Lưu ý về thuế khi chuyển tiếp pháp luật

Mới đây, TAND Cấp cao tại TP.HCM đưa ra xét xử phúc thẩm vụ hành chính khiếu kiện thuế giữa Công ty TNHH MTV Dịch vụ Công ích quận 6 và Cục trưởng Cục thuế TP.HCM.

Theo hồ sơ, năm 2019, Công ty Dịch vụ Công ích quận 6 nhận được quyết định xử phạt số 2896 ngày 31/5/2019 của Cục trưởng Cục thuế TPHCM. Theo đó, công ty bị xử phạt hành chính 18,5 triệu đồng do kê khai sai và phạt thủ tục thuế. Công ty buộc truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp là 306,5 triệu đồng và số tiền nộp chậm là 1,6 triệu đồng.

Công ty không đồng ý với quyết định trên. Sau khi khiếu nại không thành công, công ty khởi kiện ra tòa án yêu cầu hủy bỏ quyết định 2896. Công ty cho biết, năm 2017 và tháng 1/2018, công ty đã nộp vào ngân sách quận phí vệ sinh và phí bảo vệ môi trường hơn 1,4 tỷ đồng, phí bảo vệ môi trường tháng 10,11,12/2017 số tiền 71,3 triệu đồng; thuế giá trị gia tăng là 359.100 đồng.

Đến tháng 2/2018, công ty biết UBND TPHCM đã ban hành Quyết định số 64/2017 ngày 20/12/2017 về việc bãi bỏ các văn bản trong đó có Quyết định số 88/2008 quy định về thu phí vệ sinh và phí bảo vệ môi trường đối với chất thải rắn thông thường trên địa bàn TPHCM. Do đó, từ tháng 2/2018 đến năm 2019, công ty không còn nộp các khoản ngân sách nhà nước nêu trên. Công ty đã nộp vào ngân sách nhà nước tiền phí vệ sinh và phí bảo vệ môi trường đầy đủ, đúng quy định. Công ty chưa được các cơ quan chức năng có thẩm quyền hướng dẫn, giải thích hoặc phản bác về nghĩa vụ trên.

KHÔNG CHẤP NHẬN YÊU CẦU CỦA DOANH NGHIỆP

Công ty Dịch vụ Công ích quận 6 là doanh nghiệp được thành lập với ngành nghề kinh doanh làm dịch vụ thu gom chất thải trên địa bàn quận 6, TP.HCM.

Doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực này được điều chỉnh bởi Pháp lệnh phí và lệ phí, Nghị định và quyết định của UBND tỉnh, thành phố trên địa bàn hoạt động.

Ngày 20/12/2008, UBND TP.HCM ban hành Quyết định số 88. Theo Điều 4, Quyết định số 88, sau khi trừ các chi phí cần thiết và trích giữ lại chi phí quản lý theo tỷ lệ quy định thì phần phí vệ sinh còn lại nộp về cho Phòng Tài chính – Kế hoạch quận – huyện.

Công ty Dịch vụ Công ích quận 6 đã thu và nộp tiền vào ngân sách nhà nước theo văn bản hướng dẫn số 7345 ngày 7/10/2009 của liên cơ quan Sở Tài nguyên và Môi trường – Sở Tài chính – Cục thuế về hướng dẫn thực hiện Quyết định số 88 trên.

Tuy nhiên, ngày 25/11/2015, Quốc hội ban hành Luật phí và lệ phí số 97, có hiệu lực thi hành từ ngày 1/1/2017. Tại phụ lục số 2 có nêu danh mục các sản phẩm dịch vụ chuyển từ phí sang dịch vụ do nhà nước định giá. Theo đó, phí bảo vệ môi trường và phí vệ sinh được quy định thành cơ chế giá đối với dịch vụ xử lý chất thải rắn sinh hoạt, dịch vụ thu gom, vận chuyển rác thải sinh hoạt.

Nghị định số 120/2016/NĐ-CP ngày 23/8/2016 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Phí và lệ phí. Khoản 2, Điều 7 quy định điều khoản chuyển tiếp: “các khoản phí trong danh mục phí và lệ phí kèm theo Nghị định số 24/2006/NĐ-CP ngày 6/3/2006 của Chính phủ chuyển sang cơ chế giá theo Luật phí và lệ phí thực hiện theo quy định pháp luật về giá”. Nghị định 120 có hiệu lực từ 1/1/2017 và các quy định tại các Nghị định cũ hết hiệu lực thi hành.

Tòa án xác định, quyết định số 88/2008 của UBND TPHCM không còn phù hợp với Luật phí và lệ phí 2017.

Khoản 1, Điều 3, Luật thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2008 cũng quy định: “Thu nhập chịu thuế bao gồm thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ và thu nhập khác quy định tại khoản 2 Điều này’.

Như vậy, kể từ ngày 1/1/2017, các khoản thu từ dịch vụ xử lý chất thải rắn sinh hoạt, dịch vụ thu gom, vận chuyển chất thải rắn sinh hoạt là thu nhập của doanh nghiệp nên phải chịu thuế thu nhập doanh nghiệp.

Từ các quy định trên, tòa án nhận định việc công ty không kê khai thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế giá trị gia tăng năm 2017 và tháng 1/2018 là không đúng. Do đó, Cục thuế TP.HCM ban hành Quyết định xử phạt số 2896 là có căn cứ, đúng pháp luật. Yêu cầu của công ty không được chấp nhận.

Khi luật mới đi vào thực tế thường mất khoảng thời gian để điều chỉnh các nghị định, văn bản dưới luật. Do vậy, việc cập nhập các thông tin mới cũng rất cần thiết để doanh nghiệp tránh bị xử phạt không đáng có.