Cơ chế hoàn thuế giá trị gia tăng tự động được xem là bước tiến quan trọng trong tiến trình cải cách toàn ngành thuế. Song song, việc tháo gỡ những bất cập trong khâu thu mua, hoàn thuế ở lĩnh vực nông, lâm sản cũng là vấn đề cấp thiết. Đồng bộ hóa công nghệ với điều chỉnh chính sách thực tế được kỳ vọng sẽ tháo gỡ “điểm nghẽn” cho ngành hàng này…

“Tính đến ngày 14/10/2025, tổng thu ngân sách do ngành Thuế quản lý đạt 1.744.000 tỷ đồng, vượt 1,5% so với kế hoạch được giao. Trong đó, thu từ khu vực sản xuất kinh doanh đạt tiến độ tốt, thu từ đất tăng gấp đôi so với cùng kỳ năm 2024”, ông Đặng Ngọc Minh, Phó Cục trưởng Cục Thuế cho biết tại tọa đàm “Hoàn thiện chính sách thuế, hải quan, thúc đẩy doanh nghiệp phát triển" tổ chức ngày 16/10/2025.

Theo ông Minh, Bộ Tài chính đã trình Chính phủ và Quốc hội ban hành nhiều chính sách tài khóa hỗ trợ doanh nghiệp phục hồi và phát triển. Đáng chú ý, Nghị quyết 204/2025/QH15 tiếp tục cho phép giảm 2% thuế suất thuế giá trị gia tăng áp dụng đến hết năm 2026 đã góp phần kích cầu tiêu dùng, thúc đẩy tăng trưởng kinh tế, đồng thời vẫn đảm bảo cân đối ngân sách nhà nước.

Cùng đó, Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15 ghi nhận nhiều điểm mới theo hướng giảm gánh nặng cho doanh nghiệp, đặc biệt là doanh nghiệp nhỏ và vừa, doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo.

Phát biểu tại hội thảo, ông Đậu Anh Tuấn, Phó Tổng thư ký, Trưởng ban Pháp chế Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) cho rằng dù chính sách thuế có nhiều điểm tích cực, song việc thực thi Luật Thuế giá trị gia tăng sửa đổi đang vấp phải nhiều luồng ý kiến trái chiều.

“Trước đây, doanh nghiệp thu mua nông sản không phải kê khai, tính thuế. Tuy nhiên, hiện nay, khi phải kê khai từ khâu thương mại, vốn là mắt xích trung gian quan trọng đối với hầu như các doanh nghiệp lớn do không thể chỉ mua từ nông dân đã khiến quy trình hoàn thuế trở nên phức tạp hơn”.

Theo Trưởng ban Pháp chế VCCI, chính sách thuế giá trị gia tăng chuyển mặt hàng phân bón từ miễn thuế sang chịu thuế 5% là một điều chỉnh đúng hướng, giúp doanh nghiệp được khấu trừ thuế đầu vào và tăng sức cạnh tranh với hàng nhập khẩu.

Tuy nhiên, quy định mới này lại khiến doanh nghiệp lĩnh vực nông, lâm, ngư nghiệp gặp khó trong khâu thu mua, hoàn thuế.

Một mặt, biên lợi nhuận thấp và chi phí vốn cao khiến các doanh nghiệp nông sản phải chịu áp lực lớn trong khi quy trình hoàn thuế kéo dài. Mặt khác, thực tế cho thấy doanh nghiệp thu gom từ hàng chục nhà bán nhỏ lẻ chỉ cần một người bán gặp trục trặc về thuế thì lập tức việc hoàn thuế của họ sẽ bị chậm trễ, phát sinh chi phí, thời gian và ảnh hưởng uy tín.

Chính vì vậy, ông Đậu Anh Tuấn kiến nghị Cục Thuế cần sớm đẩy nhanh cải tiến quy trình hoàn thuế theo hướng tự động, minh bạch, tương tự cơ chế hoàn thuế cho cá nhân, giúp doanh nghiệp giảm chi phí và rủi ro hành chính.

Bên cạnh đó, cơ quan quản lý cần xem xét áp dụng chính sách theo lộ trình phù hợp, nhất là trong bối cảnh hàng nông sản Việt Nam đang chịu sức ép từ các biện pháp thuế đối ứng của Mỹ, để tránh tạo thêm gánh nặng cho doanh nghiệp trong nước.

Trả lời những băn khoăn này, ông Đặng Ngọc Minh cho biết trước đây, các hợp tác xã hoặc doanh nghiệp thương mại thu mua nông sản không cần kê khai và tính thuế giá trị gia tăng. Tuy nhiên, trong lần sửa luật vừa qua, Quốc hội đã quyết định đưa quy định kê khai thuế trở lại.

“Quan điểm ban đầu của Bộ Tài chính là giữ nguyên quy định cũ để hạn chế rủi ro, nhưng do hệ thống pháp luật chỉ có cơ chế miễn thuế chứ không có cơ chế không kê khai, nên việc áp dụng thuế suất 5% là phương án hợp lý nhất. Tuy vậy, một số vướng mắc thực tiễn đang phát sinh, Bộ sẽ tiếp tục rà soát, nghiên cứu và báo cáo Quốc hội để điều chỉnh trong thời gian tới,” ông Minh nói.

Liên quan đến cơ chế hoàn thuế tự động, lãnh đạo Cục thuế cho biết ngành Thuế đang triển khai lộ trình tự động hóa quy trình quản lý thuế, hướng đến xây dựng hệ thống thuế điện tử toàn diện. Mục tiêu là để người nộp thuế “tự khai, tự tính, tự nộp và tự chịu trách nhiệm” và cơ quan thuế đóng vai trò hỗ trợ, giám sát và cung cấp dữ liệu.

Theo đó, cơ quan Thuế hiện đã số hóa dữ liệu người nộp thuế trên toàn hệ thống, cho phép phân loại, phân nhóm rủi ro và tạo lập tờ khai gợi ý cho người dân, doanh nghiệp.

Tuy nhiên, một vấn đề đặt ra là ai sẽ chịu trách nhiệm nếu phát sinh sai sót trong quy trình hoàn thuế tự động, theo ông Đặng Ngọc Minh, ngành Thuế vẫn bảo vệ quan điểm coi hệ thống điện tử là một "thực thể pháp lý" có thẩm quyền nhất định, thay mặt cơ quan thuế thực hiện các bước xử lý tự động theo quy định.

“Khi máy móc có đủ căn cứ pháp lý và dữ liệu để quyết định, thì đó là trách nhiệm của hệ thống, không cần can thiệp thủ công. Đây là hướng đi tất yếu để nâng cao tính minh bạch, giảm rủi ro và tăng hiệu quả quản lý,” lãnh đạo Cục thuế nhấn mạnh.