Tuy nhiên, người dân không phải đóng phí bảo hiểm tiền gửi mà tổ chức tham gia bảo hiểm tiền gửi (tổ chức tín dụng, ngân hàng) phải nộp phí bảo hiểm tiền gửi với mức là 0,15% tính trên số dư tiền gửi được bảo hiểm bình quân và phí điều chỉnh theo mức độ rủi ro.

Bảo hiểm tiền gửi Việt Nam là tổ chức tài chính nhà nước hoạt động không vì mục tiêu lợi nhuận, có vai trò rất quan trọng trong thực thi chính sách công của nhà nước. Tuy nhiên, để giảm thiểu gánh nặng cho nhà nước, và với tư cách là một bên cùng hưởng lợi, nhằm nâng cao ý thức hoàn thiện mình, nên các tổ chức tham gia bảo hiểm tiền gửi cũng phải có nghĩa vụ đóng góp tài chính thông qua phí bảo hiểm tiền gửi.

Luật Bảo hiểm tiền gửi quy định phí bảo hiểm tiền gửi là khoản tiền mà tổ chức tham gia bảo hiểm tiền gửi phải nộp cho Bảo hiểm tiền gửi Việt Nam để bảo hiểm cho tiền gửi của người gửi tiền được bảo hiểm tại tổ chức tham gia bảo hiểm tiền gửi. Theo quy định của Luật bảo hiểm tiền gửi, khung phí bảo hiểm tiền gửi do Thủ tướng Chính phủ quy định theo đề nghị của Ngân hàng Nhà nước Việt Nam. Căn cứ khung phí, Ngân hàng Nhà nước Việt Nam quy định mức phí bảo hiểm tiền gửi cụ thể đối với tổ chức tham gia bảo hiểm tiền gửi trên cơ sở kết quả đánh giá và phân loại các tổ chức này.

Theo Luật bảo hiểm tiền gửi, Thông tư số 312/2016/TT-BTC và Thông tư 20/2020/TT-BTC quy định chế độ tài chính đối với Bảo hiểm tiền gửi Việt Nam, Quỹ Dự phòng nghiệp vụ được hình thành từ các nguồn sau: Tiền thu phí bảo hiểm tiền gửi hàng năm; thu nhập từ hoạt động đầu tư nguồn vốn tạm thời nhàn rỗi sau khi trích một phần để trang trải chi phí hoạt động của Bảo hiểm tiền gửi Việt Nam theo quy định; các khoản tiền bảo hiểm không có người nhận theo quy định; số tiền còn lại (nếu có) từ việc thanh lý tài sản của tổ chức tham gia bảo hiểm tiền gửi theo quy định; chênh lệch thu chi tài chính còn lại hàng năm sau khi trích lập Quỹ đầu tư phát triển và Quỹ khen thưởng, phúc lợi theo quy định; và thu nhập từ các khoản cho vay đặc biệt đối với các tổ chức tín dụng được kiểm soát đặc biệt. Theo đó, phí bảo hiểm tiền gửi do các tổ chức tham gia bảo hiểm tiền gửi nộp cho Bảo hiểm tiền gửi Việt Nam được đưa vào Quỹ dự phòng nghiệp vụ.

Theo Thông tư 312/2016/TT-BTC ngày 24/11/2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn chế độ tài chính của Bảo hiểm tiền gửi Việt Nam, thì toàn bộ phí bảo hiểm tiền gửi do tổ chức tham gia bảo hiểm tiền gửi nộp cho Bảo hiểm tiền gửi Việt Nam được bổ sung vào Quỹ dự phòng nghiệp vụ dùng để chi trả tiền bảo hiểm cho người gửi tiền khi tổ chức tham gia bảo hiểm tiền gửi không có khả năng thanh toán được các khoản nợ đến hạn và cơ quan Nhà nước có thẩm quyền có văn bản chấm dứt hoạt động để thanh lý hoặc Tòa án có quyết định mở thủ tục thanh lý tài sản theo quy định của Luật phá sản.

Bên cạnh nghiệp vụ chi trả bảo hiểm tiền gửi, Bảo hiểm tiền gửi Việt Nam còn sử dụng Quỹ dự phòng nghiệp vụ cho vay đặc biệt khi tham gia kiểm soát đặc biệt các tổ chức tín dụng theo Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Các tổ chức tín dụng năm 2017, khoản 13 Điều 13 Luật bảo hiểm tiền gửi và Quyết định số 593/QĐ-BHTG ngày 7/9/2018, cũng như hướng dẫn thực hiện quy chế về cho vay đặc biệt đối với tổ chức tín dụng được kiểm soát đặc biệt số 1327/HD-BHTG ngày 29/10/2019.

Tính đến ngày 31/12/2021, Quỹ dự phòng nghiệp vụ của Bảo hiểm tiền gửi Việt Nam đạt 75,9 nghìn tỷ đồng, tăng 18,04% so với cùng kỳ năm 2020. Với nguồn Quỹ dự phòng nghiệp vụ này, Bảo hiểm tiền gửi Việt Nam có thể sẵn sàng chi trả tiền bảo hiểm cho người gửi tiền khi cần thiết và tham gia có hiệu quả vào quá trình cơ cấu lại hệ thống các tổ chức tín dụng.