu tư vào Khu kinh tế được hưởng các ưu đãi tối đa áp dụng đối với các địa bàn kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn. Các dự án đầu tư được miễn thuế đất trong 11 năm đầu, miễn thuế thu nhập trong 4 năm kể từ khi có thu nhập chịu thuế, được giảm 50% số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp trong 9 năm tiếp theo; được áp dụng mức thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp là 10% trong 15 năm kể từ khi dự án bắt đầu hoạt động kinh doanh. Những người làm việc tại Khu kinh tế được giảm 50% thuế thu nhập cá nhân.

Hàng hóa sản xuất, gia công, tái chế, lắp ráp tại Khu kinh tế có sử dụng nguyên liệu, vật tư, linh kiện và bán thành phẩm từ nước ngoài, khi nhập khẩu vào Việt Nam, được miễn thuế nhập khẩu trong 5 năm kể từ khi bắt đầu sản xuất.