Chính sách thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với sản phẩm nông, lâm, thuỷ sản chưa qua chế biến đang trở thành rào cản đáng kể, ảnh hưởng đến năng lực cạnh tranh và sự phát triển bền vững của ngành. Việc chưa có hướng dẫn cụ thể đang khiến các doanh nghiệp lúng túng trong kê khai thuế, hàng nghìn tỷ đồng bị ứ đọng, làm giảm nguồn vốn lưu động, ảnh hưởng nghiêm trọng đến tiến độ sản xuất, giao hàng và xuất khẩu…

Ngày 9/10, Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) phối hợp với 8 hiệp hội ngành hàng trong lĩnh vực nông nghiệp tổ chức hội thảo "Tháo gỡ vướng mắc về chính sách thuế giá trị gia tăng với ngành nông, lâm, thủy sản".

RỦI RO PHÁP LÝ KHIẾN DOANH NGHIỆP LÀM ĂN CHÂN CHÍNH BỊ LIÊN ĐỚI TRÁCH NHIỆM

Hội thảo được tổ chức trong bối cảnh Luật Thuế Giá trị gia tăng (GTGT) số 48/2024/QH15 chính thức có hiệu lực từ ngày 1/7/2025, với nhiều kỳ vọng về cải cách, hiện đại hóa chính sách thuế, tăng tính minh bạch, chống gian lận và mở rộng cơ sở thuế.

Tuy nhiên, thực tiễn triển khai trong hơn 3 tháng qua đã cho thấy nhiều vướng mắc, bất cập, đặc biệt là trong cách áp dụng quy định thuế đối với các sản phẩm nông sản, lâm sản và thủy sản - những ngành hàng không chỉ mang tính chiến lược trong xuất khẩu, mà còn đảm bảo sinh kế cho hàng chục triệu nông dân và người lao động trên cả nước.

Chia sẻ tại hội thảo, ông Đậu Anh Tuấn, Phó Tổng thư ký, Trưởng ban Pháp chế VCCI chỉ ra những bất cập nổi bật, những khó khăn doanh nghiệp gặp phải khi áp dụng quy định thuế GTGT mới. Như việc xác định đối tượng không chịu thuế chưa rõ ràng, dẫn đến tình trạng cùng một loại sản phẩm nhưng áp dụng hai mức thuế khác nhau; thủ tục hoàn thuế kéo dài, phức tạp, gây ứ đọng vốn lớn cho doanh nghiệp, đặc biệt trong xuất khẩu; rủi ro pháp lý từ hóa đơn đầu vào, khiến doanh nghiệp làm ăn chân chính bị liên đới trách nhiệm.

Bất khả thi trong yêu cầu truy xuất đến từng hộ nông dân, khi phần lớn người dân chưa quen với hóa đơn, chứng từ điện tử. Và không kém phần quan trọng, là mức xử phạt hành chính cao với những sai sót nhỏ, gây áp lực không đáng có cho các doanh nghiệp và hộ kinh doanh nhỏ lẻ.

Phản ánh từ các hiệp hội ngành hàng cho thấy, nhiều quy định tại Luật GTGT 2024 chưa phù hợp với đặc thù sản xuất - kinh doanh nông nghiệp, đặc biệt là các vướng mắc liên quan đến xác định đối tượng chịu thuế, mức thuế suất và thủ tục hoàn thuế.

Ông Nguyễn Hoài Nam, Tổng thư ký Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu Thủy sản Việt Nam (VASEP) cho biết cùng là sản phẩm thủy sản nuôi trồng hoặc đánh bắt chưa qua chế biến sâu, nhưng doanh nghiệp lại đang phải áp dụng hai mức thuế suất khác nhau - một mặt thuộc diện không chịu thuế (khoản 1, Điều 5), mặt khác lại bị áp thuế suất 5% (điểm d, khoản 2, Điều 9). Điều này khiến đoanh nghiệp xuất khẩu phải tạm nộp thuế và chờ hoàn thuế sau, trong khi quy trình hoàn thuế phức tạp và điều kiện nghiêm ngặt đang tạo ra áp lực lớn cho cả doanh nghiệp lẫn cơ quan thuế.

Đại diện Hiệp hội Gỗ và Lâm sản Việt Nam (VIFOREST), ông Ngô Sỹ Hoài, Phó Chủ tịch, kiêm Tổng thư ký phản ánh rằng việc chưa có hướng dẫn cụ thể về định nghĩa "gỗ sơ chế thông thường" (ví dụ: xẻ phôi, bóc vỏ, băm đăm) đang khiến doanh nghiệp lúng túng trong kê khai thuế, dẫn đến chậm trễ trong việc hoàn thuế GTGT đầu vào. Tình trạng này khiến hàng nghìn tỷ đồng bị ứ đọng, làm giảm nguồn vốn lưu động và ảnh hưởng nghiêm trọng đến tiến độ sản xuất, giao hàng và xuất khẩu.

Hiệp hội Lương thực Việt Nam (VFA) bày tỏ lo ngại về việc chuyển mặt hàng gạo từ diện không chịu thuế sang chịu thuế GTGT 5% theo quy định mới. Thay đổi này khiến các doanh nghiệp bị tồn đọng lượng vốn lớn tương ứng với phần thuế GTGT chờ hoàn, trong khi nguồn vốn lưu động bị hạn chế, làm giảm hiệu quả sản xuất - kinh doanh và khả năng thu mua lúa của nông dân.

