Doanh nghiệp lo ngại về chi phí và độ trễ thủ tục xuất nhập khẩu tại chỗ

Một trong những vướng mắc điển hình trong quá trình triển khai Thông tư số 121/2025/TT-BTC đang nổi lên ở thủ tục xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ, lĩnh vực có tần suất giao dịch cao và gắn chặt với tiến độ sản xuất của doanh nghiệp.

Cụ thể, điểm 4 Khoản 53 Điều 1 Thông tư số 121/2025/TT-BTC sửa đổi, bố sung Điều 86 Thông tư số 38/2015/TT-BTC quy định, người nhập khẩu tại chỗ phải làm thủ tục hải quan trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày hàng hóa xuất khẩu được thông quan hoặc giải phóng hàng.

Tuy nhiên, theo phản ánh từ các doanh nghiệp, trên thực tế, với các tờ khai xuất khẩu tại chỗ thuộc diện kiểm tra thực tế hàng hóa (luồng đỏ), doanh nghiệp chỉ được đăng ký tờ khai nhập khẩu sau khi khâu kiểm tra hoàn tất và hệ thống xác nhận thông quan.

Điều này đồng nghĩa hàng hóa buộc phải lưu giữ trên xe tải hoặc container trong thời gian chờ đợi, làm phát sinh chi phí lưu kho, lưu phương tiện và ảnh hưởng đến tiến độ giao nhận.

Bên cạnh đó, nhiều doanh nghiệp cũng đặt ra vướng mắc liên quan đến hàng tái xuất ra nước ngoài và xuất vào khu phi thuế quan.

“Liệu trong trường hợp nhập khẩu nguyên liệu gia công theo chỉ định của đối tác nước ngoài từ doanh nghiệp nội địa, sau đó lại được yêu cầu tái xuất cho chính doanh nghiệp nội địa đó, nhiều đơn vị băn khoăn liệu quy trình này có phù hợp với quy định pháp luật hiện hành hay không”, các doanh nghiệp bày tỏ sự băn khoăn

Đồng thời, nhiều đơn vị cũng đề nghị làm rõ hình thức thông báo hợp đồng trong thủ tục hải quan, cách xử lý khi hợp đồng được sửa đổi hoặc không nhập khẩu đủ số lượng như ban đầu, cũng như xác định rõ chủ thể có trách nhiệm thông báo khi giao dịch với doanh nghiệp ưu tiên là bên ưu tiên hay đối tác của doanh nghiệp ưu tiên.

Từ góc độ doanh nghiệp sản xuất lớn, Công ty Toyota Việt Nam đặt vấn đề về quy định tại Điều 86 Thông tư số 38/2015/TT-BTC cho phép “giao nhận trước, mở hải quan sau”. Doanh nghiệp băn khoăn liệu cách hiểu này có đồng nghĩa với việc “sử dụng hàng hóa trước rồi mới mở tờ khai hải qua”  hay không trong bối cảnh Thông tư 121 đã có hiệu lực.

Đáng chú ý, nhiều doanh nghiệp còn phản ánh sự khác biệt giữa quy định tại Nghị định số 167/2025/NĐ-CP và Thông tư số 121/2025/TT-BTC về trình tự giao nhận hàng hóa trong xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ.

Phản hồi về các vướng mắc nêu trên, Cục Hải quan cho biết đối với xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ, doanh nghiệp cần căn cứ quy định pháp luật hiện hành, phối hợp với bên nhận hàng và đối chiếu với thực tế hoạt động sản xuất kinh doanh để thực hiện đúng quy trình.

Đối với hàng tái xuất, theo Điều 47a Luật số 90/2025/QH15, trường hợp hàng hóa giao, nhận tại Việt Nam theo chỉ định của thương nhân nước ngoài trong các hợp đồng mua bán, gia công, thuê, mượn giữa doanh nghiệp Việt Nam và thương nhân nước ngoài thì thực hiện thủ tục hải quan theo loại hình xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ, Cục Hải quan nêu rõ.

Đối với các hợp đồng hoặc đơn hàng đã thực hiện trước ngày 1/2/2026, Cục Hải quan cho biết tiếp tục áp dụng quy định tại Thông tư số 38/2015/TT-BTC, được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 39/2018/TT-BTC cho đến kỳ báo cáo quyết toán năm 2026, qua đó bảo đảm tính liên tục và ổn định cho hoạt động sản xuất kinh doanh.

Liên quan đến hình thức thông báo hợp đồng, Cục Hải quan cho biết doanh nghiệp có thể thông báo theo hợp đồng nguyên tắc, hợp đồng chi tiết, phụ lục hợp đồng hoặc từng đơn hàng trên hệ thống quản lý của doanh nghiệp. Việc thông báo có thể thực hiện qua hệ thống điện tử, bản giấy hoặc thư điện tử gửi đến cơ quan hải quan quản lý.

“Trường hợp xuất khẩu và nhập khẩu thực hiện tại cùng một cơ quan hải quan thì người giao hàng thực hiện thông báo; nếu thực hiện tại các cơ quan khác nhau thì cả người giao và người nhận hàng hóa đều phải thông báo cho cơ quan hải quan nơi làm thủ tục”, Cục Hải quan nhấn mạnh

Đối với nội dung “giao nhận trước, mở hải quan sau”, Cục Hải quan viện dẫn Khoản 53 Điều 1 Thông tư số 121/2025/TT-BTC đã làm rõ người khai hải quan được sử dụng hàng hóa sau khi hoàn tất việc giao nhận hàng hóa.

Đồng thời, quy định tại Khoản 2 Điều 35 Nghị định số 167/2025/NĐ-CP về việc được giao nhận hàng hóa trước, làm thủ tục hải quan sau hiện chỉ áp dụng đối với doanh nghiệp ưu tiên và đối tác có hoạt động gia công, mua bán, thuê, mượn, giao nhận hàng hóa với doanh nghiệp ưu tiên theo Khoản 6 Điều 86 Thông tư số 121/2025/TT-BTC.