Một trong những điểm đáng chú ý tại dự thảo Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng là Bộ Tài chính đề xuất bổ sung cơ chế cho phép doanh nghiệp và hợp tác xã mua bán nông sản không phải kê khai, tính và nộp thuế giá trị gia tăng nhưng vẫn được khấu trừ thuế đầu vào nhằm tạo sự công bằng giữa hàng nông sản sản xuất trong nước với hàng nhập khẩu…

Bộ Tài chính đang xây dựng hồ sơ dự án Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng để trình Chính phủ, trình Quốc hội xem xét, thông qua tại kỳ họp thứ 10, Quốc hội khóa XV.

Dự thảo luật lần này tập trung vào hai nhóm nội dung lớn là điều chỉnh đối tượng không chịu thuế và sửa đổi quy định về hoàn thuế đối với sản phẩm nông sản, thức ăn chăn nuôi sau quá trình tổng hợp ý kiến của các bộ, hiệp hội và doanh nghiệp nhằm tháo gỡ những bất cập phát sinh trong thực tiễn thực hiện Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15.

Theo Dự thảo, Khoản 1 Điều 5 được sửa đổi, bổ sung để mở rộng phạm vi áp dụng đối tượng không chịu thuế.

Cụ thể, sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng hoặc đánh bắt chưa qua chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường do tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra và ở khâu nhập khẩu tiếp tục thuộc diện không chịu thuế.

Đồng thời, Dự thảo bổ sung quy định cho phép doanh nghiệp, hợp tác xã mua các sản phẩm này để bán cho doanh nghiệp, hợp tác xã khác không phải kê khai, tính và nộp thuế giá trị gia tăng, nhưng vẫn được khấu trừ thuế đầu vào.

Tại tờ trình của Bộ Tài chính, trong quá trình triển khai Luật Thuế giá trị gia tăng có hiệu lực từ ngày 1/7/2025, một trong những điểm gây khó khăn theo phản ánh của nhiều đơn vị là việc áp dụng thuế suất 5% đầu vào đối với hàng hóa là các sản phẩm nông nghiệp mua bán ở khâu thương mại.

Ngoài ra, Bộ Tài chính đánh giá, chính sách hiện hành được tạo ra sự bất bình đẳng giữa hàng sản xuất trong nước và hàng nhập khẩu. do nông sản, thủy sản nhập khẩu vào Việt Nam không chịu thuế giá trị gia tăng.

Điều này vô hình trung khiến doanh nghiệp sản xuất trong nước gặp bất lợi: người nhập khẩu không phải vay ngân hàng để nộp thuế ở khâu nhập khẩu, trong khi doanh nghiệp xuất khẩu phải vay vốn lưu động để nộp khoản thuế giá trị gia tăng tạm ứng khi mua hàng trong nước, Bộ Tài chính nhấn mạnh.

Song song, Dự thảo cũng sửa đổi, bổ sung khoản 5 Điều 9 liên quan đến thuế suất.

Theo đó, Dự thảo sửa đổi theo hướng lược bỏ quy định về sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường được sử dụng làm thức ăn chăn nuôi, dược liệu thì áp dụng thuế suất giá trị gia tăng theo mức thuế suất quy định cho sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản.

Bộ Tài chính cho rằng, việc áp dụng thuế giá trị gia tăng 5% đầu vào đối với doanh nghiệp sản xuất thức ăn chăn nuôi nhưng không được khấu trừ đang làm tăng chi phí sản xuất, buộc doanh nghiệp phải tăng giá bán, ảnh hưởng trực tiếp đến người chăn nuôi. Đồng thời, điều này làm giảm khả năng cạnh tranh của sản phẩm thức ăn chăn nuôi trong nước so với hàng nhập khẩu, vốn đang được miễn thuế giá trị gia tăng.

Theo thống kê của Hội Chăn nuôi Việt Nam, hiện Việt Nam phải nhập khẩu hơn 70% nguyên liệu thức ăn chăn nuôi và trên 90% nguyên liệu dùng trong chế biến thức ăn chăn nuôi công nghiệp, tương đương khoảng 26,7 triệu tấn mỗi năm. Từ ngày 1/7/2025, khi thuế giá trị gia tăng 5% đầu vào được áp dụng theo Luật số 48/2024/QH15, doanh nghiệp sản xuất thức ăn chăn nuôi sẽ chịu chi phí cao hơn do không được khấu trừ.

Nếu dự thảo bổ sung quy định mở rộng đối tượng không chịu thuế, các vướng mắc liên quan đến nông sản, thủy sản sơ chế sẽ được tháo gỡ. Tuy nhiên, để xử lý triệt để khó khăn của doanh nghiệp sản xuất thức ăn chăn nuôi, Bộ Tài chính đề nghị bỏ hẳn quy định nêu trên tại Khoản 5 Điều 9 của Luật Thuế giá trị gia tăng

Liên quan đến quy định hoàn thuế giá trị gia tăng, Bộ Tài chính cho biết hiện các doanh nghiệp xuất khẩu được hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào nhưng việc hoàn thuế thường chậm do phải chờ bên bán hoàn tất kê khai, nộp thuế theo quy định tại Điểm c Khoản 9 Điều 15 Luật Thuế giá trị gia tăng.

Trong nhiều trường hợp, doanh nghiệp mua hàng không có công cụ pháp lý để kiểm tra việc bên bán đã kê khai hay nộp thuế hay chưa. Tình huống này dẫn đến hồ sơ hoàn thuế có thể bị từ chối nếu bên bán chưa kê khai hoặc còn nợ thuế dù doanh nghiệp đã thanh toán hợp pháp, kê khai đầy đủ và lưu giữ chứng từ hợp lệ.

Điều này gây rủi ro lớn cho doanh nghiệp xuất khẩu, ảnh hưởng đến dòng tiền và hoạt động sản xuất kinh doanh, Bộ Tài chính nhấn mạnh.

Để khắc phục tình trạng này, Dự thảo Luật đề xuất bãi bỏ Điểm c Khoản 9 Điều 15 nhằm rút ngắn thời gian hoàn thuế, giảm chi phí tuân thủ và hỗ trợ doanh nghiệp cải thiện dòng tiền phục vụ hoạt động xuất khẩu.

Nếu được thông qua, Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng sẽ có hiệu lực từ ngày 1/1/2026, thay thế các quy định hiện hành.