VCCI kiến nghị Thủ tướng sớm tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp ngành nông nghiệp

Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) vừa có văn bản gửi Thủ tướng Chính phủ, tổng hợp những vướng mắc lớn của các hiệp hội ngành hàng chủ lực như thuỷ sản, cà phê – ca cao, hồ tiêu và cây gia vị, chăn nuôi, lương thực – thực phẩm, gỗ và lâm sản.

Trên cơ sở tổng hợp ý kiến từ hơn 300 đại biểu tại hội thảo đối thoại ngày 9/10/2025 tại Hà Nội, VCCI đã báo cáo Thủ tướng Chính phủ Phạm Minh Chính về 5 nhóm khó khăn lớn và 6 kiến nghị giải pháp khẩn cấp.

5 NHÓM KHÓ KHĂN LỚN

Theo VCCI, 5 nhóm vấn đề lớn đang gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến ngành nông nghiệp Việt Nam.

Thứ nhất, gánh nặng ứng vốn và mất cạnh tranh từ thuế suất 5% đối với nông sản sơ chế.

Theo Điểm d, Khoản 2, Điều 9 của Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15, các sản phẩm “chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường” bị áp thuế suất này. Tuy nhiên, các sản phẩm nông nghiệp như tôm, cá, cà phê, tiêu, điều, và gỗ nguyên liệu chủ yếu chỉ trải qua các công đoạn như bóc vỏ, phơi, xát, hay sấy, vốn không làm phát sinh giá trị gia tăng thực chất. Việc áp thuế GTGT 5% cho nhóm hàng hóa này được VCCI đánh giá là chưa phù hợp với bản chất của thuế GTGT, bởi thuế này chỉ nên đánh vào phần giá trị tăng thêm trong quá trình sản xuất – kinh doanh.

Đặc biệt, cơ chế “thu trước – hoàn sau” đã gây ra áp lực tài chính nghiêm trọng, buộc các doanh nghiệp phải ứng trước một lượng vốn rất lớn cho nghĩa vụ thuế. Tình trạng này càng trầm trọng hơn khi lợi nhuận biên của các ngành hàng nông sản lại rất thấp, chỉ từ 1% đến 3%. Ví dụ cụ thể, ngành cà phê phải tạm nộp gần 10.000 tỷ đồng thuế GTGT mỗi năm, còn ngành hồ tiêu phải ứng trước tới 85 triệu USD. Vấn đề này làm tăng giá thành xuất khẩu của Việt Nam, khiến hàng nông sản mất lợi thế cạnh tranh so với các quốc gia khác như Brazil, Indonesia, và Ấn Độ, nơi hàng nông sản thô được miễn hoặc áp thuế 0%.

Thứ hai, hoàn thuế kéo dài, rủi ro pháp lý lớn đè nặng lên doanh nghiệp.

Thủ tục hoàn thuế GTGT phức tạp, kéo dài, và chứa đựng nhiều rủi ro pháp lý là nhóm vướng mắc thứ ba được báo cáo. Nhiều doanh nghiệp phản ánh việc hoàn thuế bị kéo dài nhiều tháng, thậm chí bị từ chối vì những lý do nằm ngoài khả năng kiểm soát của họ.

Đặc biệt, quy định mới trong Luật Thuế GTGT 2024 yêu cầu doanh nghiệp chỉ được hoàn thuế khi bên bán đã “kê khai và nộp thuế”. VCCI cho rằng quy định này là bất hợp lý vì đã chuyển giao trách nhiệm của bên bán sang bên mua, người đã hoàn thành đầy đủ nghĩa vụ thuế của mình. 

Bên cạnh đó, quy định khống chế mức hoàn thuế không vượt quá 10% doanh thu xuất khẩu trong kỳ là không phù hợp với đặc thù mùa vụ của ngành nông nghiệp. Trong ngành này, doanh nghiệp thường thu mua tập trung đầu vụ nhưng lại xuất khẩu dàn trải trong nhiều tháng. Điều này khiến phần lớn thuế đầu vào không được hoàn đủ, ảnh hưởng đến tính thanh khoản và khả năng thu mua nguyên liệu từ nông dân.

Thứ ba, thiếu thống nhất trong áp dụng thuế đối với nguyên liệu sản xuất thức ăn chăn nuôi

Luật Thuế GTGT quy định thức ăn chăn nuôi là đối tượng không chịu thuế. Tuy nhiên, nhiều cơ quan thuế địa phương vẫn áp thuế 5% đối với nguyên liệu thức ăn chăn nuôi như ngô, cám gạo, bã bia, bột cá... khi bán ở khâu thương mại. Cách hiểu này chưa đồng bộ với Luật Chăn nuôi và Thông tư 21/2019/TT-BNNPTNT, làm tăng chi phí sản xuất thức ăn chăn nuôi trong nước, tạo bất lợi cạnh tranh so với hàng nhập khẩu (không chịu thuế GTGT), đồng thời làm giảm tiêu thụ nguyên liệu nông sản nội địa.

Thứ tư, thiếu hướng dẫn và công cụ pháp lý phù hợp với quy mô sản xuất hộ cá thể.

