Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 118/2007/TT- BTC hướng dẫn quản lý, sử dụng chi phí quản lý dự án đầu tư của các dự án sử dụng vốn ngân sách nhà nước. Theo đó, trường hợp được cấp có thẩm quyền hỗ trợ kinh phí đột xuất cho Ban Quản lý dự án theo mục tiêu hoặc hỗ trợ thu nhập cho cán bộ quản lý dự án thì Ban Quản lý dự án được phép bổ sung nguồn kinh phí để chi cho mục tiêu hoặc hỗ trợ thu nhập cho cán bộ theo quyết định của cấp có thẩm quyền...

Trong quá trình sử dụng, chủ đầu tư (Ban Quản lý dự án) được chủ động điều chỉnh các khoản chi trong dự toán chi phí quản lý dự án (không phải điều chỉnh bằng văn bản), nhưng không được vượt tổng giá trị dự toán chi phí quản lý dự án đã được duyệt... Việc mua sắm và sử dụng phương tiện đi lại là xe ô tô phục vụ công tác quản lý dự án (nếu có) phải lập dự toán riêng trình cấp có thẩm quyền quyết định. Chủ đầu tư (Ban quản lý dự án) không được cho thuê, cho mượn đối với tài sản của dự án... Đối với các dự án không có chi phí xây dựng và thiết bị hoặc tổng chí phí xây dựng và thiết bị nhỏ hơn 60% tổng mức đầu tư của dự án.