Bên cạnh đó, thủ tục hoàn thuế kéo dài không chỉ gây gián đoạn trong việc thực hiện các hợp đồng xuất khẩu, mà còn có thể làm biến động giá lúa gạo trong nước, tác động trực tiếp đến đời sống người nông dân.

Hiệp hội Cà phê - Ca cao Việt Nam (VICOFA) đề nghị cần làm rõ khái niệm "sơ chế thông thường" để tránh tình trạng các sản phẩm như cà phê nhân xanh - vốn chưa qua chế biến sâu nhưng có giá trị xuất khẩu cao - bị áp thuế GTGT 5% một cách không phù hợp. Cùng quan điểm, Hiệp hội Chè Việt Nam cũng đề nghị làm rõ khái niệm "chè sơ chế và chè thành phẩm”, đồng thời kiến nghị mức thuế là 0% nhằm đảm bảo cạnh tranh và duy trì chuỗi cung ứng nông sản xuất khẩu.

Hiệp hội Hồ tiêu và Cây gia vị Việt Nam (VPSA) cho biết nhiều doanh nghiệp trong ngành chưa được hoàn thuế GTGT dù đã nộp đủ hồ sơ, khiến vốn bị ứ đọng, rủi ro tài chính gia tăng, buộc một số đơn vị phải thu hẹp hoạt động hoặc tạm ngừng thu mua.

Quy trình hoàn thuế kéo dài và quy định giới hạn không vượt quá 10% doanh thu được đánh giá là chưa phù hợp với đặc thù mùa vụ, ảnh hưởng đến tính thanh khoản và năng lực cạnh tranh của ngành hồ tiêu.

Bà Đỗ Kim Chi, đại diện Hiệp hội Thức ăn chăn nuôi Việt Nam phản ánh tình trạng một số địa phương vẫn áp thuế suất 5% đối với nguyên liệu dùng để sản xuất thức ăn chăn nuôi dù Luật GTGT đã quy định rõ đây là đối tượng không chịu thuế.

Việc áp sai thuế suất khiến chi phí sản xuất tăng đẩy giá thành sản phẩm nội địa cao hơn so với hàng nhập khẩu, ảnh hưởng trực tiếp đến người chăn nuôi – nhóm chịu thiệt hại lớn nhất khi chi phí thức ăn chiếm tới 70% giá thành sản phẩm chăn nuôi.

CẦN GIẢI PHÁP ĐỒNG BỘ, KỊP THỜI 

Trước các bất cập của doanh nghiệp ngành nông, lâm thuỷ sản, ông Đậu Anh Tuấn nhấn mạnh một thực tế cần được nhìn nhận nghiêm túc: chính sách thuế nếu không phù hợp với đặc thù sản xuất – kinh doanh của ngành nông nghiệp sẽ trở thành rào cản lớn, làm suy giảm năng lực cạnh tranh, ảnh hưởng đến dòng tiền, làm gián đoạn chuỗi cung ứng và khiến doanh nghiệp rơi vào thế bị động trong bối cảnh hội nhập sâu rộng.

"Luật Thuế GTGT mới ra đời với nhiều kỳ vọng cải cách, nhưng những vướng mắc hiện nay nếu không được tháo gỡ, hướng dẫn sớm theo hướng phù hợp với thực tiễn sản xuất - kinh doanh thì sẽ trở thành rào cản đáng kể”, ông Tuấn cảnh báo.

Những vướng mắc nêu trên không chỉ là vấn đề kỹ thuật pháp lý, mà còn là vấn đề phát triển bền vững của ngành nông nghiệp Việt Nam, là bài toán về dòng tiền, về năng lực cạnh tranh và về khả năng duy trì chuỗi xuất khẩu nông sản vốn đang đứng trước nhiều thách thức từ các yêu cầu quốc tế ngày càng khắt khe như EUDR của EU hay các tiêu chuẩn môi trường, truy xuất nguồn gốc mới.

Sau quá trình trao đổi, các hiệp hội ngành hàng thống nhất kiến nghị Chính phủ và Bộ Tài chính xem xét điều chỉnh chính sách thuế GTGT, đưa các sản phẩm nông, lâm, thủy sản chưa qua chế biến (bao gồm nguyên liệu sản xuất thức ăn chăn nuôi) trở lại diện không phải kê khai, tính thuế, tương tự như quy định tại Nghị định số 209/2013/NĐ-CP trước đây.

Cùng với đó, đơn giản hóa, rút ngắn thủ tục hoàn thuế, đồng thời ban hành hướng dẫn chi tiết, thống nhất để đảm bảo thực hiện đồng bộ tại các địa phương, tránh tình trạng "mỗi nơi một kiểu".

VCCI cho biết sẽ tổng hợp đầy đủ các ý kiến, kiến nghị tại hội thảo để gửi tới các cơ quan chức năng, với mục tiêu hỗ trợ doanh nghiệp tháo gỡ rào cản, tạo lập môi trường kinh doanh ổn định, minh bạch, từ đó nâng cao năng lực cạnh tranh của ngành nông nghiệp Việt Nam trong bối cảnh hội nhập sâu rộng.