Ngày 28/2/2008, Chánh Thanh tra Ủy ban Chứng khoán đã ký quyết định xử phạt với tổng mức phạt là 60 triệu đồng đối với Ngân hàng Thương mại Cổ phần Phương Đông, do phát hành chứng khoán sai quy định, phân phối chứng khoán nhưng không báo cáo.

Theo quyết định xử phạt, từ tháng 06/11/2007, Ngân hàng Phương Đông đã thực hiện liên tiếp 3 đợt chào bán chứng khoán ra công chúng để tăng vốn điều lệ từ 567 tỷ đồng lên 1.000 tỷ đồng và phân phối chứng khoán không đúng quy định của pháp luật.

Ngoài ra, trong tháng 6 và tháng 11/2007, ngân hàng này cũng đã thực hiện phát hành cổ phiếu thưởng cho cổ đông hiện hữu và phát hành cổ phiếu cho cán bộ công nhân viên theo chương trình phát triển nguồn nhân lực nhưng không báo cáo Ủy ban Chứng khoán Nhà nước trước và sau khi thực hiện đợt phát hành, vi phạm quy định tại điểm c khoản 2 Điều 9 và điểm b khoản 1 Điều 33 Nghị định số 36/2007/NĐ-CP.