APA là thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá tính thuế bằng văn bản giữa cơ quan thuế với người nộp thuế, hoặc giữa cơ quan thuế với người nộp thuế và cơ quan thuế nước ngoài, vùng lãnh thổ mà Việt Nam đã ký hiệp định tránh đánh thuế hai lần.

APA được coi là bước tiến quan trọng cùng với sự tăng trưởng đầu tư của các doanh nghiệp FDI tại Việt Nam, tạo điều kiện thuận lợi cho môi trường đầu tư và kinh doanh.

SỰ CẦN THIẾT ĐỂ THỰC HIỆN CƠ CHẾ APA

Kể từ khi Nghị định 20/2017/NĐ-CP (hiệu lực cho các năm tài chính 2017-2019) và sau đó là Nghị định 132/2020/NĐ-CP quy định về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết (Nghị định 132) được áp dụng từ năm 2020, toàn ngành thuế đã tiến hành nhiều cuộc thanh tra, kiểm tra đối với các doanh nghiệp có hoạt động giao dịch liên kết. Các báo cáo cho thấy số cuộc thanh tra, kiểm tra về giá giao dịch liên kết nằm trong kế hoạch hàng năm của cơ quan thuế, với con số truy thu, truy hoàn và phạt tăng đáng kể.

Tại hội nghị trao đổi kinh nghiệm về thanh tra, kiểm tra thuế, đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết, nhằm ngăn chặn hành vi chuyển giá, tránh thuế ngày 17-18/4/2025, trong năm 2024, toàn ngành thuế thực hiện thanh, kiểm tra 920 doanh nghiệp có giao dịch liên kết. Qua đó, đã truy thu, truy hoàn và phạt là 1.807 tỷ đồng, giảm lỗ là 9.143 tỷ đồng. Trong đó, truy thu do điều chỉnh giá giao dịch liên kết là 710 tỷ đồng, giảm lỗ do điều chỉnh giá giao dịch liên kết là 4.047 tỷ đồng.

Theo Công văn 2220/TTCP-KHTH của Văn phòng Chính phủ ngày 23/10/2024 về định hướng chương trình thanh tra năm 2025, một trong những nhiệm vụ trọng tâm của cơ quan thuế là tập trung thanh tra, kiểm tra các doanh nghiệp thuộc ngành nghề, lĩnh vực có dư địa thu lớn hoặc có rủi ro, trong đó có các doanh nghiệp có giao dịch liên kết, chuyển giá, kết quả hoạt động kinh doanh lỗ nhiều năm hoặc thấp hơn nhiều so với các doanh nghiệp hoạt động trong cùng ngành nghề, lĩnh vực.

Ngày 11/6/2025, Chính phủ Việt Nam đã ban hành Nghị định số 122/2025/NĐ-CP quy định về phân quyền, phân cấp trong lĩnh vực quản lý thuế, đánh một dấu mốc chuyển mình trong sự phát triển của các APA. Quy định mới này thay thế những phức tạp lỗi thời bằng một khuôn khổ hướng tới tương lai, mở ra một quy trình APA linh hoạt, hội nhập hơn với thông lệ quốc tế và thân thiện với doanh nghiệp.

So với Nghị định 126/2020/NĐ-CP, những thay đổi của Nghị định 122 không chỉ mang tính thủ tục mà còn phản ánh một sự chuyển biến chiến lược trong tư duy hướng tới hiệu quả cao hơn, trách nhiệm hơn và sự phù hợp quốc tế hơn.

Sự thay đổi đáng kể là Bộ trưởng Bộ Tài chính thực hiện thẩm quyền cho ý kiến và quyết định ký nội dung APA đối với các APA song phương, đa phương có sự tham gia của cơ quan thuế nước ngoài và trao quyền cho Cục Thuế trao đổi, đàm phán nội dung về APA với người nộp thuế và cơ quan thuế nước ngoài, xây dựng phương án đàm phán xin ý kiến các bộ, ngành liên quan (nếu cần thiết) và trình Bộ trưởng Bộ Tài chính phê duyệt trước khi tiến hành đàm phán. Điều này làm tăng tốc độ thực thi bằng cách loại bỏ các nút thắt hành chính.

Về vấn đề cơ sở dữ liệu, trung tuần tháng 1/2025 vừa qua, theo Công văn 175/TCT-CNTT ngày 13/1/2025 (Công văn 175), Cục Thuế đã trang bị, tập huấn và đưa vào sử dụng cơ sở dữ liệu thương mại Orbis và Công cụ phân tích chuyển giá TP Catalyst cho các chi cục thuế khu vực. Đây là cơ sở dữ liệu khổng lồ mà cơ quan thuế các nước đang sử dụng phục vụ công tác quản lý thuế và đàm phán APA.

Việc chính thức áp dụng cơ sở dữ liệu và công cụ phân tích chuyển giá giúp việc thanh tra, kiểm tra thuế về giá chuyển nhượng thuận tiện hơn và giảm thiểu các bất đồng về nguồn gốc cơ sở dữ liệu. Điều này cũng loại bỏ việc cơ quan thuế sử dụng cơ sở dữ liệu bí mật (secret database) để ấn định tỷ suất lợi nhuận, từng là một vấn đề gây nhiều băn khoăn, thắc mắc từ người nộp thuế.

Đây cũng là tiền đề cho việc xử lý các hồ sơ APA tồn đọng từ năm 2013 cho tới nay.

