Tuy nhiên, sử dụng men tiêu hóa sai cách có thể ảnh hưởng nghiêm trọng tới sức khỏe của trẻ. Theo GS.TS Lê Thị Hương, Viện trưởng Viện Y học dự phòng và y tế công cộng - Đại học Y Hà Nội, không phải bé nào cũng có thể bổ sung men tiêu hóa. GS Hương cho biết, các mẹ chỉ nên bổ sung men tiêu hóa khi con có những dấu hiệu sau: "Các bé ăn không ngon miệng, đầy bụng, khó tiêu, thường hay có rối loạn tiêu hóa như táo bón, tiêu chảy, phân không bình thường như những trẻ khác, không có cảm giác thèm ăn, không muốn ăn, lúc nào cũng cảm giác như không thấy đói".Vì các bé không muốn ăn nên lượng thực phẩm nạp vào cơ thể ít, nếu trong trường hợp trẻ lười ăn rau quả thì các enzym trong thực phẩm cũng bị hạn chế, dẫn đến lượng vitamin và khoáng chất không đủ, vì thế phụ huynh có thể tăng cường một đợt men tiêu hóa cho con.Men tiêu hóa (hay còn gọi là enzym) do cơ thể (chủ yếu từ ống và tuyến tiêu hóa) tiết ra để tiêu hóa thức ăn, nó có nhiệm vụ cắt nhỏ thức ăn thành những phần tử nhỏ để được hấp thu vào máu. Có một số men tiêu hóa quan trọng như: Men amylase của tuyến nước bọt có tác dụng phân giải tinh bột đã nấu chín.Acid clohydric (HCl) và các men pepsin, lipase của dạ dày. Các sản phẩm này có tác dụng làm mềm thức ăn, phân cắt các sợi collagen, phân cắt chất đạm thành những chuỗi polypeptid ngắn, tuy nhiên, men pepsin của dạ dày chỉ có tác dụng tiêu hóa được 10-20% chất đạm của thức ăn. Còn men lipase của dạ dày có tác dụng rất yếu, chỉ tiêu hóa được dạng chất béo đã được nhũ tương hóa (chất béo của sữa, trứng).Các men của dịch tụy là quan trọng nhất bao gồm: men amylase có tác dụng tiêu hóa tinh bột mạnh hơn nhiều lần so với men amylase của nước bọt; Men tiêu hóa chất đạm của tụy bao gồm: trypsin, chymotrypsin, carboxypolypeptidase, dưới tác dụng của chúng, chất đạm sẽ được phân giải thành các đoạn acid amin đơn giản hơn;Men tiêu hóa mỡ của tụy là các men lipase (sau khi mỡ được nhũ tương hóa nhờ muối mật), dưới tác dụng của nó, phần lớn mỡ của thức ăn sẽ được tiêu hóa. Gan bài tiết ra acid mật và muối mật, đóng vai trò quan trọng trong việc hòa tan các chất mỡ, tạo điều kiện cho các men lipase tiêu hóa mỡ hoạt động. Những chế phẩm hỗ trợ tiêu hóaĐể tránh gây hậu quả xấu cho cơ quan tiêu hóa và quá trình tăng trưởng của trẻ, bố mẹ cần hiểu về các chế phẩm hỗ trợ tiêu hóa. Cùng hỗ trợ điều trị rối loạn tiêu hóa nhưng men vi sinh và men tiêu hóa khác nhau.Trong khi men tiêu hóa là các loại men do chính các tuyến trong cơ thể tiết ra thì men vi sinh là các chế phẩm tổng hợp giúp bổ sung các vi khuẩn có lợi, nhằm tạo nên sự cân bằng vi khuẩn trong hệ tiêu hóa và ức chế các vi khuẩn có hại gây bệnh cũng như tiết độc tố.Việc nhầm lẫn giữa hai loại men trên, hoặc không biết mình đang cho con dùng loại gì sẽ khiến cho tình trạng tiêu hóa của trẻ không được cải thiện, thậm chí ngày càng tồi tệ hơn. Khi dùng men trong một thời gian dài mà tình trạng biếng ăn không được cải thiện, thậm chí con còn bị tiêu chảy cấp, mệt mỏi, suy nhược. Cơ thể "lười biếng" không sản sinh ra men tiêu hóa, lâu dần sẽ giảm công suất và trở nên đình đốn. Lúc này, cơ thể bé sẽ phải phụ thuộc suốt đời vào men tiêu hóa được đưa vào. Thời gian sử dụng men tiêu hóa mỗi đợt không nên quá 10-15 ngày.

Tránh lạm dụng bố sung men tiêu hóa Để bổ sung men tiêu hóa một cách hợp lý, nhất thiết phải được bác sĩ tư vấn đầy đủ. GS.TS Lê Thị Hương nhấn mạnh, cách tốt nhất mang lại sức khỏe đường tiêu hóa cho trẻ là thông qua thực phẩm: "Thực phẩm tươi sống đều có các men vi sinh tươi sống cần thiết trong thịt cá, trứng, sữa, trong rau, củ, quả. Lưu ý là cho trẻ ăn đa dạng, chế biến đúng cách để giữ các chất và vitamin cần thiết cho cơ thể, nếu đun ở nhiệt độ cao sẽ mất các chất có lợi, tốt cho đường tiêu hóa và sức khỏe của bé". Vì thế, để tăng cường sức khỏe đường ruột cho các bé, bên cạnh việc lựa chọn các loại thực phẩm phù hợp, đa dạng, các bậc phụ huynh cũng cần chế biến đúng cách.  Trong một số trường hợp cụ thể, em bé biếng ăn kèm theo suy dinh dưỡng, đi ngoài phân sống...thì chúng ta có thể dùng men tiêu hóa. Với những trẻ bình thường có biểu hiện chán ăn không nên dùng men tiêu hóa dưới dạng thuốc vì ít có tác dụng. Trường hợp cần dùng phải tuân theo sự chỉ định của thầy thuốc. Trẻ dưới 6 tháng tuổi không nên uống men tiêu hóa vì ở độ tuổi này hệ tiêu hóa của trẻ chưa ổn định Men vi sinh được chỉ định dùng sau khi sự cân bằng trong hệ tạp khuẩn ruột bị đảo lộn dẫn đến rối loạn tạp khuẩn (thường gặp ở người bệnh vừa điều trị kháng sinh), với biểu hiện đi ngoài phân sống, tiêu chảy, khó tiêu, trướng bụng, rối loạn tiêu hóa... Men vi sinh có thể dùng dài ngày; Muốn tăng khả năng hấp thu vitamin của đường ruột; tăng cường hệ thống miễn dịch của cơ thể; ngăn ngừa và giảm mức độ nghiêm trọng của bệnh tiêu chảy cấp ở trẻ, bệnh tiêu chảy do nhiễm vi khuẩn,...