Hiện nay, phần lớn nguyên liệu đầu vào trong ngành nông nghiệp đến từ hộ nông dân nhỏ lẻ – những người không có chức năng phát hành hóa đơn VAT. Điều này gây khó khăn cho doanh nghiệp trong việc chứng minh nguồn gốc hợp lệ để được khấu trừ hoặc hoàn thuế. Ngoài ra, yêu cầu truy xuất nguồn gốc đến từng hộ dân là không khả thi, đặc biệt trong các ngành có chuỗi cung ứng phân tán như gỗ, thủy sản, lâm sản.

Thứ năm, rủi ro pháp lý, xử phạt nặng và bất bình đẳng trong hệ thống thuế. Nhiều doanh nghiệp xuất khẩu bị liên đới trách nhiệm do nhà cung cấp gian lận hóa đơn hoặc chưa thực hiện nghĩa vụ thuế. Một số trường hợp doanh nghiệp đã thanh toán đầy đủ, có chứng từ hợp pháp nhưng vẫn bị truy thu hoặc từ chối hoàn thuế. Tình trạng này ảnh hưởng nghiêm trọng tới uy tín quốc tế của doanh nghiệp Việt Nam, đặc biệt trong bối cảnh các thị trường như EU yêu cầu minh bạch chuỗi cung ứng (EUDR).

Ngoài ra, mức xử phạt hành chính hiện nay (từ 5 đến 8 triệu đồng) áp dụng ngay cả với sai sót nhỏ, mang tính kỹ thuật, gây áp lực không đáng có đối với doanh nghiệp nhỏ và hộ kinh doanh mới chuyển đổi mô hình.

CẦN NHỮNG GIẢI PHÁP CẤP BÁCH TỪ CHÍNH PHỦ 

Để tháo gỡ khó khăn và bảo đảm chính sách thuế hỗ trợ sản xuất, thúc đẩy xuất khẩu nông sản, VCCI đã đưa ra 6 kiến nghị cụ thể.

Thứ nhất, đề nghị khẩn trương rà soát, sửa đổi quy định liên quan đến phạm vi chịu thuế GTGT đối với sản phẩm nông, lâm, thủy sản chưa qua chế biến hoặc chỉ sơ chế thông thường.

VCCI kiến nghị xem xét khôi phục (hoặc khôi phục có thời hạn) quy định “không phải kê khai, tính thuế” đối với các sản phẩm nông nghiệp sơ chế như đã từng được áp dụng tại Nghị định 209/2013/NĐ-CP. Đồng thời, cần giao Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn chủ trì, phối hợp với các Bộ, ngành liên quan ban hành danh mục cụ thể các loại “sản phẩm sơ chế thông thường” nhằm đảm bảo thống nhất trong áp dụng.

Thứ hai, cần có giải pháp đồng bộ để cải cách mạnh mẽ thủ tục hoàn thuế GTGT, hướng tới đơn giản hóa quy trình và tăng cường tính minh bạch.

VCCI kiến nghị Chính phủ chỉ đạo Bộ Tài chính xây dựng cơ chế hoàn thuế tự động đối với các hồ sơ hợp lệ, không có dấu hiệu gian lận, tương tự như mô hình đã được triển khai tại một số quốc gia như Ấn Độ. Song song đó, cần phát triển hệ thống dữ liệu điện tử liên thông giữa cơ quan thuế, hải quan và doanh nghiệp để hỗ trợ xác thực nhanh chóng.

Thứ ba, đề nghị điều chỉnh quy định liên quan đến điều kiện hoàn thuế, theo hướng loại bỏ yêu cầu doanh nghiệp chỉ được hoàn thuế khi nhà cung cấp đã kê khai, nộp thuế. Đây là một điều kiện không hợp lý, vì trách nhiệm quản lý nghĩa vụ thuế của người bán phải thuộc về cơ quan thuế, không thể chuyển giao rủi ro cho người mua.

Thứ tư, cần sớm ban hành hướng dẫn pháp lý đặc thù nhằm tháo gỡ vướng mắc trong giao dịch giữa doanh nghiệp và hộ nông dân nhỏ lẻ.

VCCI đề nghị cho phép doanh nghiệp sử dụng bảng kê mua hàng không hóa đơn (theo mẫu tại Thông tư 78/2021/TT-BTC) như một loại chứng từ thay thế để làm căn cứ khấu trừ và hoàn thuế.

Thứ năm, trong bối cảnh thương mại điện tử phát triển, cần xây dựng cơ chế pháp lý phù hợp để hỗ trợ doanh nghiệp hoàn thuế khi xuất khẩu qua các nền tảng trực tuyến như Amazon, Alibaba.

VCCI kiến nghị cho phép sử dụng chứng từ điện tử, dữ liệu giao dịch số làm căn cứ xác minh trong hoàn thuế xuất khẩu.

Thứ sáu, kiến nghị rà soát lại toàn bộ hệ thống xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế.

VCCI đề xuất phân loại mức độ vi phạm, áp dụng hình thức xử lý hợp lý, nhân văn, và kiến nghị áp dụng cơ chế khoan hồng đối với vi phạm lần đầu, miễn phạt đối với sai sót nhỏ dưới ngưỡng 50.000 đồng nhằm khuyến khích tinh thần tuân thủ tự nguyện, thay vì gây tâm lý e ngại cho người nộp thuế.