Gửi câu hỏi đến Bộ Tài chính thắc mắc về chính sách ưu đãi thuế, một doanh nghiệp FDI thực hiện dự án đầu tư tại Khu Công nghệ cao Hòa Lạc từ năm 2005, cho biết theo các giấy chứng nhận đầu tư được cấp các năm 2005 và 2011, dự án của công ty được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp là 10% cho toàn bộ thời gian dự án.

Chính sách này được quy định tại Khoản 1 Điều 3 Quyết định 53/2004/QĐ-TTg ngày 5/4/2004 về một số chính sách khuyến khích đầu tư tại khu công nghệ cao: “Nhà đầu tư được hưởng thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp là 10% trong suốt thời gian thực hiện dự án”.

Cũng theo cam kết của doanh nghiệp này, trong quá trình thực hiện dự án, công ty vẫn tuân thủ, thực hiện đúng các nội dung theo giấy chứng nhận đầu tư. Hiện công ty có kế hoạch mở rộng dự án đầu tư hiện tại, tuy nhiên, doanh nghiệp không tìm thấy quy định của pháp luật hiện hành về việc áp dụng mức thuế suất 10% trong suốt thời gian thực hiện dự án tại khu công nghệ cao như tại Khoản 1 Điều 3 Quyết định 53/2004/QĐ-TTg.

Bên cạnh đó, trường hợp dự án hiện tại vẫn được hưởng thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp 10% cho thời gian còn lại của dự án, vậy đối với phần dự án mở rộng, nhà đầu tư có được lựa chọn áp dụng hưởng mức thuế suất ưu đãi 10% theo dự án hiện tại đang hoạt động hay phải áp dụng quy định về mức thuế suất và thời gian ưu đãi khác theo quy định của pháp luật hiện hành?

Một vấn đề khác đó là trường hợp dự án đầu tư hiện tại và phần dự án đầu tư mở rộng được áp dụng mức thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp 10% cho thời gian còn lại của dự án nhưng giấy chứng nhận đăng ký đầu tư sửa đổi chỉ ghi nhận chung là ưu đãi theo quy định hiện hành của pháp luật Việt Nam thì cơ quan thuế liệu có yêu cầu nhà đầu tư phải xuất trình giấy tờ khác, ngoài giấy chứng nhận đăng ký đầu tư.

Bởi vậy, doanh nghiệp cũng loay hoay không biết phải thực hiện thủ tục nào để được hưởng ưu đãi đầu tư về thuế.

Thông tin về chính sách ưu đãi thuế với dự án FDI đầu tư mở rộng, Cục Thuế TP. Hà Nội, dẫn chứng quy định tại Khoản 4 Điều 10 Thông tư số 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Điểm a Khoản 6 Điều 18 Thông tư số 78/2014/TT-BTC (đã được sửa đổi, bổ sung tại Điều 5 Thông tư số 151/2014/TT-BTC).

Cụ thể,  doanh nghiệp có dự án đầu tư mở rộng quy mô sản xuất, nâng cao công suất, đối mới công nghệ sản xuất... đáp ứng một trong các tiêu chí dưới đây sẽ được lựa chọn hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo dự án đang hoạt động cho thời gian còn lại; hoặc được áp dụng thời gian miễn thuế, giảm thuế đối với phần thu nhập tăng thêm do đầu tư mở rộng mang lại (không được hưởng mức thuế suất ưu đãi) bằng với thời gian miễn thuế, giảm thuế áp dụng đối với dự án đầu tư mới trên cùng địa bàn hoặc lĩnh vực ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp.

Theo đó, dự án đầu tư mở rộng quy định phải đáp ứng một trong các tiêu chí sau.

Một là, nguyên giá tài sản cố định tăng thêm khi dự án đầu tư hoàn thành đi vào hoạt động đạt tối thiểu từ 20 tỷ đồng đối với dự án đầu tư mở rộng thuộc lĩnh vực hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định của Nghị định số 218/2013/NĐ-CP hoặc từ 10 tỷ đồng đối với các dự án đầu tư mở rộng thực hiện tại các địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn hoặc đặc biệt khó khăn theo quy định của Nghị định số 218/2013/NĐ-CP.

Hai là, tỷ trọng nguyên giá tài sản cố định tăng thêm đạt tối thiểu từ 20% so với tổng nguyên giá tài sản cố định trước khi đầu tư.

Ba là, công suất thiết kế khi đầu tư mở rộng tăng thêm tối thiểu từ 20% so với công suất thiết kế theo luận chứng kinh tế kỹ thuật trước khi đầu tư ban đầu.

Trường hợp doanh nghiệp chọn hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo dự án đang hoạt động cho thời gian còn lại thì dự án đầu tư mở rộng đó phải thuộc lĩnh vực hoặc địa bàn ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định của Nghị định số 218/2013/NĐ-CP đồng thời cũng thuộc lĩnh vực hoặc địa bàn với dự án đang hoạt động.

Cũng theo Cục Thuế TP. Hà Nội, các ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp chỉ áp dụng đối với doanh nghiệp thực hiện chế độ kế toán, hoá đơn, chứng từ và nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo kê khai.

Công ty cần tự xác định các điều kiện ưu đãi thuế, mức thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế, số lỗ được trừ vào thu nhập tính thuế để tự kê khai và tự quyết toán thuế với cơ quan thuế.