MINH BẠCH ĐỂ HỘI NHẬP SÂU RỘNG HƠN

Việc thực hiện cơ chế APA là cần thiết vì đây là xu hướng chung mà các cơ quan thuế trên thế giới đang áp dụng hiệu quả nhằm quản lý nguồn thu từ các giao dịch xuyên biên giới. Cơ chế này mang lại lợi ích cho cả người nộp thuế và giúp Việt Nam hội nhập với xu hướng thuế quốc tế. Điều này hoàn toàn phù hợp trong bối cảnh Việt Nam tham gia vào Diễn đàn hợp tác chung về quy định chống xói mòn cơ sở thuế và chuyển lợi nhuận (Diễn đàn IF) của OECD từ năm 2017.

Việc sớm ký kết APA cũng phù hợp với tinh thần chung của Nghị quyết 50-NQ/TW về định hướng hoàn thiện thể chế, chính sách, nâng cao chất lượng, hiệu quả hợp tác đầu tư nước ngoài đến năm 2030, do Bộ Chính trị ban hành năm 2019, trong đó đề nghị nghiên cứu xây dựng các quy định khắc phục tình trạng “vốn mỏng”, chuyển giá, đầu tư “chui”, đầu tư “núp bóng” của các doanh nghiệp đầu tư nước ngoài.

Ở Việt Nam, APA dựa trên nguyên tắc cơ quan thuế và người nộp thuế hoặc cơ quan thuế Việt Nam và các cơ quan thuế đối tác khác hợp tác, trao đổi thông tin và đàm phán về việc áp dụng các quy định về nghĩa vụ thuế đối với các giao dịch thuộc phạm vi áp dụng APA. APA hiện được hỗ trợ bởi khung khổ pháp lý vững chắc, được quy định trong luật, nghị định và thông tư ban hành từ năm 2013 tới nay (Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14; Nghị định số 126/2020/NĐ-CP; Thông tư số 45/2021/TT-BTC, có hiệu lực thi hành kể từ ngày 3/8/2021, thay thế Thông tư số 201/2013/TT-BTC ngày 20/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn việc áp dụng Thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá tính thuế (APA) trong quản lý thuế).

Tuy nhiên, cho đến nay Cục Thuế vẫn chưa phê duyệt chính thức hồ sơ APA nào. Hầu hết các hồ sơ APA vẫn đang trong giai đoạn thẩm định, thảo luận và đàm phán. APA là một cơ chế tự nguyện, được thực hiện trên cơ sở đề nghị của người nộp thuế và được xác lập dựa trên các thông tin dự kiến, kế hoạch của người nộp thuế và các thông tin từ các nguồn dữ liệu đa dạng. Đây là một cơ chế thuế mới, Việt Nam chưa có nhiều kinh nghiệm thực tiễn, nên cần có lộ trình thực hiện.

Hiện tại, Cục Thuế đã trang bị bản quyền sử dụng, khai thác cơ sở dữ liệu thương mại và công cụ phân tích chuyển giá cho các chi cục thuế khu vực theo Công văn 175, trong đó nêu rõ mục đích là để đáp ứng nhu cầu khai thác thông tin về các doanh nghiệp phục vụ công tác quản lý thuế (thanh tra, kiểm tra, đàm phán APA, quản lý thuế với doanh nghiệp có giao dịch liên kết, thanh tra chuyển giá...).

Điều này đã làm rõ vướng mắc cơ sở pháp lý về cơ sở dữ liệu thương mại có sự kiểm chứng, bảo đảm tính pháp lý theo quy định tại điểm b, khoản 6, Điều 42 Luật Quản lý thuế và Điều 17 Nghị định 132 về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết và sẽ là tiền đề để thúc đẩy việc ký kết APA trong thời gian tới.

Nghị định 132 quy định rõ ràng về các trường hợp miễn trừ kê khai và miễn lập hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết cũng như việc kê khai thông tin giao dịch liên kết kèm theo tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp và lập hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết.

Trong bộ hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết, mặc dù người nộp thuế đã thực hiện phân tích so sánh sử dụng cơ sở dữ liệu thương mại lựa chọn các công ty niêm yết là đối tượng độc lập so sánh theo đúng trình tự và quy trình tại Nghị định 132, trong thanh kiểm tra, tùy từng trường hợp, cơ quan thuế có thể không đồng ý với báo cáo phân tích so sánh và yêu cầu lựa chọn công ty so sánh ở Việt Nam (các công ty không niêm yết).

Trong khi đó, thông tin tài chính cũng như tính độc lập của các công ty không niêm yết này không sẵn có để người nộp thuế chứng minh. Do đó, việc sử dụng chung cơ sở dữ liệu thương mại Orbis và Công cụ phân tích chuyển giá TP Catalyst đã tháo gỡ được điểm nghẽn này. Đây cũng là cơ sở pháp lý quan trọng tháo gỡ vướng mắc trong việc xử lý các hồ sơ APA như đã nêu trên.

Việt Nam đã chính thức trở thành thành viên thứ 100 của Diễn đàn IF từ năm 2017. Quốc hội Việt Nam cũng đã thông qua Nghị quyết 107/2023/QH15 ngày 29/11/2023 về việc áp dụng thuế thu nhập doanh nghiệp bổ sung theo quy định chống xói mòn cơ sở thuế toàn cầu. Như vậy pháp luật thuế Việt Nam đã và đang hội nhập mạnh mẽ với thuế quốc tế.

Nội dung đầy đủ bài viết được đăng tải trên Tạp chí Kinh tế Việt Nam số 31-2025 phát hành ngày 4/8/2025. Kính mời Quý độc giả tìm đọc tại:

https://postenp.phaha.vn/tap-chi-kinh-te-viet-nam/detail/1188